77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0003 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 89 bp  89.7  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0075  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681834  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0525  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 94 bp  87.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.48136e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4776  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 94 bp  87.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000022881  hitchhiker  0.0000000000000230511 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000655937  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5707  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 94 bp  87.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000958315  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0601  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 94 bp  87.7  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000039109  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ser-7  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 95 bp  87.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000630306  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 95 bp  87.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00887784  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ser-6  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 95 bp  87.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000600892  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  88.04 
 
 		 92 bp  87.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  96 
 
 		 92 bp  83.8  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 89 bp  81.8  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 89 bp  81.8  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 92 bp  67.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0037  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11590  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0238741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0453  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0650354 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0073  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0076  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1831  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.399609  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0167  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0023  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna125  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.714037  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0064  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.019452  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01622  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1356  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00596474  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36730  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.441005 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0011  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000117466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>