199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3262 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3262  nitroreductase  100 
 
 		 191 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.0279896 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2163  nitroreductase  87.57 
 
 		 169 aa  305  3e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0519328 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2036  nitroreductase  72.58 
 
 		 187 aa  286  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378927  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3888  nitroreductase  79.88 
 
 		 169 aa  280  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1668  nitroreductase  69.35 
 
 		 187 aa  278  4e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145589  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5206  hypothetical protein  71.35 
 
 		 187 aa  275  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3123  nitroreductase  72.04 
 
 		 187 aa  260  8e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1818  nitroreductase  54.3 
 
 		 208 aa  218  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0450  nitroreductase  55.98 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.58966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0266  nitroreductase  59.14 
 
 		 187 aa  216  1e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6294  nitroreductase  58.24 
 
 		 187 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167962  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2220  nitroreductase family protein  52.97 
 
 		 194 aa  202  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605376  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2271  nitroreductase  56.15 
 
 		 194 aa  200  8e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.800886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2674  nitroreductase  52.36 
 
 		 194 aa  200  8e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2317  nitroreductase  54.79 
 
 		 197 aa  197  7e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.844939  normal  0.193364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2592  nitroreductase  54.26 
 
 		 195 aa  195  3e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.28104 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1495  hypothetical protein  51.63 
 
 		 187 aa  194  7e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0669321 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1843  nitroreductase  51.34 
 
 		 194 aa  188  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.32071  normal  0.0306824 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7206  nitroreductase  59.34 
 
 		 187 aa  187  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.347325  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1061  nitroreductase  52.33 
 
 		 208 aa  187  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.425769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2042  nitroreductase  48.66 
 
 		 194 aa  184  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1635  nitroreductase  53.51 
 
 		 187 aa  184  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.191312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0191  nitroreductase  48.62 
 
 		 217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.104049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0077  nitroreductase  45.81 
 
 		 196 aa  166  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1056  nitroreductase  47.59 
 
 		 195 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.545888 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2152  nitroreductase  45.45 
 
 		 195 aa  165  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0371  nitroreductase  48.42 
 
 		 192 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.767422  normal  0.408673 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0698  nitroreductase  45.76 
 
 		 193 aa  159  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.129667 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04578  nitroreductase family  46.78 
 
 		 191 aa  157  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1069  nitroreductase family protein  40.76 
 
 		 194 aa  150  1e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.600572  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1033  nitroreductase family protein  40.76 
 
 		 194 aa  149  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.680081  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2466  nitroreductase  45.26 
 
 		 192 aa  148  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.294476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3754  nitroreductase  41.49 
 
 		 205 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.951056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1011  nitroreductase  40.22 
 
 		 212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0968  hypothetical protein  44.44 
 
 		 191 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0809  hypothetical protein  45.26 
 
 		 192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0850  nitroreductase  44.44 
 
 		 191 aa  145  3e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.811499  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3161  nitroreductase  43.39 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.497099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2627  hypothetical protein  45.99 
 
 		 216 aa  144  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.632412  normal  0.0266361 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0953  nitroreductase  36.7 
 
 		 193 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0695  nitroreductase  41.58 
 
 		 192 aa  137  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.264494  normal  0.0160033 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1800  nitroreductase  38.3 
 
 		 208 aa  136  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1919  hypothetical protein  43.11 
 
 		 186 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22710  hypothetical protein  42.86 
 
 		 186 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0282238 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1891  nitroreductase  43.2 
 
 		 182 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2175  nitroreductase  47.64 
 
 		 188 aa  127  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7221  nitroreductase  40.46 
 
 		 221 aa  125  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1833  nitroreductase  42.77 
 
 		 182 aa  125  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0967243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2747  nitroreductase  40.48 
 
 		 182 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1763  nitroreductase  38.79 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1828  nitroreductase  38.59 
 
 		 186 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3795  nitroreductase  39.13 
 
 		 185 aa  121  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000177685 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2304  nitroreductase  38.42 
 
 		 182 aa  121  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0131618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15580  Nitroreductase  41.32 
 
 		 186 aa  120  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.978849  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1802  nitroreductase family protein  37.1 
 
 		 186 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.649607  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1783  nitroreductase family protein  39.55 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2050  nitroreductase family protein  39.55 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0775  nitroreductase family protein  39.55 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1068  nitroreductase family protein  39.55 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0671  nitroreductase family protein  39.55 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2043  nitroreductase family protein  39.55 
 
 		 207 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.144976  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1665  nitroreductase  37.71 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1923  nitroreductase family protein  39.77 
 
 		 207 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4012  nitroreductase  39.11 
 
 		 185 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.147997  hitchhiker  0.000154736 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4506  nitroreductase  39.89 
 
 		 185 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1405  nitroreductase  39.66 
 
 		 185 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000113316  normal  0.729658 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3592  nitroreductase  38.2 
 
 		 186 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0449801  normal  0.683239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3921  nitroreductase  37.99 
 
 		 300 aa  118  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159011  normal  0.0804264 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2374  nitroreductase  37.29 
 
 		 182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.611093  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0762  nitroreductase family protein  38.98 
 
 		 207 aa  117  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1740  nitroreductase  37.1 
 
 		 182 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1480  nitroreductase  37.5 
 
 		 188 aa  117  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0228393  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4233  nitroreductase  36.42 
 
 		 209 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.064349  normal  0.419848 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2315  nitroreductase  41.42 
 
 		 182 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1354  nitroreductase  36.81 
 
 		 186 aa  117  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000836569  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2494  nitroreductase  36.72 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.838709  hitchhiker  0.00693244 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2708  nitroreductase family protein  39.05 
 
 		 182 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1101  nitroreductase  37.1 
 
 		 193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1808  nitroreductase  36.72 
 
 		 182 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2478  nitroreductase  36.72 
 
 		 182 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.981358  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02400  nitroreductase  39.64 
 
 		 191 aa  114  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.305369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1847  nitroreductase  36.72 
 
 		 182 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2590  nitroreductase family protein  34.07 
 
 		 198 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.236049  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1800  nitroreductase  36.72 
 
 		 182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.493936  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1532  nitroreductase  37.13 
 
 		 182 aa  111  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4587  nitroreductase  34.64 
 
 		 228 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3637  nitroreductase  32.22 
 
 		 192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1457  nitroreductase family protein  41.98 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1682  hypothetical protein  33.51 
 
 		 183 aa  108  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.5074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002916  protein ydjA  33.15 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1661  nitroreductase  34.07 
 
 		 214 aa  105  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.923365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3754  nitroreductase  31.11 
 
 		 220 aa  105  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.913341  normal  0.820114 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2020  hypothetical protein  34.21 
 
 		 183 aa  105  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000242439  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1423  hypothetical protein  36.31 
 
 		 183 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.566409 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1407  hypothetical protein  36.31 
 
 		 183 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0175478  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1618  nitroreductase  38.42 
 
 		 195 aa  104  7e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1877  nitroreductase  34.52 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000380394  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2485  hypothetical protein  34.52 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175131  normal  0.297695 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1617  nitroreductase  35.96 
 
 		 183 aa  102  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1849  hypothetical protein  34.52 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000672951  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>