More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2516 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A2134  adenylosuccinate lyase  94.74 
 
 
456 aa  907  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0323604 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1593  adenylosuccinate lyase  76.26 
 
 
455 aa  750  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1601  adenylosuccinate lyase  74.51 
 
 
456 aa  733  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1676  adenylosuccinate lyase  75.16 
 
 
456 aa  738  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.167323  normal  0.0665218 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2262  adenylosuccinate lyase  73.68 
 
 
456 aa  727  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2707  adenylosuccinate lyase  75 
 
 
456 aa  741  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0624698 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3420  adenylosuccinate lyase  68.82 
 
 
472 aa  664  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1994  adenylosuccinate lyase  99.34 
 
 
456 aa  939  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.922086 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2472  adenylosuccinate lyase  99.78 
 
 
456 aa  942  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1718  adenylosuccinate lyase  88.38 
 
 
456 aa  848  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2381  adenylosuccinate lyase  74.29 
 
 
455 aa  737  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1309  adenylosuccinate lyase  99.56 
 
 
456 aa  941  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30110  adenylosuccinate lyase  70.16 
 
 
456 aa  686  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1952  adenylosuccinate lyase  94.74 
 
 
456 aa  907  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02370  adenylosuccinate lyase  74.29 
 
 
455 aa  725  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.718136  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1311  adenylosuccinate lyase  94.74 
 
 
456 aa  907  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.634296  normal  0.266567 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1349  adenylosuccinate lyase  94.74 
 
 
456 aa  907  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1333  adenylosuccinate lyase  94.74 
 
 
456 aa  907  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.887926  normal  0.184863 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1675  adenylosuccinate lyase  67.11 
 
 
459 aa  666  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1826  adenylosuccinate lyase  73.85 
 
 
456 aa  732  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2446  adenylosuccinate lyase  70.98 
 
 
454 aa  671  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.673472  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0423  adenylosuccinate lyase  70.99 
 
 
463 aa  711  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3621  adenylosuccinate lyase  69.04 
 
 
472 aa  667  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2853  adenylosuccinate lyase  88.38 
 
 
456 aa  848  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1745  adenylosuccinate lyase  75.38 
 
 
456 aa  740  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2473  adenylosuccinate lyase  75 
 
 
456 aa  741  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00166519  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1558  adenylosuccinate lyase  74.34 
 
 
456 aa  740  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0115488  normal 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29392  predicted protein  63.89 
 
 
505 aa  636  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.881924 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2578  adenylosuccinate lyase  69.71 
 
 
456 aa  682  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.763537  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3268  adenylosuccinate lyase  66.67 
 
 
457 aa  661  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567464 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1644  adenylosuccinate lyase  92.54 
 
 
456 aa  890  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2235  adenylosuccinate lyase  75 
 
 
456 aa  738  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0334521  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2402  adenylosuccinate lyase  69.11 
 
 
456 aa  669  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.129184  normal  0.0983593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1817  adenylosuccinate lyase  69.04 
 
 
472 aa  666  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0945132 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2480  adenylosuccinate lyase  74.56 
 
 
456 aa  737  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.866176  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1610  adenylosuccinate lyase  88.38 
 
 
456 aa  848  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01822  adenylosuccinate lyase  81.8 
 
 
478 aa  787  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2593  adenylosuccinate lyase  75 
 
 
456 aa  740  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.138176  normal  0.0552843 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2540  adenylosuccinate lyase  73.85 
 
 
456 aa  727  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2064  adenylosuccinate lyase  72.75 
 
 
456 aa  710  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00558095  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2020  adenylosuccinate lyase  89.04 
 
 
456 aa  852  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.581783  normal  0.312762 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0961  adenylosuccinate lyase  75.6 
 
 
457 aa  726  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.118587 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1764  adenylosuccinate lyase  68.6 
 
 
455 aa  674  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.207471  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1879  adenylosuccinate lyase  74.29 
 
 
455 aa  731  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.62136e-07 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1294  adenylosuccinate lyase  99.56 
 
 
456 aa  941  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1251  adenylosuccinate lyase  99.78 
 
 
456 aa  942  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0644  adenylosuccinate lyase  82.24 
 
 
456 aa  789  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4016  adenylosuccinate lyase  69.04 
 
 
456 aa  667  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.704284  normal  0.107719 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2902  adenylosuccinate lyase  71.93 
 
 
456 aa  709  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.451735  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3360  adenylosuccinate lyase  70.16 
 
 
456 aa  677  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0546481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1867  adenylosuccinate lyase  88.82 
 
