71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0907 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0907  Beta-lactamase  100 
 
 
267 aa  557  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.175545  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0412  penicillin-binding protein, transpeptidase  38.46 
 
 
283 aa  182  6e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0605163 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0837  beta-lactamase, putative  37.5 
 
 
265 aa  174  2e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1887  beta-lactamase class D  36.23 
 
 
272 aa  172  3e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.131226  normal  0.0179427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3440  penicillin-binding protein, transpeptidase  38.2 
 
 
265 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0522212  normal  0.234091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0694  Beta-lactamase  37.77 
 
 
265 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.96311e-06  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3328  Beta-lactamase  36.64 
 
 
265 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.306621  normal  0.885767 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8961  Beta-lactamase  37.87 
 
 
302 aa  168  7e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2040  Beta-lactamase  37.61 
 
 
300 aa  167  2e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00121228  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1276  Beta-lactamase  38.94 
 
 
272 aa  163  3e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.261729  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3016  Beta-lactamase  38.6 
 
 
264 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.535281 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3157  Beta-lactamase  35.32 
 
 
270 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00280746  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3398  Beta-lactamase  37.8 
 
 
272 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.130069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0845  Beta-lactamase  34.17 
 
 
295 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.965986  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0813  Beta-lactamase  33.33 
 
 
295 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00568131  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0838  Beta-lactamase  33.33 
 
 
295 aa  158  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.82216e-05 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5028  Beta-lactamase (OXA-5), class D  34.11 
 
 
272 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3522  Beta-lactamase  33.61 
 
 
295 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3353  Beta-lactamase  33.7 
 
 
277 aa  157  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3124  Beta-lactamase  35.08 
 
 
271 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3962  Beta-lactamase  37.8 
 
 
271 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0951  Beta-lactamase  35.15 
 
 
268 aa  156  3e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4075  Beta-lactamase  37.8 
 
 
271 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72760  putative beta-lactamase  34.68 
 
 
262 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.40823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6316  beta-lactamase PSE-2  35.65 
 
 
262 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1596  Beta-lactamase  40.28 
 
 
263 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.569759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3505  Beta-lactamase  34.19 
 
 
262 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2332  Beta-lactamase  33.47 
 
 
266 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.428372  normal  0.506587 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0427  Beta-lactamase  35.29 
 
 
306 aa  149  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284518  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2340  twin-arginine translocation pathway signal  34.01 
 
 
272 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0669803  normal  0.380486 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1109  Beta-lactamase  39.71 
 
 
261 aa  147  2e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00564969  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0301  Beta-lactamase  36.09 
 
 
264 aa  145  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  2.9774e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3220  Beta-lactamase  32.63 
 
 
268 aa  145  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0828246  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2637  Beta-lactamase  32.58 
 
 
279 aa  142  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.578583  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1050  Beta-lactamase  38.35 
 
 
262 aa  141  9e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250127 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2477  Beta-lactamase  33.49 
 
 
260 aa  140  2e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0120  Beta-lactamase  35.24 
 
 
262 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2220  beta-lactamase  36.02 
 
 
282 aa  139  5e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526982  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0344  beta-lactamase  36.79 
 
 
253 aa  139  6e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.148651  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1435  Beta-lactamase  38.57 
 
 
262 aa  132  9e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.716267 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3351  Beta-lactamase  30.73 
 
 
596 aa  122  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0483  putative beta-lactamase  34.22 
 
 
303 aa  122  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1383  conserved hypothetical protein, possible beta-lactamase  32.64 
 
 
248 aa  120  2e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0424  Beta-lactamase  32.11 
 
 
271 aa  119  8e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0030  Beta-lactamase  25.37 
 
 
585 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0030  Beta-lactamase  25.37 
 
 
585 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2520  methicillin-resistance regulatory protein MecR1  25.37 
 
 
585 aa  105  8e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00119182  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1460  regulatory protein BlaR1  26.96 
 
 
585 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000102574  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2825  Beta-lactamase  26.47 
 
 
405 aa  97.4  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.141892  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2748  Beta-lactamase  26.47 
 
 
585 aa  96.7  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.282517  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0004  regulatory protein BlaR1  25.76 
 
 
585 aa  94.4  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0356117  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0184  Beta-lactamase  30.08 
 
 
288 aa  91.3  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1588  hypothetical protein  26.92 
 
 
266 aa  76.6  4e-13  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1405  hypothetical protein  28.21 
 
 
266 aa  76.3  5e-13  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0077  hypothetical protein  26.2 
 
 
266 aa  75.1  1e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  hitchhiker  0.00231876  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3930  Beta-lactamase  24.11 
 
 
275 aa  72  1e-11  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.204659 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3817  Beta-lactamase  24.11 
 
 
275 aa  72  1e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485737 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2849  Beta-lactamase  23.97 
 
 
269 aa  70.9  2e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0389  Beta-lactamase  29.27 
 
 
281 aa  70.5  2e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.384736 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0211  Beta-lactamase  25.75 
 
 
274 aa  69.7  5e-11  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4544  Beta-lactamase  24.89 
 
 
266 aa  69.3  6e-11  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1441  Beta-lactamase  25.7 
 
 
279 aa  67.4  2e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.653891 
 
 
-
 
NC_003296  RS02005  oxacillin hydrolase  23.9 
 
 
272 aa  66.2  5e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2872  class D beta-lactamase  25.1 
 
 
269 aa  63.9  2e-09  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.314604  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4788  Beta-lactamase  23.77 
 
 
270 aa  63.5  3e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802032  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4137  Beta-lactamase  23.77 
 
 
270 aa  63.5  3e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3379  Beta-lactamase  23.77 
 
 
320 aa  62.8  5e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0373  beta-lactamase precursor  25.1 
 
 
269 aa  62.8  6e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.313009  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2719  class D beta-lactamase  24.69 
 
 
269 aa  62.4  7e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.886076  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1106  class D beta-lactamase  25.68 
 
 
473 aa  60.8  2e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.56971  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1053  beta-lactamase class D  22.67 
 
 
295 aa  60.5  3e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>