265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0050 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0050  nitroreductase  100 
 
 
208 aa  407  1e-113  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7274  nitroreductase  73.2 
 
 
206 aa  247  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573924  normal  0.0842376 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1407  hypothetical protein  42.33 
 
 
183 aa  117  1e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0175478  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1423  hypothetical protein  42.33 
 
 
183 aa  117  1e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.566409 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1390  hypothetical protein  41.72 
 
 
183 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.184229  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2050  hypothetical protein  41.72 
 
 
183 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.658191  normal  0.425687 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1867  hypothetical protein  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0147803  decreased coverage  4.04862e-06 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01722  hypothetical protein  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00796019  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1849  hypothetical protein  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.72951e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01734  predicted oxidoreductase  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00353733  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2485  hypothetical protein  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175131  normal  0.297695 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1877  nitroreductase  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.80394e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1988  hypothetical protein  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00470911  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2020  hypothetical protein  39.88 
 
 
183 aa  111  8e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.42439e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1879  hypothetical protein  40.49 
 
 
183 aa  110  1e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.72902e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1426  hypothetical protein  39.88 
 
 
183 aa  110  1e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00297236  normal  0.808801 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1665  nitroreductase  39.05 
 
 
182 aa  110  2e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2674  nitroreductase  35.94 
 
 
194 aa  108  4e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2152  nitroreductase  37.5 
 
 
195 aa  108  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1532  nitroreductase  37.65 
 
 
182 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3795  nitroreductase  36.2 
 
 
185 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  1.77685e-10 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1682  hypothetical protein  38.04 
 
 
183 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.5074  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2708  nitroreductase family protein  38.24 
 
 
182 aa  106  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1808  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1828  nitroreductase  38.32 
 
 
186 aa  105  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2478  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.981358  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4012  nitroreductase  36.2 
 
 
185 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147997  hitchhiker  0.000154736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1405  nitroreductase  36.2 
 
 
185 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000113316  normal  0.729658 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4506  nitroreductase  36.2 
 
 
185 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1847  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1800  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  104  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.493936  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1833  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  103  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0967243  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2494  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  103  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.838709  hitchhiker  0.00693244 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1740  nitroreductase  38.24 
 
 
182 aa  103  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1480  nitroreductase  37.2 
 
 
188 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0228393  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2374  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  103  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.611093  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2304  nitroreductase  37.87 
 
 
182 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0131618  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1069  nitroreductase family protein  33.33 
 
 
194 aa  101  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.600572  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1495  hypothetical protein  36.05 
 
 
187 aa  101  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0669321 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1971  hypothetical protein  37.42 
 
 
183 aa  100  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002916  protein ydjA  38.04 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1802  nitroreductase family protein  35.98 
 
 
186 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649607  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2267  hypothetical protein  37.42 
 
 
183 aa  99.4  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7221  nitroreductase  37.36 
 
 
221 aa  99  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0566  hypothetical protein  38.69 
 
 
182 aa  99  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.121072  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3592  nitroreductase  35.37 
 
 
186 aa  99  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0449801  normal  0.683239 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1033  nitroreductase family protein  32.79 
 
 
194 aa  98.6  6e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.680081  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1095  nitroreductase  35.14 
 
 
219 aa  98.2  7e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.42931 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2747  nitroreductase  35.84 
 
 
182 aa  97.4  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1763  nitroreductase  34.1 
 
 
190 aa  96.7  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1919  hypothetical protein  36.59 
 
 
186 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22710  hypothetical protein  36.59 
 
 
186 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2721  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  94  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.6916  hitchhiker  0.00284611 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01646  putative nitroreductase  34.48 
 
 
183 aa  94  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00644737  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2315  nitroreductase  33.72 
 
 
182 aa  94  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2090  hypothetical protein  34.36 
 
 
183 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.363519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1967  hypothetical protein  35.06 
 
 
183 aa  93.2  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1981  hypothetical protein  34.36 
 
 
183 aa  93.2  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  9.59579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4233  nitroreductase  39.13 
 
 
209 aa  92.8  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.064349  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2345  hypothetical protein  34.36 
 
 
183 aa  93.2  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.26395e-07  hitchhiker  0.00560319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1635  nitroreductase  38.5 
 
 
187 aa  92  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.191312  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1457  nitroreductase family protein  35.16 
 
 
182 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1818  nitroreductase  36.13 
 
 
208 aa  89.7  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0953  nitroreductase  35.79 
 
 
193 aa  89  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1891  nitroreductase  33.72 
 
 
182 aa  89.4  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01930  nitroreductase  40.38 
 
 
181 aa  89.4  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3888  nitroreductase  34.86 
 
 
169 aa  89  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1004  nitroreductase  31.93 
 
 
191 aa  89  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.97914  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4587  nitroreductase  40.96 
 
 
228 aa  89  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2209  hypothetical protein  36.2 
 
 
183 aa  88.6  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0930  nitroreductase  34.3 
 
 
235 aa  88.2  7e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00302341  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1354  nitroreductase  34.09 
 
 
186 aa  88.2  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  8.36569e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0173  nitroreductase  36.14 
 
 
191 aa  87.8  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  2.56246e-05 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0909  nitroreductase family protein  31.52 
 
 
184 aa  87.4  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.968398  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3637  nitroreductase  38.56 
 
 
192 aa  87  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1287  aldehyde dehydrogenase  32.79 
 
 
219 aa  86.7  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02400  nitroreductase  36.65 
 
 
191 aa  85.9  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.305369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3754  nitroreductase  34.22 
 
 
205 aa  85.1  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.951056  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1056  nitroreductase  34.95 
 
 
195 aa  84.7  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.545888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5206  hypothetical protein  32.83 
 
 
187 aa  84  1e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15580  Nitroreductase  36.78 
 
 
186 aa  84.3  1e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.978849  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1617  nitroreductase  33.91 
 
 
183 aa  84.3  1e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1783  nitroreductase family protein  35.4 
 
 
207 aa  83.6  2e-15  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2043  nitroreductase family protein  35.4 
 
 
207 aa  83.6  2e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.144976  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0775  nitroreductase family protein  35.4 
 
 
207 aa  83.6  2e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1068  nitroreductase family protein  35.4 
 
 
207 aa  83.6  2e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3754  nitroreductase  37.78 
 
 
220 aa  82.8  3e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.913341  normal  0.820114 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1923  nitroreductase family protein  35.47 
 
 
207 aa  83.2  3e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0266  nitroreductase  37.99 
 
 
187 aa  82.8  3e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2163  nitroreductase  34.32 
 
 
169 aa  83.2  3e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0519328 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2050  nitroreductase family protein  35.4 
 
 
207 aa  82.8  3e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0671  nitroreductase family protein  35.4 
 
 
207 aa  82.8  4e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3921  nitroreductase  38.04 
 
 
300 aa  82.4  5e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159011  normal  0.0804264 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2220  nitroreductase family protein  31.22 
 
 
194 aa  82  5e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605376  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1291  nitroreductase  32.54 
 
 
191 aa  82  5e-15  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1061  nitroreductase  35.98 
 
 
208 aa  82.4  5e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.425769  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1011  nitroreductase  31.82 
 
 
212 aa  82  6e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03042  hypothetical protein  38.32 
 
 
182 aa  81.6  7e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0762  nitroreductase family protein  34.78 
 
 
207 aa  81.6  8e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6294  nitroreductase  36.27 
 
 
187 aa  80.9  1e-14  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167962  normal  0.193293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>