 
456 aa  855  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1940  adenylosuccinate lyase  88.79 
 
 
455 aa  857  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28380  adenylosuccinate lyase  69.78 
 
 
462 aa  674  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01137  hypothetical protein  99.56 
 
 
456 aa  941  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003857  adenylosuccinate lyase  81.14 
 
 
456 aa  780  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.574073  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3598  adenylosuccinate lyase  69.56 
 
 
471 aa  677  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2635  adenylosuccinate lyase  75.16 
 
 
456 aa  736  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2152  adenylosuccinate lyase  88.16 
 
 
456 aa  851  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0629713  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0518  adenylosuccinate lyase  66.89 
 
 
456 aa  645  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.448433 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2195  adenylosuccinate lyase  79.17 
 
 
456 aa  769  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1592  adenylosuccinate lyase  99.56 
 
 
456 aa  941  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  4.40379e-05 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2516  adenylosuccinate lyase  100 
 
 
456 aa  945  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00611502  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3192  adenylosuccinate lyase  70.82 
 
 
472 aa  684  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.095661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1871  adenylosuccinate lyase  75 
 
 
456 aa  741  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0121528  hitchhiker  3.77009e-06 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1849  adenylosuccinate lyase  70.31 
 
 
455 aa  663  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2065  adenylosuccinate lyase  86.81 
 
 
455 aa  844  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1137  adenylosuccinate lyase  66.07 
 
 
465 aa  648  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01129  adenylosuccinate lyase  99.56 
 
 
456 aa  941  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1065  adenylosuccinate lyase  65.13 
 
 
458 aa  625  1e-178  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.403225  normal  0.751482 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1032  adenylosuccinate lyase  65.03 
 
 
458 aa  613  1e-174  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.423861  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1784  adenylosuccinate lyase  63.47 
 
 
453 aa  613  1e-174  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.47541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1358  adenylosuccinate lyase  61.83 
 
 
455 aa  605  1e-172  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1819  adenylosuccinate lyase  63.27 
 
 
456 aa  603  1e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.558507  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3288  adenylosuccinate lyase  62.05 
 
 
455 aa  598  1e-170  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.650237  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2106  adenylosuccinate lyase  60.66 
 
 
455 aa  595  1e-169  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2720  adenylosuccinate lyase  62.67 
 
 
457 aa  592  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.382764 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0960  adenylosuccinate lyase  62.67 
 
 
469 aa  590  1e-167  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000552742 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2956  adenylosuccinate lyase  61.89 
 
 
458 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2576  adenylosuccinate lyase  62.2 
 
 
462 aa  587  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000542791 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1245  adenylosuccinate lyase  62.22 
 
 
463 aa  585  1e-166  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00902866  normal  0.920871 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1221  adenylosuccinate lyase  62.78 
 
 
483 aa  584  1e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2554  adenylosuccinate lyase  63.53 
 
 
457 aa  583  1e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.660215 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0026  adenylosuccinate lyase  60 
 
 
455 aa  584  1e-165  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0183  adenylosuccinate lyase  61.45 
 
 
462 aa  581  1e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.31796  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0666  adenylosuccinate lyase  61.45 
 
 
462 aa  581  1e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.600757  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2442  adenylosuccinate lyase  62.33 
 
 
462 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1216  adenylosuccinate lyase  62.33 
 
 
462 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2717  adenylosuccinate lyase  62.78 
 
 
482 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0358  adenylosuccinate lyase  62.33 
 
 
462 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2819  adenylosuccinate lyase  61.89 
 
 
458 aa  579  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3366  adenylosuccinate lyase  61.23 
 
 
462 aa  578  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  1.11293e-06 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0633  adenylosuccinate lyase  61.45 
 
 
462 aa  581  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2627  adenylosuccinate lyase  62.33 
 
 
462 aa  580  1e-164  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0157894  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1511  adenylosuccinate lyase  60.88 
 
 
483 aa  581  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.411987 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3402  adenylosuccinate lyase  62.33 
 
 
462 aa  580  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2964  adenylosuccinate lyase  62.86 
 
 
457 aa  579  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.989167  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1146  adenylosuccinate lyase  62 
 
 
463 aa  579  1e-164  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.17359  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0593  adenylosuccinate lyase  62.42 
 
 
462 aa  577  1e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3752  adenylosuccinate lyase  61.23 
 
 
482 aa  577  1e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3436  adenylosuccinate lyase  62.33 
 
 
462 aa  574  1e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.587084  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>