More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2640 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  91.47 
 
 
457 aa  816    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
457 aa  915    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.2 
 
 
459 aa  438  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  51.3 
 
 
468 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  50.64 
 
 
471 aa  387  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.96 
 
 
485 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.08 
 
 
476 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.56 
 
 
470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  40.45 
 
 
458 aa  263  4.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.22 
 
 
480 aa  258  2e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.27 
 
 
473 aa  257  3e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
509 aa  245  9.999999999999999e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.73 
 
 
471 aa  243  7e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.89 
 
 
470 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.07 
 
 
455 aa  237  3e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.59 
 
 
470 aa  236  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
476 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.85 
 
 
481 aa  229  8e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.97 
 
 
454 aa  229  9e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  35.51 
 
 
476 aa  228  1e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  35.08 
 
 
470 aa  224  2e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.54 
 
 
456 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
468 aa  220  3e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.68 
 
 
472 aa  218  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.83 
 
 
458 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.82 
 
 
469 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.36 
 
 
469 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.72 
 
 
462 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.1 
 
 
465 aa  203  5e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.91 
 
 
486 aa  202  9.999999999999999e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.35 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.39 
 
 
464 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.11 
 
 
461 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.34 
 
 
436 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  35.33 
 
 
676 aa  194  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.97 
 
 
492 aa  191  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.98 
 
 
464 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.44 
 
 
476 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.2 
 
 
472 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  28.82 
 
 
454 aa  184  3e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.31 
 
 
444 aa  184  3e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  33.55 
 
 
682 aa  182  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.09 
 
 
445 aa  180  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.99 
 
 
476 aa  180  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.79 
 
 
442 aa  179  8e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  32.49 
 
 
454 aa  179  1e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  28.21 
 
 
476 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  28.21 
 
 
476 aa  178  2e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.21 
 
 
476 aa  178  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  28.21 
 
 
476 aa  178  2e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  27.98 
 
 
476 aa  177  3e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.38 
 
 
446 aa  177  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.98 
 
 
476 aa  177  4e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.21 
 
 
476 aa  177  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.88 
 
 
456 aa  177  4e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  27.75 
 
 
476 aa  176  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.98 
 
 
476 aa  176  7e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.04 
 
 
457 aa  173  5e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.21 
 
 
414 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.39 
 
 
474 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.38 
 
 
457 aa  164  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.13 
 
 
455 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.2 
 
 
521 aa  159  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.21 
 
 
306 aa  159  1e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  26.04 
 
 
436 aa  158  2e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
419 aa  158  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.18 
 
 
444 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.08 
 
 
311 aa  154  5e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  38.7 
 
 
357 aa  152  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.81 
 
 
442 aa  144  4e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.11 
 
 
475 aa  144  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.723741  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.58 
 
 
241 aa  142  1.9999999999999998e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.52 
 
 
324 aa  141  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.58 
 
 
524 aa  142  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  34.53 
 
 
354 aa  141  3e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.24 
 
 
338 aa  141  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.32 
 
 
464 aa  140  4.999999999999999e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  34.77 
 
 
332 aa  139  7e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.28 
 
 
423 aa  137  4e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.04 
 
 
325 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  27.41 
 
 
430 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.89 
 
 
328 aa  134  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.78 
 
 
344 aa  134  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  31.25 
 
 
342 aa  133  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.94 
 
 
326 aa  133  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.06 
 
 
433 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 
436 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.61 
 
 
326 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.6 
 
 
321 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38 
 
 
431 aa  131  3e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.61 
 
 
334 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.39 
 
 
455 aa  130  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.45 
 
 
336 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.64 
 
 
468 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.64 
 
 
473 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.64 
 
 
469 aa  125  2e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0991  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.75 
 
 
539 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0298578 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.58 
 
 
451 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.09 
 
 
439 aa  124  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.9 
 
 
489 aa  123  6e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>