46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0072 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0072  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 
141 aa  276  6e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3385  DNA binding domain-containing protein  36.84 
 
 
150 aa  72.8  1e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03470  DNA-binding protein, excisionase family  38.61 
 
 
178 aa  71.6  4e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0047  DNA binding domain, excisionase family  47.67 
 
 
136 aa  68.6  3e-11  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.509276  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4630  DNA binding domain-containing protein  42.39 
 
 
109 aa  68.6  3e-11  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3272  DNA binding domain protein, excisionase family  53.42 
 
 
143 aa  68.6  3e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3924  DNA binding domain-containing protein  39.53 
 
 
152 aa  66.6  1e-10  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12334  excisionase  46.15 
 
 
114 aa  66.2  2e-10  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3978  DNA binding domain-containing protein  31.2 
 
 
150 aa  65.9  2e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.382776 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3239  putative excisionase protein  34.71 
 
 
153 aa  66.2  2e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0263514 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3464  DNA binding domain protein, excisionase family  36.67 
 
 
157 aa  65.1  3e-10  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3279  DNA binding domain-containing protein  38.32 
 
 
149 aa  62.8  1e-09  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.746198  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2639  hypothetical protein  36 
 
 
153 aa  62  3e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.690971  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2993  DNA binding domain protein, excisionase family  46.58 
 
 
180 aa  61.6  4e-09  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2889  putative RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  40 
 
 
167 aa  61.2  4e-09  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4367  DNA binding domain-containing protein  36 
 
 
155 aa  61.2  4e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.264021  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0234  DNA binding domain protein, excisionase family  36.36 
 
 
154 aa  60.5  7e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.844329  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1614  excisionase domain protein  34.02 
 
 
154 aa  60.5  8e-09  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177236  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4424  excisionase/Xis, DNA-binding  37.63 
 
 
152 aa  58.9  2e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412812  normal  0.513103 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20770  DNA-binding protein, excisionase family  36.96 
 
 
170 aa  58.9  2e-08  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05250  DNA-binding protein, excisionase family  58.82 
 
 
92 aa  58.5  3e-08  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.345426  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1445  DNA binding domain protein, excisionase family  33 
 
 
203 aa  58.2  4e-08  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04840  DNA-binding protein, excisionase family  35.56 
 
 
157 aa  57  8e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.287147  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3800  DNA binding domain protein, excisionase family  37.63 
 
 
171 aa  56.6  1e-07  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13782  excisionase  35.79 
 
 
130 aa  55.5  2e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.696326 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3752  DNA binding domain protein, excisionase family  31.37 
 
 
153 aa  53.9  7e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.152724  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4435  DNA binding domain-containing protein  26.32 
 
 
149 aa  53.9  8e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.901637  normal  0.560095 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1776  excisionase/Xis, DNA-binding  34.94 
 
 
97 aa  53.9  8e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.666085  normal  0.0963925 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1635  DNA binding domain protein, excisionase family  35.56 
 
 
184 aa  53.1  1e-06  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7903  DNA binding domain protein, excisionase family  31.11 
 
 
151 aa  52.8  2e-06  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4162  DNA binding domain-containing protein  32.93 
 
 
155 aa  51.6  4e-06  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0766794  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0338  DNA binding domain-containing protein  38.46 
 
 
153 aa  51.6  4e-06  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1856  excisionase/Xis, DNA-binding  36.96 
 
 
174 aa  51.6  4e-06  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4008  DNA binding domain-containing protein  35.16 
 
 
132 aa  50.8  6e-06  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4763  excisionase/Xis, DNA-binding  29.17 
 
 
158 aa  49.7  1e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.180211 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0695  DNA binding domain-containing protein  32.53 
 
 
153 aa  50.1  1e-05  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0623453  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4151  excisionase domain-containing protein  33.75 
 
 
157 aa  49.7  2e-05  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2344  excisionase/Xis, DNA-binding  34.74 
 
 
156 aa  48.5  3e-05  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  4.12399e-06  unclonable  1.44936e-07 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1265  DNA binding domain-containing protein  34.74 
 
 
156 aa  48.5  3e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  38.89 
 
 
151 aa  48.1  4e-05  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.018572  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0848  DNA binding domain protein, excisionase family  44.78 
 
 
127 aa  45.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3978  DNA binding domain-containing protein  28 
 
 
158 aa  43.5  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1601  DNA binding domain protein, excisionase family  46 
 
 
128 aa  43.5  0.0009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8221  DNA binding domain-containing protein  35.37 
 
 
149 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1587  DNA binding domain-containing protein  40.3 
 
 
166 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1340  DNA binding domain protein, excisionase family  51.35 
 
 
79 aa  40  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0219094  hitchhiker  0.00160969 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>