161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1380 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1380  peptidase M52, hydrogen uptake protein  100 
 
 
156 aa  303  5.0000000000000004e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0298181  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1271  peptidase M52, hydrogen uptake protein  54.9 
 
 
167 aa  157  7e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.813931  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  50.99 
 
 
170 aa  142  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3281  hydrogenase maturation protease  45.75 
 
 
158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2879  hydrogenase maturation protease  45.75 
 
 
158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.980378 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  40.52 
 
 
195 aa  101  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50560  hydrogenase expression/formation protein, HoxM  36.62 
 
 
207 aa  91.3  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00480221  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  38.89 
 
 
152 aa  90.5  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  38.41 
 
 
214 aa  87.8  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  37.93 
 
 
176 aa  85.1  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  38.03 
 
 
166 aa  85.5  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  36.84 
 
 
195 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  37.09 
 
 
208 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  33.99 
 
 
160 aa  84.7  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  34.87 
 
 
166 aa  84.3  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00344  hydrogenase 2 maturation protease  33.33 
 
 
184 aa  84  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1164  HyaD peptidase  41.18 
 
 
198 aa  84.3  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0267  hydrogenase expression/formation protein  38 
 
 
165 aa  84  8e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.312911  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  34.64 
 
 
203 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1293  HyaD peptidase  34.87 
 
 
221 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000175592  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  41.04 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  36.67 
 
 
159 aa  83.6  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  38.03 
 
 
206 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3769  hydrogenase expression/formation protein  35.71 
 
 
209 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645157  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  40.14 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  38.03 
 
 
206 aa  81.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1037  hydrogenase expression/formation protein  35.81 
 
 
161 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0456714  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  37.75 
 
 
169 aa  81.3  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  35.95 
 
 
206 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1971  hydrogenase expression/formation protein  32.67 
 
 
223 aa  80.5  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.814536  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2822  Ni-Fe hydrogenase maturation factor-like protein  33.33 
 
 
224 aa  79.7  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0162  hydrogenase expression/formation protein  34.25 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  35.71 
 
 
159 aa  78.6  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0765  hydrogenase expression/formation protein  34 
 
 
161 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  34.23 
 
 
218 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2026  HyaD peptidase  37.91 
 
 
208 aa  76.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.462165  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3986  HyaD peptidase  35.21 
 
 
204 aa  75.9  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  37.41 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  34.42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  34.42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  35 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  34.42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  33.11 
 
 
177 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1244  hydrogenase expression/formation protein  37.09 
 
 
165 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.791163  normal  0.298279 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0335  hydrogenase expression/formation protein  35.82 
 
 
191 aa  73.6  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00352637  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0269  hydrogenase expression/formation protein  35.29 
 
 
168 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0820491 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  34.42 
 
 
164 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  36 
 
 
170 aa  72  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1211  hydrogenase 1 maturation protease  32.54 
 
 
195 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0857  hydrogenase maturation protease  31.65 
 
 
157 aa  71.6  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.685665  normal  0.316463 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00978  HyaD  32.54 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.106803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2669  hydrogenase expression/formation protein  32.54 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.112067  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  34.38 
 
 
166 aa  71.6  0.000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00985  hypothetical protein  32.54 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.112928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1083  hydrogenase 1 maturation protease  32.54 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  32.54 
 
 
195 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2621  hydrogenase 1 maturation protease  32.54 
 
 
195 aa  71.6  0.000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00823631 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2340  hydrogenase 1 maturation protease  32.54 
 
 
195 aa  71.2  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.732485  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0120  hydrogenase maturation protease  37.5 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0975  hydrogenase maturation protease  31.54 
 
 
167 aa  70.5  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0660111  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1987  hydrogenase 1 maturation protease  31.75 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  32.89 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1931  hydrogenase 1 maturation protease  31.75 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1927  hydrogenase 1 maturation protease  31.75 
 
 
198 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.822664  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2139  hydrogenase expression/formation protein  33.78 
 
 
165 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  28.67 
 
 
202 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  29.33 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1345  hydrogenase 1 maturation protease  31.75 
 
 
198 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2142  hydrogenase 1 maturation protease  31.75 
 
 
195 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.152456  normal  0.47053 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  28.67 
 
 
202 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  28.67 
 
 
202 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  28.67 
 
 
202 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0362  hydrogenase maturation protease  39.55 
 
 
176 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120918 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  28.67 
 
 
202 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0148  hydrogenase maturation protease  32.87 
 
 
161 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1859  hydrogenase maturation protease  32.24 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  35.76 
 
 
159 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1529  hydrogenase 1 maturation protease  31.75 
 
 
198 aa  68.6  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.468604  normal  0.329104 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0858  hydrogenase maturation protease  32.89 
 
 
157 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.97 
 
 
174 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1103  hydrogenase maturation protease  34.06 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1590  hydrogenase maturation protease  32.69 
 
 
160 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  33.55 
 
 
177 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2131  hydrogenase maturation protease  35.71 
 
 
181 aa  64.7  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.829671 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3135  hydrogenase maturation protease  30.22 
 
 
159 aa  62.4  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1127  hydrogenase maturation protease  29.5 
 
 
159 aa  62  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3909  hydrogenase maturation protease  37.27 
 
 
168 aa  61.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0098  hydrogenase maturation protease HydD  31.85 
 
 
180 aa  61.2  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0404839  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1449  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.05 
 
 
158 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.230112  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2407  hydrogenase expression/formation protein  33.79 
 
 
185 aa  60.5  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.132093  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>