299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0017 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  89.66 
 
 		 324 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>