More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0415 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03149  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0567144  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03100  hypothetical protein  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0375392  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0415  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000337677  unclonable  1.3853e-08 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3593  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00190616  normal  0.0522368 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4620  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.95624e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3781  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000117376  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3684  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.03669e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3492  30S ribosomal protein S13  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.57981e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
118 aa  236  8e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.3345e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3729  30S ribosomal protein S13  97.46 
 
 
118 aa  230  4e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00146964  hitchhiker  0.00425653 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3686  30S ribosomal protein S13  97.46 
 
 
118 aa  229  8e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0131343  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3614  30S ribosomal protein S13  97.46 
 
 
118 aa  229  8e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00105943  normal  0.48549 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3721  30S ribosomal protein S13  97.46 
 
 
118 aa  229  8e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0277516  normal  0.14692 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3613  30S ribosomal protein S13  97.46 
 
 
118 aa  229  8e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000260189  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3784  30S ribosomal protein S13  97.46 
 
 
118 aa  229  8e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0191543  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0427  30S ribosomal protein S13  95.76 
 
 
118 aa  226  9e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.621258  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0345  ribosomal protein S13  90.68 
 
 
118 aa  216  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00933563  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3800  30S ribosomal protein S13  89.83 
 
 
118 aa  216  9e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0251117  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3978  30S ribosomal protein S13  88.98 
 
 
118 aa  214  3e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.287475  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0341  30S ribosomal protein S13  87.29 
 
 
118 aa  212  1e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000179312  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0081  30S ribosomal protein S13  87.29 
 
 
118 aa  212  2e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.27347e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0235  30S ribosomal protein S13  85.59 
 
 
118 aa  212  2e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  7.71174e-10  unclonable  8.29235e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2152  30S ribosomal protein S13  87.29 
 
 
118 aa  210  5e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  8.93121e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001720  SSU ribosomal protein S13p (S18e)  85.59 
 
 
118 aa  209  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.08001e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0603  30S ribosomal protein S13  85.59 
 
 
118 aa  206  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.01509e-09  normal  0.555026 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3893  30S ribosomal protein S13  85.59 
 
 
118 aa  206  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.23367e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0305  30S ribosomal protein S13  85.59 
 
 
118 aa  206  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  4.81161e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4522  30S ribosomal protein S13  83.9 
 
 
118 aa  204  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.53849e-08  hitchhiker  5.02867e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0206  30S ribosomal protein S13  81.36 
 
 
118 aa  204  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.58575e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0253  30S ribosomal protein S13  82.2 
 
 
118 aa  203  6e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0221  30S ribosomal protein S13  82.2 
 
 
118 aa  203  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.24904e-08  unclonable  1.65465e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0216  30S ribosomal protein S13  82.2 
 
 
118 aa  203  6e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.13091e-07  hitchhiker  0.00577803 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0221  30S ribosomal protein S13  82.2 
 
 
118 aa  203  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.05657e-09  unclonable  4.30972e-11 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0180  30S ribosomal protein S13  82.2 
 
 
118 aa  203  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  4.23158e-09  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3737  30S ribosomal protein S13  81.36 
 
 
118 aa  202  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.53865e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0981  30S ribosomal protein S13  77.97 
 
 
118 aa  201  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  3.95911e-12  hitchhiker  0.00390271 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0170  30S ribosomal protein S13  80.51 
 
 
118 aa  201  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.07267e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4148  30S ribosomal protein S13  80.51 
 
 
118 aa  200  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.62209e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0221  30S ribosomal protein S13  80.51 
 
 
118 aa  200  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.85697e-08  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0218  30S ribosomal protein S13  80.51 
 
 
118 aa  200  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  8.81294e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4034  30S ribosomal protein S13  80.51 
 
 
118 aa  200  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.02079e-10  unclonable  2.66347e-12 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4668  30S ribosomal protein S13  78.81 
 
 
118 aa  199  7e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.30627e-08  unclonable  8.12252e-09 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00960  30S ribosomal protein S13  80.51 
 
 
118 aa  199  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  5.08304e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0623  30S ribosomal protein S13  81.36 
 
 
118 aa  198  2e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00994165  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0192  30S ribosomal protein S13  79.66 
 
 
118 aa  197  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.85744e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1011  30S ribosomal protein S13  78.81 
 
 
118 aa  197  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.27796e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4297  30S ribosomal protein S13  77.97 
 
