65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0095 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0095    100 
 
 		 363 bp  720    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67310  putative amino acid permease  83.85 
 
 		 1404 bp  218  8e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4834  amino acid permease-associated region  82.87 
 
 		 1377 bp  176  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.558883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2854  amino acid permease  85.71 
 
 		 1365 bp  165  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0237037  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5046  histidine transport protein  85.37 
 
 		 1425 bp  161  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.926717 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5276  proline-specific permease proY  81.56 
 
 		 1377 bp  159  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5081  amino acid permease-associated region  81.25 
 
 		 1404 bp  151  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0324065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1095  amino acid permease-associated region  81.76 
 
 		 1368 bp  151  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0467  amino acid transporter  84.24 
 
 		 1365 bp  141  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00613549  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1385  amino acid transporter  84.24 
 
 		 1365 bp  141  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.351329  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1381  amino acid transporter  84.24 
 
 		 1365 bp  141  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.568485  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0685  amino acid transporter  84.24 
 
 		 1365 bp  141  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0485493  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1185  amino acid transporter  84.24 
 
 		 1365 bp  141  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.374645  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4320  amino acid transporter  84.24 
 
 		 1368 bp  141  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.619853  normal  0.387948 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1516  amino acid permease  84.24 
 
 		 1365 bp  141  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1774  amino acid permease  84.24 
 
 		 1365 bp  141  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.186196  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0905  amino acid permease-associated region  83.9 
 
 		 1383 bp  137  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0803  amino acid permease-associated region  80.86 
 
 		 1392 bp  133  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0480085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1095  amino acid permease-associated region  83.74 
 
 		 1368 bp  133  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.212668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0732  amino acid permease-associated region  83.74 
 
 		 1368 bp  133  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.486551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1212  amino acid permease-associated region  83.74 
 
 		 1368 bp  133  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.026643  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2091  amino acid permease-associated region  83.41 
 
 		 1368 bp  129  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.180943  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5031  amino acid ABC transporter permease  80.44 
 
 		 1404 bp  129  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.912254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1185  amino acid permease-associated region  83.25 
 
 		 1368 bp  125  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.199623  normal  0.379883 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4905  amino acid permease-associated region  80.82 
 
 		 1404 bp  123  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.963785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0834  amino acid permease-associated region  82.93 
 
 		 1383 bp  121  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0583  amino acid permease-associated region  79.87 
 
 		 1488 bp  115  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0404374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0433  amino acid permease-associated region  84.21 
 
 		 1404 bp  115  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.537388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0369  amino acid permease-associated region  81.59 
 
 		 1515 bp  105  9e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4729  amino acid permease  85.85 
 
 		 1416 bp  91.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5638  amino acid permease-associated region  81.22 
 
 		 1383 bp  89.7  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.24773  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0458  amino acid permease-associated region  80.72 
 
 		 1374 bp  75.8  0.000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.518173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54040  amino acid permease  83.02 
 
 		 1416 bp  67.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4136  amino acid permease family protein  80.92 
 
 		 1419 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210777  normal  0.0802051 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4084  amino acid permease family protein  80.92 
 
 		 1404 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0078  amino acid permease-associated region  80.92 
 
 		 1404 bp  61.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  85.92 
 
 		 1380 bp  61.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  82.08 
 
 		 1407 bp  60  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  82.08 
 
 		 1407 bp  60  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  82.08 
 
 		 1407 bp  60  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  82.08 
 
 		 1407 bp  60  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  82.08 
 
 		 1407 bp  60  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  82.08 
 
 		 1407 bp  60  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  82.08 
 
 		 1407 bp  60  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4353  amino acid permease-associated region  88.24 
 
 		 1419 bp  54  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  96.67 
 
 		 1407 bp  52  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0321  putative proline-specific permease  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.498957  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3231  putative proline-specific permease  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000934301 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0479  putative proline-specific permease  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.339066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00354  hypothetical protein  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3207  amino acid permease-associated region  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.168679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0432  putative proline-specific permease  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0472  putative proline-specific permease  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0870  putative proline-specific permease  91.67 
 
 		 1371 bp  48.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  100 
 
 		 1032 bp  48.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  100 
 
 		 1032 bp  48.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  100 
 
 		 1032 bp  48.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0065  amino acid transporter  96.43 
 
 		 1392 bp  48.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  100 
 
 		 1032 bp  48.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00350  predicted cryptic proline transporter  84.38 
 
 		 1374 bp  48.1  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1089  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 1419 bp  46.1  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.501177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1100  amino acid permease-associated region  87.23 
 
 		 1419 bp  46.1  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0119846  normal  0.968879 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4561  amino acid permease-associated region  86.27 
 
 		 1422 bp  46.1  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3101  putative proline-specific permease  91.43 
 
 		 1353 bp  46.1  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4782  integral membrane protein  100 
 
 		 909 bp  46.1  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.93668  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>