17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5466 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5466  helix-turn-helix-domain containing protein AraC type  100 
 
 		 199 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  35.14 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  33.78 
 
 		 305 aa  85.5  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 307 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 301 aa  74.7  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 301 aa  71.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 318 aa  68.6  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  29.85 
 
 		 272 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 302 aa  47.8  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 304 aa  45.1  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  23.43 
 
 		 305 aa  44.3  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 304 aa  42.7  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>