 
118 aa  196  9e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.01851e-07  unclonable  3.55605e-11 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2611  30S ribosomal protein S13  78.81 
 
 
118 aa  196  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.739873  normal  0.496335 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3502  30S ribosomal protein S13  78.81 
 
 
118 aa  196  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000681032  hitchhiker  7.66751e-08 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4254  ribosomal protein S13  76.27 
 
 
118 aa  188  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  5.89947e-08  unclonable  2.14653e-12 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0350  30S ribosomal protein S13  75.42 
 
 
118 aa  188  2e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09080  30S ribosomal protein S13  75.42 
 
 
118 aa  187  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.448669 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3315  30S ribosomal protein S13  74.14 
 
 
120 aa  187  6e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0859  30S ribosomal protein S13  75.42 
 
 
118 aa  186  9e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0648  ribosomal protein S13  75.42 
 
 
118 aa  185  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4527  30S ribosomal protein S13  75.42 
 
 
118 aa  185  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.20573 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2350  30S ribosomal protein S13  73.73 
 
 
118 aa  184  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0427  30S ribosomal protein S13  72.88 
 
 
118 aa  184  3e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.137933 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06470  30S ribosomal protein S13  74.58 
 
 
118 aa  184  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0443  30S ribosomal protein S13  71.19 
 
 
118 aa  184  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.647246  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0505  30S ribosomal protein S13  74.58 
 
 
118 aa  183  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00137785  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0476  30S ribosomal protein S13  74.58 
 
 
118 aa  183  5e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.31121e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0509  30S ribosomal protein S13  74.58 
 
 
118 aa  183  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176791  hitchhiker  0.00957459 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0302  30S ribosomal protein S13  73.5 
 
 
120 aa  183  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  4.20412e-10  hitchhiker  1.42456e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4727  30S ribosomal protein S13  73.73 
 
 
118 aa  183  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478097  normal  0.348822 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5058  30S ribosomal protein S13  74.58 
 
 
118 aa  183  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000365808  normal  0.238672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0789  30S ribosomal protein S13  70.94 
 
 
125 aa  182  1e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0549018  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0342  30S ribosomal protein S13  70.69 
 
 
120 aa  181  3e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000749433  unclonable  3.90706e-08 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2302  30S ribosomal protein S13  69.49 
 
 
118 aa  181  4e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.408808  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0344  30S ribosomal protein S13  71.19 
 
 
118 aa  180  6e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  2.53424e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3887  30S ribosomal protein S13  72.03 
 
 
118 aa  178  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00983662  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0741  30S ribosomal protein S13  70.34 
 
 
118 aa  179  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0141684  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2147  30S ribosomal protein S13  66.1 
 
 
118 aa  176  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0234905  normal  0.437789 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0075  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
121 aa  175  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.679156  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0506  30S ribosomal protein S13  66.1 
 
 
118 aa  174  5e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00117339  normal  0.0273818 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2303  30S ribosomal protein S13  71.19 
 
 
118 aa  174  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0732212  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0777  30S ribosomal protein S13  68.64 
 
 
118 aa  173  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0589032 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04499  30S ribosomal protein S13  68.64 
 
 
118 aa  172  1e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.662464  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0511  30S ribosomal protein S13  65.25 
 
 
118 aa  172  1e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0430719  normal  0.0101578 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0351  30S ribosomal protein S13  66.95 
 
 
118 aa  172  2e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.069435  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0521  30S ribosomal protein S13  66.95 
 
 
118 aa  172  2e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.148461  unclonable  1.53746e-11 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3621  30S ribosomal protein S13  67.54 
 
 
121 aa  171  2e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00101768  hitchhiker  1.00437e-09 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0392  30S ribosomal protein S13  71.05 
 
 
118 aa  172  2e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0416  30S ribosomal protein S13  71.05 
 
 
118 aa  172  2e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0836  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
119 aa  171  3e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0350  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.10511 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0371  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.210535  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2816  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.162634  normal  0.184751 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0299  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0085038  normal  0.0728223 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3470  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.879267  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0073  30S ribosomal protein S13  68.42 
 
 
121 aa  171  4e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.417836  hitchhiker  3.29055e-09 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0290  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0337  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.220918  normal  0.0253305 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2736  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 
121 aa  171  4e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2609  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  170  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3781  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1947  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  170  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.659033  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3045  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  170  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.136567  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3753  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245707  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3723  30S ribosomal protein S13  64.91 
 
 
121 aa  170  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0802348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>