More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0125 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
472 aa  960    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.74 
 
 
473 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.28 
 
 
470 aa  358  8e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.65 
 
 
471 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.32 
 
 
469 aa  294  2e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.71 
 
 
468 aa  292  9e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.48 
 
 
455 aa  291  1e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.68 
 
 
469 aa  289  6e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.69 
 
 
458 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 
470 aa  265  1e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.17 
 
 
468 aa  263  6e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.96 
 
 
480 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.86 
 
 
509 aa  250  3e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.9 
 
 
459 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  33.69 
 
 
471 aa  240  5e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.26 
 
 
470 aa  239  5.999999999999999e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.05 
 
 
481 aa  238  2e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.48 
 
 
476 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.48 
 
 
476 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  32.81 
 
 
476 aa  234  3e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.68 
 
 
476 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.03 
 
 
476 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  32.81 
 
 
476 aa  233  6e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.12 
 
 
462 aa  232  1e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.58 
 
 
476 aa  232  1e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.58 
 
 
476 aa  231  3e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  32.58 
 
 
476 aa  231  3e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  32.58 
 
 
476 aa  231  3e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  32.58 
 
 
476 aa  231  3e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.44 
 
 
457 aa  226  8e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.48 
 
 
454 aa  225  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.26 
 
 
476 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.68 
 
 
457 aa  219  7e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.05 
 
 
464 aa  219  7e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.42 
 
 
456 aa  219  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.36 
 
 
485 aa  216  8e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.88 
 
 
456 aa  212  1e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.48 
 
 
476 aa  210  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.46 
 
 
492 aa  209  6e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.79 
 
 
444 aa  208  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.82 
 
 
472 aa  208  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  32.2 
 
 
476 aa  207  3e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.98 
 
 
464 aa  206  6e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  30.45 
 
 
454 aa  206  7e-52  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  31.73 
 
 
470 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.07 
 
 
450 aa  200  5e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.25 
 
 
431 aa  190  5.999999999999999e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.37 
 
 
414 aa  187  2e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  29.71 
 
 
436 aa  188  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  29.62 
 
 
454 aa  186  6e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.33 
 
 
486 aa  186  6e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.94 
 
 
444 aa  186  9e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  33.41 
 
 
458 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  31.82 
 
 
682 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.97 
 
 
457 aa  183  7e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  31.42 
 
 
676 aa  180  5.999999999999999e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.73 
 
 
446 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.72 
 
 
465 aa  179  1e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.9 
 
 
461 aa  179  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.22 
 
 
445 aa  178  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.5 
 
 
419 aa  176  5e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.47 
 
 
455 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  38.4 
 
 
354 aa  163  6e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  37.5 
 
 
332 aa  159  7e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.02 
 
 
423 aa  160  7e-38  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.85 
 
 
457 aa  159  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.71 
 
 
442 aa  157  3e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.4 
 
 
325 aa  156  9e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.13 
 
 
325 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.25 
 
 
436 aa  155  1e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.52 
 
 
474 aa  155  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.68 
 
 
306 aa  155  2e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.97 
 
 
328 aa  155  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.02 
 
 
489 aa  154  2.9999999999999998e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.77 
 
 
326 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.77 
 
 
326 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  30.03 
 
 
342 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.31 
 
 
442 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.6 
 
 
334 aa  147  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.27 
 
 
324 aa  143  7e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.19 
 
 
336 aa  142  9e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.31 
 
 
241 aa  142  9.999999999999999e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
311 aa  139  7.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.85 
 
 
338 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.81 
 
 
455 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.35 
 
 
469 aa  133  6.999999999999999e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.51 
 
 
323 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3251  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.81 
 
 
344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0128413  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38 
 
 
334 aa  131  3e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.94 
 
 
336 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.01 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.51 
 
 
377 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.74 
 
 
524 aa  126  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  36.32 
 
 
460 aa  125  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.88 
 
 
521 aa  124  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.19 
 
 
450 aa  123  6e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.57 
 
 
449 aa  123  8e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0012  putative cell-cycle protein, MesJ/Ycf62 family  28.64 
 
 
421 aa  123  8e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  26.57 
 
 
449 aa  123  9e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  28.3 
 
 
451 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.763713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>