194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_0062 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03506  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3958  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500871 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4100  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3984  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0062  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204868 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4128  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03458  hypothetical protein  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4152  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4067  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.912387  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0056  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
91 aa  176  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  94.51 
 
 
91 aa  142  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4493  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  94.51 
 
 
91 aa  142  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0211  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  78.89 
 
 
90 aa  142  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0090  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  97.8 
 
 
91 aa  138  2e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0044  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  92.31 
 
 
91 aa  138  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4868  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  91.21 
 
 
91 aa  135  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00471726 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4146  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  94.51 
 
 
91 aa  135  3e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3949  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  94.51 
 
 
91 aa  133  7e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4177  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  93.41 
 
 
91 aa  131  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00539722  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  93.41 
 
 
91 aa  131  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0354  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
92 aa  125  1e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.345047  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
92 aa  125  1e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0359  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
92 aa  125  1e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0362  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.22 
 
 
92 aa  125  1e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  5.90702e-09 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1456  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.17 
 
 
90 aa  122  1e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.93 
 
 
95 aa  119  2e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001863  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  83.33 
 
 
90 aa  118  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  84.44 
 
 
90 aa  116  1e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0111  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  83.08 
 
 
65 aa  115  2e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3624  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.67 
 
 
91 aa  106  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.95 
 
 
90 aa  105  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0329  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.24 
 
 
92 aa  103  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.389208  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3614  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.24 
 
 
92 aa  103  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3811  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.24 
 
 
92 aa  103  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.370537  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3631  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.29 
 
 
92 aa  103  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529446  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.29 
 
 
92 aa  103  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  71.83 
 
 
92 aa  103  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3434  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70 
 
 
92 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.684285  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.29 
 
 
94 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  2.2392e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.86 
 
 
93 aa  100  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.86 
 
 
94 aa  100  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.86 
 
 
94 aa  100  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70 
 
 
92 aa  99  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.98 
 
 
90 aa  92.8  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00629  DNA-directed RNA polymerase subunit kappa/omega  89.36 
 
 
59 aa  88.6  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.76 
 
 
91 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  57.81 
 
 
87 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.25 
 
 
87 aa  84  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
87 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
87 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
87 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
87 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.38 
 
 
90 aa  82  2e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.97 
 
 
74 aa  81.6  3e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  60 
 
 
67 aa  82  3e-15  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  60 
 
 
67 aa  82  3e-15  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
88 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
87 aa  79  2e-14  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.81 
 
 
70 aa  78.2  3e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.12 
 
 
87 aa  78.2  3e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  54.55 
 
 
97 aa  78.2  4e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  54.55 
 
 
97 aa  78.2  4e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.56 
 
 
87 aa  77.4  6e-14  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  58.46 
 
 
87 aa  76.6  9e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.38 
 
 
68 aa  76.3  1e-13  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  48.68 
 
 
86 aa  75.5  2e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3234  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.85 
 
 
83 aa  75.5  3e-13  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.665488  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
86 aa  74.7  4e-13  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
86 aa  73.9  7e-13  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.38 
 
 
86 aa  73.9  7e-13  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.41 
 
 
123 aa  72.4  2e-12  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
107 aa  71.2  4e-12  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.92 
 
 
91 aa  68.9  2e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.92 
 
 
91 aa  68.9  2e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  9.20527e-07 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.96 
 
 
98 aa  68.2  3e-11  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3528  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.71 
 
 
113 aa  65.1  3e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408605  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  55 
 
 
121 aa  64.7  5e-10  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.47 
 
 
130 aa  64.3  6e-10  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0755  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.25 
 
 
111 aa  64.3  6e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3837  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  42.39 
 
 
129 aa  64.3  6e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.56 
 
 
107 aa  64.3  6e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  45.31 
 
 
74 aa  63.9  7e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0049  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.73 
 
 
70 aa  63.5  8e-10  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
130 aa  63.5  9e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4018  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
71 aa  63.5  9e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.506411  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1727  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.56 
 
 
119 aa  63.5  1e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.121301 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  48.44 
 
 
93 aa  63.2  1e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2256  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
130 aa  63.2  1e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366535  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2634  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
130 aa  63.2  1e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23682  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2967  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
130 aa  63.2  1e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183581  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1401  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.43 
 
 
118 aa  63.2  1e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0891188 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1602  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
114 aa  62.8  2e-09  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.175308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
114 aa  62.4  2e-09  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2646  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.53 
 
 
130 aa  62.4  2e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.192683  normal  0.0194181 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2607  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  48.44 
 
 
130 aa  61.6  3e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00298684  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>