More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3228 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3364  30S ribosomal protein S16  100 
 
 
82 aa  165  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0117785  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0882  30S ribosomal protein S16  100 
 
 
82 aa  165  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.256318  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3228  30S ribosomal protein S16  100 
 
 
82 aa  165  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.132458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1124  30S ribosomal protein S16  97.56 
 
 
82 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0852  30S ribosomal protein S16  96.34 
 
 
82 aa  161  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000804578  hitchhiker  0.000061806 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3203  30S ribosomal protein S16  96.34 
 
 
82 aa  161  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00186632  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0991  30S ribosomal protein S16  92.68 
 
 
82 aa  156  9e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0194612  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2860  ribosomal protein S16  90.24 
 
 
82 aa  155  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  80.49 
 
 
83 aa  143  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000979344  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4069  ribosomal protein S16  82.72 
 
 
81 aa  141  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00170773  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1049  30S ribosomal protein S16  80.49 
 
 
83 aa  141  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000269195  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1063  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
83 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000183798  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2821  30S ribosomal protein S16  81.71 
 
 
82 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742306  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2892  30S ribosomal protein S16  81.71 
 
 
82 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.155389  normal  0.381108 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3004  30S ribosomal protein S16  81.71 
 
 
82 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0878334  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2754  30S ribosomal protein S16  80.25 
 
 
83 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000698821  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2890  30S ribosomal protein S16  81.71 
 
 
82 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0294051  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2871  30S ribosomal protein S16  81.71 
 
 
82 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.958206  normal  0.0386254 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3090  30S ribosomal protein S16  81.71 
 
 
82 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.248883  normal  0.0593615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1159  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
83 aa  138  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000121606  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2920  30S ribosomal protein S16  79.01 
 
 
83 aa  138  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000279747  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1254  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
83 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000403035  hitchhiker  0.0000450288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02498  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0245657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1065  ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000286149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1074  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0314963  normal  0.014008 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1357  30S ribosomal protein S16  78.05 
 
 
82 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2761  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0377761  normal  0.0321443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3848  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000663881  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2893  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000112425  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2998  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00134476  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02462  hypothetical protein  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.014774  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2768  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  135  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000347369  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2838  30S ribosomal protein S16  78.05 
 
 
82 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137634  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2920  30S ribosomal protein S16  78.05 
 
 
82 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011068  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3017  30S ribosomal protein S16  78.05 
 
 
82 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000030824  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002536  SSU ribosomal protein S16p  76.83 
 
 
82 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.01225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1577  30S ribosomal protein S16  76.83 
 
 
83 aa  134  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.473483  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03480  30S ribosomal protein S16  75.61 
 
 
82 aa  134  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1168  30S ribosomal protein S16  76.54 
 
 
83 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000111213  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3103  30S ribosomal protein S16  76.54 
 
 
83 aa  133  8e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000432284  normal  0.216318 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1254  30S ribosomal protein S16  76.54 
 
 
83 aa  133  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000963986  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1287  30S ribosomal protein S16  76.54 
 
 
83 aa  133  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000457134  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1210  30S ribosomal protein S16  76.54 
 
 
83 aa  133  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011785  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0293  30S ribosomal protein S16  71.95 
 
 
82 aa  131  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000010375  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0095  30S ribosomal protein S16  71.95 
 
 
82 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000315992  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01705  30S ribosomal protein S16  70.73 
 
 
83 aa  129  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.397905  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0649  30S ribosomal protein S16  73.17 
 
 
96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0268123  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3367  ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3016  SSU ribosomal protein S16P  71.25 
 
 
83 aa  125  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00108733  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3770  ribosomal protein S16  67.07 
 
 
82 aa  123  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000378706  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0392  ribosomal protein S16  73.75 
 
 
84 aa  120  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0198  ribosomal protein S16  68.29 
 
 
88 aa  120  5e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2280  30S ribosomal protein S16  68.35 
 
 
79 aa  118  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0111517  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1203  30S ribosomal protein S16  64.63 
 
 
82 aa  117  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00503973  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0884  SSU ribosomal protein S16P  66.25 
 
 
117 aa  117  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39560  30S ribosomal protein S16  65.43 
 
 
83 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.768221  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1374  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
83 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0647  ribosomal protein S16  63.75 
 
 
80 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.596483  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3066  SSU ribosomal protein S16P  64.29 
 
 
84 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618527  hitchhiker  0.000000496657 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15970  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
83 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0228176  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0466  30S ribosomal protein S16  58.54 
 
 
86 aa  111  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0442  30S ribosomal protein S16  58.54 
 
 
86 aa  111  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2234  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.579388  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2006  ribosomal protein S16  62.96 
 
 
86 aa  110  7.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000332773  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4157  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 
83 aa  110  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.29802  normal  0.39086 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2919  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2859  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.7465  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0403  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2968  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0228  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4183  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1661  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0949  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2334  SSU ribosomal protein S16P  65.85 
 
 
82 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103344  normal  0.0568349 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2545  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142898  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0590  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0945  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0919  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1069  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0345994  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1028  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1462  30S ribosomal protein S16  62.34 
 
 
83 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.065689  normal  0.177487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3401  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 
83 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4259  30S ribosomal protein S16  62.34 
 
 
83 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0748  30S ribosomal protein S16P  62.2 
 
 
109 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1067  30S ribosomal protein S16  62.34 
 
 
83 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.521683  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1006  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.533699 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2977  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  108  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0408161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0530  ribosomal protein S16  58.02 
 
 
86 aa  107  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0769  30S ribosomal protein S16  61.73 
 
 
84 aa  107  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.362919 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0681  30S ribosomal protein S16  58.23 
 
 
86 aa  107  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0073  30S ribosomal protein S16  58.02 
 
 
86 aa  107  7.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0427  ribosomal protein S16  60 
 
 
85 aa  106  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  60.98 
 
 
89 aa  106  9.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  60.98 
 
 
89 aa  106  9.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1104  30S ribosomal protein S16  60.76 
 
 
86 aa  106  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1153  30S ribosomal protein S16  59.26 
 
 
86 aa  106  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0087  30S ribosomal protein S16  58.02 
 
 
86 aa  106  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0200  30S ribosomal protein S16  64.56 
 
 
87 aa  106  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000198975  normal  0.0587542 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0846  ribosomal protein S16  58.75 
 
 
84 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2540  30S ribosomal protein S16  62.65 
 
 
84 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>