244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0974 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3940  Phosphoenolpyruvate carboxylase  45.15 
 
 
908 aa  694  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.622429  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2735  Phosphoenolpyruvate carboxylase  53.36 
 
 
888 aa  812  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0956137  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0974  Phosphoenolpyruvate carboxylase  100 
 
 
955 aa  1950  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  5.78394e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2554  phosphoenolpyruvate carboxylase  48.06 
 
 
875 aa  680  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0748469  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2973  Phosphoenolpyruvate carboxylase  61.95 
 
 
927 aa  1108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4129  Phosphoenolpyruvate carboxylase  45.9 
 
 
892 aa  685  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.54774  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30020  Phosphoenolpyruvate carboxylase  52.66 
 
 
900 aa  846  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3285  Phosphoenolpyruvate carboxylase  54.84 
 
 
913 aa  849  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1398  phosphoenolpyruvate carboxylase  63.34 
 
 
917 aa  1150  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2248  Phosphoenolpyruvate carboxylase  57.49 
 
 
891 aa  867  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.182119  hitchhiker  0.000536821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0397  phosphoenolpyruvate carboxylase  46.93 
 
 
915 aa  676  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0401912  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0018  phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP)  60.91 
 
 
918 aa  1102  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0134547 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1323  Phosphoenolpyruvate carboxylase  46.97 
 
 
879 aa  707  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.133852 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0701  phosphoenolpyruvate carboxylase  44.41 
 
 
890 aa  613  1e-174  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3806  Phosphoenolpyruvate carboxylase  35.48 
 
 
907 aa  433  1e-120  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.589788  normal  0.171928 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0308  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33.59 
 
 
931 aa  410  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0630  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.11 
 
 
939 aa  377  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0739788  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04694  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.4 
 
 
896 aa  376  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.510612  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3592  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.71 
 
 
933 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.795293 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4237  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.11 
 
 
929 aa  372  1e-101  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.582668  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1521  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.33 
 
 
929 aa  367  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2136  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.92 
 
 
906 aa  370  1e-100  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0770  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.78 
 
 
957 aa  365  2e-99  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.815806  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2753  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.83 
 
 
952 aa  365  2e-99  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2278  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.88 
 
 
928 aa  365  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.307465  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0304  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.26 
 
 
931 aa  365  3e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2134  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.84 
 
 
1023 aa  365  3e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2377  phosphoenolpyruvate carboxylase  33 
 
 
938 aa  364  5e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4375  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.64 
 
 
896 aa  363  6e-99  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0553395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0763  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.15 
 
 
950 aa  363  8e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.09332e-07 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2691  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.96 
 
 
929 aa  362  2e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0318  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.21 
 
 
926 aa  359  1e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.56738  normal  0.211574 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1696  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.86 
 
 
1017 aa  359  1e-97  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2252  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.81 
 
 
1017 aa  358  3e-97  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0123033 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0561  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.63 
 
 
932 aa  357  7e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00597332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1041  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
930 aa  357  8e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0472  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.53 
 
 
898 aa  356  1e-96  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1876  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.16 
 
 
933 aa  355  3e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.209652 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3412  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.11 
 
 
994 aa  354  5e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1972  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.9 
 
 
936 aa  354  5e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0399  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.16 
 
 
933 aa  352  2e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.917347  normal  0.991386 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2572  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.16 
 
 
1001 aa  352  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.374778 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17661  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.52 
 
 
989 aa  352  3e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1822  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.54 
 
 
926 aa  351  3e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.389962  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0871  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.53 
 
 
1088 aa  351  4e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2167  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.86 
 
 
1002 aa  351  4e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.524225  normal  0.617309 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1068  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.48 
 
 
1075 aa  351  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17621  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.01 
 
 
989 aa  350  5e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2522  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.41 
 
 
898 aa  349  1e-94  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.314131  normal  0.688456 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17821  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.02 
 
 
989 aa  348  2e-94  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2430  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.94 
 
 
1009 aa  349  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76585  normal  0.238617 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1667  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.59 
 
 
989 aa  348  3e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2426  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.84 
 
 
1009 aa  348  4e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0998  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.38 
 
 
938 aa  348  4e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1373  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.37 
 
 
947 aa  348  4e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333226  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1814  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.84 
 
 
994 aa  347  8e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.594671  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2335  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.24 
 
 
998 aa  347  9e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.361608 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1436  phosphoenolpyruvate carboxylase  33.03 
 
 
920 aa  345  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1883  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.65 
 
 
929 aa  345  3e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1819  Phosphoenolpyruvate carboxylase  33 
 
 
923 aa  345  3e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.218615 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2454  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.73 
 
 
946 aa  345  3e-93  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.302733  normal  0.778298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2448  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.73 
 
 
946 aa  345  3e-93  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1558  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.65 
 
 
929 aa  345  3e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0614036  unclonable  1.74255e-10 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2408  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.73 
 
 
946 aa  345  3e-93  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2358  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.1 
 
 
985 aa  345  3e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0606223  normal  0.223721 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0628  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.65 
 
 
903 aa  344  4e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.472091  normal  0.156419 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2469  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.14 
 
 
998 aa  344  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.792272  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0836  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.4 
 
 
1038 aa  343  6e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4447  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.35 
 
 
945 aa  343  8e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1069  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
994 aa  343  8e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.954175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2999  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
994 aa  343  9e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2286  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
994 aa  343  9e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1599  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
994 aa  343  9e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.737727  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1661  Phosphoenolpyruvate carboxylase  30.64 
 
 
938 aa  343  9e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0729  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
994 aa  343  9e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1147  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.26 
 
 
994 aa  343  1e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1075  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
1024 aa  342  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20211  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.26 
 
 
994 aa  342  2e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2000  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.89 
 
 
951 aa  341  3e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.277994  decreased coverage  0.000144828 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0868  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.93 
 
 
1004 aa  341  3e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0614  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.02 
 
 
954 aa  341  3e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1228  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.29 
 
 
1085 aa  342  3e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.774396  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2121  Phosphoenolpyruvate carboxylase  32.04 
 
 
946 aa  341  4e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.180736 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16951  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.46 
 
 
1007 aa  341  5e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2220  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.21 
 
 
1018 aa  340  5e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0767995 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1138  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.31 
 
 
926 aa  340  5e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.118011  normal  0.338902 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0396  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.83 
 
 
997 aa  340  7e-92  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.411219  normal  0.654727 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1933  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.92 
 
 
995 aa  340  7e-92  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22741  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.84 
 
 
1002 aa  340  9e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.114136 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2311  phosphoenolpyruvate carboxylase  30.83 
 
 
900 aa  338  2e-91  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.900921 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3003  phosphoenolpyruvate carboxylase  32.62 
 
 
934 aa  338  2e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.371181  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3665  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.96 
 
 
970 aa  339  2e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2180  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.86 
 
 
1030 aa  338  2e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.235371  hitchhiker  0.000906218 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0699  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.12 
 
 
1006 aa  338  3e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4721  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.29 
 
 
896 aa  338  4e-91  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2494  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.8 
 
 
897 aa  337  5e-91  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07300  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.6 
 
 
942 aa  337  7e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0138  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.72 
 
 
932 aa  337  9e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.497432 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0742  Phosphoenolpyruvate carboxylase  31.82 
 
 
937 aa  336  1e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0261  phosphoenolpyruvate carboxylase  31.87 
 
 
882 aa  335  2e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.132478  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>