More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2274 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  100 
 
 		 156 aa  324  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  79.87 
 
 		 156 aa  264  4e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  74.17 
 
 		 154 aa  223  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  65.13 
 
 		 156 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  58.97 
 
 		 157 aa  199  8e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  57.05 
 
 		 156 aa  194  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  64.03 
 
 		 155 aa  192  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  59.6 
 
 		 155 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  59.6 
 
 		 155 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  59.6 
 
 		 155 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  59.06 
 
 		 153 aa  191  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  59.6 
 
 		 155 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  59.6 
 
 		 155 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  64.23 
 
 		 151 aa  191  4e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  8e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  57.14 
 
 		 158 aa  189  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  57.72 
 
 		 154 aa  189  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  59.73 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  58.39 
 
 		 155 aa  188  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  62.5 
 
 		 162 aa  188  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  59.6 
 
 		 154 aa  187  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  57.72 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  57.72 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  57.72 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  58.94 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  56.38 
 
 		 158 aa  184  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  55.63 
 
 		 158 aa  184  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  57.05 
 
 		 154 aa  183  6e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02469  ribonuclease H  60.43 
 
 		 150 aa  184  6e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.79431  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  55.63 
 
 		 158 aa  183  9e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  60.74 
 
 		 151 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  55.63 
 
 		 158 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  57.72 
 
 		 154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  56.29 
 
 		 154 aa  182  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  53.75 
 
 		 170 aa  182  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  54.3 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  54.3 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  60.84 
 
 		 155 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  62.96 
 
 		 161 aa  181  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  60.74 
 
 		 151 aa  181  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  54.36 
 
 		 161 aa  181  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  60.28 
 
 		 154 aa  181  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  54.84 
 
 		 156 aa  181  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  58.78 
 
 		 150 aa  181  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  57.72 
 
 		 156 aa  181  4.0000000000000006e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  59.56 
 
 		 154 aa  180  5.0000000000000004e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  59.56 
 
 		 154 aa  180  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  53.69 
 
 		 156 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  53.02 
 
 		 156 aa  180  6e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  53.69 
 
 		 156 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  53.69 
 
 		 156 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  53.69 
 
 		 156 aa  180  6e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  60 
 
 		 153 aa  180  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  52.56 
 
 		 156 aa  180  8.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  58.39 
 
 		 173 aa  180  8.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  56.46 
 
 		 159 aa  179  9.000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  58.27 
 
 		 148 aa  179  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  60 
 
 		 151 aa  178  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  62.22 
 
 		 154 aa  178  2e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  60.74 
 
 		 148 aa  178  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  59.03 
 
 		 166 aa  177  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  58.7 
 
 		 150 aa  178  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  58.27 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  58.27 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  58.27 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  58.27 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  61.48 
 
 		 153 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  58.27 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  58.27 
 
 		 148 aa  177  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  53.02 
 
 		 159 aa  177  4.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  59.7 
 
 		 146 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  56.38 
 
 		 157 aa  177  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  60 
 
 		 148 aa  177  7e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  57.55 
 
 		 147 aa  176  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  61.48 
 
 		 151 aa  176  8e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  57.55 
 
 		 148 aa  176  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  57.55 
 
 		 148 aa  176  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  60.74 
 
 		 153 aa  176  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  56.12 
 
 		 147 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  57.55 
 
 		 148 aa  175  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  52.56 
 
 		 161 aa  175  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  56.12 
 
 		 147 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  56.55 
 
 		 163 aa  175  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  56.12 
 
 		 147 aa  175  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  59.26 
 
 		 154 aa  175  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  57.78 
 
 		 145 aa  174  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  60 
 
 		 145 aa  174  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  58.16 
 
 		 153 aa  174  4e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  51.92 
 
 		 158 aa  174  5e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2778  Ribonuclease H  58.04 
 
 		 153 aa  174  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  59.26 
 
 		 154 aa  173  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  56.12 
 
 		 160 aa  172  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  60 
 
 		 160 aa  172  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>