162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0214 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  100 
 
 
144 aa  284  4e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2463  cytochrome c, class I  73.61 
 
 
140 aa  197  3.9999999999999996e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.480155  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2303  cytochrome c class I  68.97 
 
 
143 aa  174  3e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165947  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0103  cytochrome c-555, membrane-bound  66.67 
 
 
140 aa  173  6e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0151549  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  64.57 
 
 
131 aa  139  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  46.94 
 
 
141 aa  119  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0213  cytochrome c class I  64.2 
 
 
111 aa  114  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0152  cytochrome c-555  65.43 
 
 
110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110389  normal  0.576701 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2464  cytochrome c, class I  59.04 
 
 
112 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.182087  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  61.73 
 
 
111 aa  108  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2353  cytochrome c class I  59.04 
 
 
101 aa  105  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  62.5 
 
 
159 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  62.5 
 
 
159 aa  105  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2304  cytochrome c class I  56.32 
 
 
107 aa  104  5e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000896467  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  59.26 
 
 
161 aa  102  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2352  cytochrome c class I  41.67 
 
 
128 aa  101  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2118  cytochrome c class I  52.22 
 
 
123 aa  99.4  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000343097  normal  0.41454 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3197  cytochrome c, class I  55.56 
 
 
128 aa  98.2  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  48.51 
 
 
116 aa  96.3  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4918  putative cytochrome c family protein  48.86 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.840892  hitchhiker  0.00914524 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0654  cytochrome c class I  54.32 
 
 
148 aa  90.5  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  51.32 
 
 
266 aa  88.2  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  39.6 
 
 
230 aa  84.7  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  45.56 
 
 
145 aa  84.3  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02091  lipoprotein  46.99 
 
 
135 aa  82  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  45.65 
 
 
137 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4058  cytochrome c class I  48.19 
 
 
140 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435905  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4170  cytochrome c class I  48.19 
 
 
140 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0050  cytochrome c class I  40.22 
 
 
232 aa  80.5  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2318  cytochrome c family protein  47.5 
 
 
164 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2067  cytochrome c family protein  45.68 
 
 
164 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  43.75 
 
 
148 aa  76.6  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2262  cytochrome c family protein  45.68 
 
 
164 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2122  cytochrome c family protein  45.68 
 
 
164 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0988  cytochrome c family protein  44.44 
 
 
164 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.219411  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  42.35 
 
 
273 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  44.57 
 
 
137 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  47.37 
 
 
225 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  42.7 
 
 
216 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  48.68 
 
 
223 aa  74.3  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2000  cytochrome c, class I  35.71 
 
 
192 aa  73.9  0.0000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0804521  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0200  cytochrome c class I  43.9 
 
 
172 aa  72  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.657824  normal  0.710005 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  44.57 
 
 
131 aa  72  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  37.41 
 
 
287 aa  72  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  42.17 
 
 
537 aa  72  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  42.17 
 
 
537 aa  71.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  45.45 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03815  cytochrome C5  45.12 
 
 
153 aa  71.6  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  45 
 
 
185 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  42.39 
 
 
135 aa  71.2  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  43.9 
 
 
134 aa  70.9  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  39.29 
 
 
382 aa  70.5  0.000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  44.44 
 
 
147 aa  68.2  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  35.14 
 
 
163 aa  67  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  43.59 
 
 
103 aa  67  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0362  cytochrome c5-like protein  44.44 
 
 
195 aa  66.6  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000104978  hitchhiker  0.00044408 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  40 
 
 
183 aa  66.2  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  36.73 
 
 
294 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  40.45 
 
 
179 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  37.04 
 
 
112 aa  66.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  36.73 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  36.73 
 
 
297 aa  65.5  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  38.89 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  40.45 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  40.59 
 
 
167 aa  65.5  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1307  cytochrome c class I  39.76 
 
 
174 aa  65.1  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466199 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  35 
 
 
295 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  35 
 
 
295 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  45.12 
 
 
293 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  35 
 
 
295 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3542  putative cytochrome  37.82 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4834  cytochrome c class I  41.58 
 
 
202 aa  64.3  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62683  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  35 
 
 
297 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  34 
 
 
302 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  43.21 
 
 
294 aa  62.8  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  34 
 
 
302 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  34 
 
 
296 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  40 
 
 
299 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4130  cytochrome c class I  42.31 
 
 
350 aa  62.8  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  37.78 
 
 
300 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  38.82 
 
 
180 aa  62  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  46.75 
 
 
97 aa  62  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0208  cytochrome c, class I  33.09 
 
 
180 aa  61.2  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  36 
 
 
300 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  35.96 
 
 
129 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  35.63 
 
 
120 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  37.62 
 
 
319 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  37 
 
 
298 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  50 
 
 
297 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0213  hypothetical protein  37.66 
 
 
173 aa  59.7  0.00000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000412444  hitchhiker  0.00201322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0140  cytochrome c-type protein  34.48 
 
 
100 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
97 aa  59.7  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  35.56 
 
 
299 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  35.56 
 
 
299 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  35.56 
 
 
299 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  41.03 
 
 
288 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  35.56 
 
 
299 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  35.56 
 
 
299 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  35.56 
 
 
299 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  35.56 
 
 
275 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>