155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1398 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  100 
 
 		 161 aa  309  7.999999999999999e-84  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4918  putative cytochrome c family protein  56.52 
 
 		 137 aa  155  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.840892  hitchhiker  0.00914524 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  82.72 
 
 		 159 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  82.72 
 
 		 159 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3197  cytochrome c, class I  75.61 
 
 		 128 aa  140  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4170  cytochrome c class I  76.83 
 
 		 140 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4058  cytochrome c class I  76.83 
 
 		 140 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435905  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02091  lipoprotein  75.61 
 
 		 135 aa  137  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0654  cytochrome c class I  70.37 
 
 		 148 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2262  cytochrome c family protein  64.56 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2067  cytochrome c family protein  64.56 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272994  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2122  cytochrome c family protein  64.56 
 
 		 164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2318  cytochrome c family protein  64.56 
 
 		 164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0988  cytochrome c family protein  63.29 
 
 		 164 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.219411  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  59.26 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2463  cytochrome c, class I  59.26 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.480155  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0213  cytochrome c class I  58.02 
 
 		 111 aa  101  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2303  cytochrome c class I  58.54 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165947  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2304  cytochrome c class I  55.56 
 
 		 107 aa  96.7  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000896467  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  56.79 
 
 		 111 aa  95.5  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0362  cytochrome c5-like protein  39.41 
 
 		 195 aa  94.4  6e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000104978  hitchhiker  0.00044408 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0103  cytochrome c-555, membrane-bound  55.56 
 
 		 140 aa  94  8e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0151549  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  38.61 
 
 		 135 aa  94  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2464  cytochrome c, class I  47.31 
 
 		 112 aa  93.2  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.182087  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  56.25 
 
 		 185 aa  93.2  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  54.43 
 
 		 225 aa  92  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  54.43 
 
 		 223 aa  91.7  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  49.48 
 
 		 131 aa  91.7  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  44.09 
 
 		 141 aa  91.3  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0152  cytochrome c-555  54.32 
 
 		 110 aa  90.5  9e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110389  normal  0.576701 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  55.56 
 
 		 134 aa  89.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  53.25 
 
 		 137 aa  89.4  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0200  cytochrome c class I  47.56 
 
 		 172 aa  87.4  7e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.657824  normal  0.710005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  49.5 
 
 		 137 aa  87.4  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03815  cytochrome C5  47.56 
 
 		 153 aa  87  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  52.5 
 
 		 216 aa  86.7  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  50.62 
 
 		 147 aa  85.1  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  50 
 
 		 266 aa  84.3  6e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  50.62 
 
 		 131 aa  84.3  6e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  53.09 
 
 		 302 aa  84.3  6e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  41.75 
 
 		 145 aa  84  8e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  49.02 
 
 		 319 aa  83.6  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  50.65 
 
 		 135 aa  84  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  50.55 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  50 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  46.75 
 
 		 273 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  51.85 
 
 		 302 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  48.98 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  48.98 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  51.85 
 
 		 297 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  48.98 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  48.98 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  48.98 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  48.98 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  48.98 
 
 		 275 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  49.45 
 
 		 298 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  49.38 
 
 		 103 aa  80.5  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  58.33 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  53.85 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2000  cytochrome c, class I  31.95 
 
 		 192 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0804521  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  53.16 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2353  cytochrome c class I  44.79 
 
 		 101 aa  80.1  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  51.28 
 
 		 296 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  45 
 
 		 116 aa  77.8  0.00000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  50 
 
 		 295 aa  77.8  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  50 
 
 		 295 aa  77.8  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  50 
 
 		 295 aa  77.8  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  49.35 
 
 		 148 aa  77.4  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3332  cytochrome c-type protein  46.58 
 
 		 96 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  59.68 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  50 
 
 		 206 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  42.05 
 
 		 112 aa  75.5  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  50 
 
 		 294 aa  75.1  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2352  cytochrome c class I  47.5 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  48.15 
 
 		 537 aa  73.6  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  48.15 
 
 		 537 aa  73.6  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  42.5 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  41.41 
 
 		 136 aa  73.6  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  50 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  51.28 
 
 		 167 aa  72.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2118  cytochrome c class I  43.37 
 
 		 123 aa  72  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000343097  normal  0.41454 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  43.42 
 
 		 129 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  50.62 
 
 		 293 aa  71.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  50 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  45.33 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0213  hypothetical protein  43.9 
 
 		 173 aa  70.5  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000412444  hitchhiker  0.00201322 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  44.74 
 
 		 97 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  43.84 
 
 		 99 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  47.37 
 
 		 97 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  32.19 
 
 		 382 aa  68.9  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0233  cytochrome c, class I  43.9 
 
 		 171 aa  68.2  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0215738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  40.26 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  42.47 
 
 		 99 aa  67  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0050  cytochrome c class I  42.5 
 
 		 232 aa  67  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3542  putative cytochrome  51.32 
 
 		 181 aa  67  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0232  cytochrome c class I  41.1 
 
 		 99 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000496502  normal  0.108907 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  43.42 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  42.5 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  41.33 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0232  cytochrome c, class I  41.1 
 
 		 99 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>