168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3197 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3197  cytochrome c, class I  100 
 
 		 128 aa  255  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4918  putative cytochrome c family protein  62.04 
 
 		 137 aa  152  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.840892  hitchhiker  0.00914524 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  78.57 
 
 		 159 aa  147  6e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  78.57 
 
 		 159 aa  147  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  75.61 
 
 		 161 aa  140  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4058  cytochrome c class I  53.62 
 
 		 140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.435905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4170  cytochrome c class I  53.62 
 
 		 140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02091  lipoprotein  56.72 
 
 		 135 aa  131  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0654  cytochrome c class I  64.2 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2067  cytochrome c family protein  61.9 
 
 		 164 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.272994  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2318  cytochrome c family protein  64.56 
 
 		 164 aa  108  3e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2122  cytochrome c family protein  61.9 
 
 		 164 aa  108  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0988  cytochrome c family protein  60.71 
 
 		 164 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.219411  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0214  cytochrome c class I  42.47 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2463  cytochrome c, class I  43.66 
 
 		 140 aa  104  3e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.480155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2262  cytochrome c family protein  44.14 
 
 		 164 aa  99.8  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0103  cytochrome c-555, membrane-bound  43.8 
 
 		 140 aa  97.8  5e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0151549  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0917  cytochrome c-555  55.56 
 
 		 111 aa  93.6  9e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.105307  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2303  cytochrome c class I  56.1 
 
 		 143 aa  91.7  3e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000165947  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0213  cytochrome c class I  49.38 
 
 		 111 aa  88.2  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  49.44 
 
 		 134 aa  87  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0152  cytochrome c-555  51.85 
 
 		 110 aa  87  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000110389  normal  0.576701 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  51.25 
 
 		 185 aa  86.3  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  40.8 
 
 		 137 aa  85.5  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2353  cytochrome c class I  51.65 
 
 		 101 aa  85.5  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  50.62 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  51.32 
 
 		 135 aa  85.1  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  42.73 
 
 		 137 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  51.32 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  51.25 
 
 		 225 aa  83.2  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  50 
 
 		 266 aa  82  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2117  cytochrome c class I  39.39 
 
 		 141 aa  82.4  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000139618  normal  0.419433 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2464  cytochrome c, class I  51.32 
 
 		 112 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.182087  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2304  cytochrome c class I  46.91 
 
 		 107 aa  82  0.000000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000896467  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  50 
 
 		 223 aa  80.9  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  49.38 
 
 		 147 aa  80.9  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2352  cytochrome c class I  38.4 
 
 		 128 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  47.5 
 
 		 216 aa  78.6  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  48.68 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03815  cytochrome C5  46.25 
 
 		 153 aa  78.2  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0362  cytochrome c5-like protein  48.75 
 
 		 195 aa  78.6  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000104978  hitchhiker  0.00044408 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0164  cytochrome c class I  50 
 
 		 295 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2904  cytochrome c, class I  50 
 
 		 295 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0151  cytochrome c, class I  50 
 
 		 295 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0200  cytochrome c class I  46.75 
 
 		 172 aa  77.8  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.657824  normal  0.710005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  51.22 
 
 		 298 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  50.6 
 
 		 297 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  49.38 
 
 		 148 aa  77  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  50.6 
 
 		 319 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3332  cytochrome c-type protein  48.68 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3091  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.994793  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  49.38 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  49.38 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  49.38 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  50 
 
 		 297 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  51.19 
 
 		 167 aa  74.7  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  49.4 
 
 		 298 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  47.37 
 
 		 103 aa  73.9  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1247  Caa(3)-type oxidase, subunit IV  34.45 
 
 		 230 aa  73.6  0.0000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3261  cytochrome c family protein  44.21 
 
 		 300 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3473  cytochrome c, class I  50 
 
 		 294 aa  73.6  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  50 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  38.16 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  41.25 
 
 		 112 aa  72.4  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  43.16 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  43.16 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  43.16 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  43.16 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  43.16 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  43.16 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2000  cytochrome c, class I  33.87 
 
 		 192 aa  71.2  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0804521  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  43.16 
 
 		 275 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  53.52 
 
 		 294 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  35.14 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  45.24 
 
 		 206 aa  70.5  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  41.03 
 
 		 136 aa  70.5  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2118  cytochrome c class I  39.84 
 
 		 123 aa  69.7  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000000343097  normal  0.41454 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  44.44 
 
 		 537 aa  68.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  44.44 
 
 		 537 aa  68.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0149  cytochrome c class I  34.23 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.481052  normal  0.118184 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  36.89 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  46.99 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  39.39 
 
 		 297 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1715  hypothetical protein  39.45 
 
 		 120 aa  67  0.00000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0128981  normal  0.195089 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 97 aa  67  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 97 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  42.86 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  41.77 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  48.75 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  48.75 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  41.77 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  35.51 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  48.75 
 
 		 180 aa  64.3  0.0000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  48.75 
 
 		 299 aa  63.9  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  38.16 
 
 		 99 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0213  hypothetical protein  40.79 
 
 		 173 aa  63.5  0.0000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000412444  hitchhiker  0.00201322 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1307  cytochrome c class I  46.15 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466199 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  36.84 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4834  cytochrome c class I  49.37 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.62683  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  40.26 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>