182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3888 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3888  nitroreductase  100 
 
 		 169 aa  339  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2163  nitroreductase  81.07 
 
 		 169 aa  283  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0519328 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3262  nitroreductase  79.88 
 
 		 191 aa  280  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.0279896 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2036  nitroreductase  71.6 
 
 		 187 aa  253  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378927  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1668  nitroreductase  70.41 
 
 		 187 aa  247  4e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145589  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5206  hypothetical protein  69.82 
 
 		 187 aa  246  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3123  nitroreductase  69.23 
 
 		 187 aa  220  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1818  nitroreductase  58.58 
 
 		 208 aa  209  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0450  nitroreductase  59.76 
 
 		 187 aa  208  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.58966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6294  nitroreductase  57.99 
 
 		 187 aa  202  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167962  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0266  nitroreductase  60 
 
 		 187 aa  197  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1061  nitroreductase  56.52 
 
 		 208 aa  194  4.0000000000000005e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.425769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2674  nitroreductase  55.62 
 
 		 194 aa  194  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2220  nitroreductase family protein  53.29 
 
 		 194 aa  189  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1495  hypothetical protein  50.89 
 
 		 187 aa  183  9e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0669321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2317  nitroreductase  55.29 
 
 		 197 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.844939  normal  0.193364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2271  nitroreductase  55.62 
 
 		 194 aa  175  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7206  nitroreductase  59.17 
 
 		 187 aa  174  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347325  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1843  nitroreductase  53.29 
 
 		 194 aa  174  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.32071  normal  0.0306824 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2592  nitroreductase  54.71 
 
 		 195 aa  174  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2042  nitroreductase  50.9 
 
 		 194 aa  171  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1635  nitroreductase  53.01 
 
 		 187 aa  170  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.191312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0191  nitroreductase  47.93 
 
 		 217 aa  164  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.104049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2152  nitroreductase  45.35 
 
 		 195 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0698  nitroreductase  48.1 
 
 		 193 aa  152  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0077  nitroreductase  41.92 
 
 		 196 aa  151  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1056  nitroreductase  50.3 
 
 		 195 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.545888 
 
 
-
 
NC_004310  BR1069  nitroreductase family protein  42.77 
 
 		 194 aa  150  7e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.600572  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1033  nitroreductase family protein  42.77 
 
 		 194 aa  149  1e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.680081  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04578  nitroreductase family  45.96 
 
 		 191 aa  149  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1800  nitroreductase  43.53 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1011  nitroreductase  40.24 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0953  nitroreductase  36.14 
 
 		 193 aa  132  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0850  nitroreductase  39.76 
 
 		 191 aa  132  3e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.811499  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2627  hypothetical protein  45.56 
 
 		 216 aa  132  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.632412  normal  0.0266361 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0968  hypothetical protein  39.76 
 
 		 191 aa  132  3e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1919  hypothetical protein  40.25 
 
 		 186 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3161  nitroreductase  43.11 
 
 		 195 aa  128  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.497099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22710  hypothetical protein  40.26 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0371  nitroreductase  44.24 
 
 		 192 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.767422  normal  0.408673 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3754  nitroreductase  36.69 
 
 		 205 aa  123  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.951056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2747  nitroreductase  41.33 
 
 		 182 aa  120  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1665  nitroreductase  39.75 
 
 		 182 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15580  Nitroreductase  42.38 
 
 		 186 aa  120  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.978849  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1354  nitroreductase  37.65 
 
 		 186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000836569  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2466  nitroreductase  42.42 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.294476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0809  hypothetical protein  42.42 
 
 		 192 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7221  nitroreductase  40.94 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2374  nitroreductase  40.37 
 
 		 182 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.611093  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1828  nitroreductase  34.73 
 
 		 186 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2708  nitroreductase family protein  42.28 
 
 		 182 aa  117  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1833  nitroreductase  42.28 
 
 		 182 aa  117  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0967243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2304  nitroreductase  39.75 
 
 		 182 aa  117  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0131618  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1783  nitroreductase family protein  38.51 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2050  nitroreductase family protein  38.51 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1923  nitroreductase family protein  37.35 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0775  nitroreductase family protein  38.51 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1068  nitroreductase family protein  38.51 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0671  nitroreductase family protein  38.51 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2043  nitroreductase family protein  38.51 
 
 		 207 aa  117  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.144976  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2494  nitroreductase  39.75 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.838709  hitchhiker  0.00693244 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0762  nitroreductase family protein  37.89 
 
 		 207 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1891  nitroreductase  43.24 
 
 		 182 aa  114  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4506  nitroreductase  39.05 
 
 		 185 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3795  nitroreductase  38.46 
 
 		 185 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000177685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4012  nitroreductase  38.46 
 
 		 185 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147997  hitchhiker  0.000154736 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1808  nitroreductase  37.35 
 
 		 182 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2478  nitroreductase  37.35 
 
 		 182 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.981358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1405  nitroreductase  39.05 
 
 		 185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000113316  normal  0.729658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1847  nitroreductase  37.35 
 
 		 182 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0695  nitroreductase  40 
 
 		 192 aa  112  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.264494  normal  0.0160033 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1101  nitroreductase  36.09 
 
 		 193 aa  111  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2590  nitroreductase family protein  35.56 
 
 		 198 aa  110  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.236049  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1802  nitroreductase family protein  37.95 
 
 		 186 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649607  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1800  nitroreductase  37.35 
 
 		 182 aa  110  9e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.493936  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3592  nitroreductase  38.41 
 
 		 186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0449801  normal  0.683239 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01734  predicted oxidoreductase  39.86 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00353733  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1877  nitroreductase  39.86 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000380394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1426  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00297236  normal  0.808801 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1867  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0147803  decreased coverage  0.00000404862 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01722  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00796019  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2315  nitroreductase  40.4 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1423  hypothetical protein  41.22 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.566409 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1618  nitroreductase  38.26 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2020  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1740  nitroreductase  36.53 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1407  hypothetical protein  41.22 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0175478  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2485  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175131  normal  0.297695 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1849  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000672951  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1988  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  108  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00470911  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4233  nitroreductase  34.94 
 
 		 209 aa  108  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.064349  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1480  nitroreductase  35.33 
 
 		 188 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0228393  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2175  nitroreductase  45.56 
 
 		 188 aa  108  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1682  hypothetical protein  37.28 
 
 		 183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.5074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002916  protein ydjA  35.33 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1879  hypothetical protein  40.54 
 
 		 183 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000572902  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1532  nitroreductase  38.26 
 
 		 182 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2050  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.658191  normal  0.425687 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1390  hypothetical protein  39.86 
 
 		 183 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.184229  normal  0.505181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3921  nitroreductase  38.51 
 
 		 300 aa  106  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159011  normal  0.0804264 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>