More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2898 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2898  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
205 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.915682  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3496  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  65.33 
 
 
200 aa  274  7e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.83257  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2581  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  78.43 
 
 
217 aa  268  4e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1199  hypothetical protein  72.67 
 
 
200 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.756215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2860  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  72.67 
 
 
200 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2637  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  72.05 
 
 
216 aa  246  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.479073  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1105  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  52.79 
 
 
205 aa  213  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3781  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  61.94 
 
 
186 aa  203  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.818796 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4057  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  61.94 
 
 
186 aa  203  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3073  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.64 
 
 
183 aa  201  8e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.988766  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3800  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.64 
 
 
183 aa  201  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.648717  normal  0.153437 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3924  hypothetical protein  59.39 
 
 
184 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.683728 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4990  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.56 
 
 
164 aa  182  4.0000000000000006e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2276  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  55.63 
 
 
182 aa  175  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.196055 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2218  hypothetical protein  52.41 
 
 
180 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0893  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  52.41 
 
 
180 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2997  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.67 
 
 
282 aa  108  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2911  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41.67 
 
 
284 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.514235  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3103  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.15 
 
 
282 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2475  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.5 
 
 
200 aa  99.8  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.686516  normal  0.118395 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01899  conserved protein with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  38.73 
 
 
310 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183339  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1666  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.73 
 
 
311 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00191568  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4076  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.68 
 
 
292 aa  97.1  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000400018  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01888  hypothetical protein  38.73 
 
 
310 aa  96.7  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.014746  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6254  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.24 
 
 
203 aa  96.3  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.619864  normal  0.606219 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4878  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.31 
 
 
203 aa  95.1  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1134  hypothetical protein  38.41 
 
 
310 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000258795  hitchhiker  0.0000968229 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0968  hypothetical protein  38.41 
 
 
310 aa  94.7  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000162984  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2113  hypothetical protein  38.41 
 
 
310 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.00781e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2272  hypothetical protein  38.41 
 
 
310 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000409269  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2835  hypothetical protein  38.41 
 
 
311 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000168176  normal  0.833391 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1638  hypothetical protein  38.41 
 
 
307 aa  94.7  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.383508  hitchhiker  0.0042534 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0183  putative lipoprotein  38.13 
 
 
435 aa  94  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0493  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.93 
 
 
362 aa  94  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3650  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.38 
 
 
267 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.016263 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0114  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.5 
 
 
355 aa  93.6  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3988  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.41 
 
 
409 aa  92.8  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1053  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.43 
 
 
195 aa  92.8  3e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116353 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1783  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.12 
 
 
199 aa  92.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.700981  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0190  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.5 
 
 
263 aa  92  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0593076  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0412  LysM domain-containing protein  37.32 
 
 
434 aa  91.7  6e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4081  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.41 
 
 
409 aa  92  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3003  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.8 
 
 
241 aa  91.3  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3106  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.54 
 
 
240 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.357658  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3454  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.48 
 
 
410 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1564  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.59 
 
 
197 aa  90.1  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195162  normal  0.304052 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3518  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  34.62 
 
 
195 aa  90.1  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.886237  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0573  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.73 
 
 
441 aa  90.5  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1586  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.61 
 
 
284 aa  90.1  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2880  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.54 
 
 
240 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2289  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG like protein  36.36 
 
 
285 aa  89.7  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156844  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5200  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.46 
 
 
215 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.33235  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1662  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.36 
 
 
285 aa  89.7  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6995  hypothetical protein  32.06 
 
 
247 aa  89.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3936  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.93 
 
 
221 aa  89.4  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2488  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41 
 
 
371 aa  89.4  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.048272  normal  0.505891 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2914  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41 
 
 
354 aa  89.4  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.098708  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3598  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.93 
 
 
221 aa  89.4  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0594439  normal  0.12485 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1917  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  40 
 
 
406 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.453265  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1027  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.62 
 
 
464 aa  88.6  6e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4672  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.99 
 
 
201 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.497967  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2497  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35.79 
 
 
267 aa  88.2  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3406  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.54 
 
 
182 aa  88.2  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.326874  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4131  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.85 
 
 
421 aa  88.2  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4027  twin-arginine translocation pathway signal  32.7 
 
 
206 aa  87.8  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2129  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  40 
 
 
408 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838619  normal  0.0574467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4122  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.56 
 
 
263 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3289  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.88 
 
 
307 aa  87.8  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4084  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43 
 
 
239 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.239202  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0971  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.12 
 
 
307 aa  87  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1391  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  42 
 
 
252 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2171  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  42 
 
 
236 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.436029  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2290  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.85 
 
 
200 aa  86.7  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.324793 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1584  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.51 
 
 
329 aa  86.7  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.310939  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6213  hypothetical protein  42 
 
 
231 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.462058  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1675  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.02 
 
 
259 aa  86.3  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2980  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  38.35 
 
 
300 aa  86.3  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2161  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.62 
 
 
439 aa  85.9  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1371  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41 
 
 
250 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.595615 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3424  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41 
 
 
232 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.636366  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3931  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  32.84 
 
 
193 aa  85.5  5e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0284288  normal  0.826229 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0522  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.79 
 
 
192 aa  85.5  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4025  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41 
 
 
253 aa  85.1  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.333261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1336  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.41 
 
 
262 aa  85.1  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2137  hypothetical protein  35.92 
 
 
309 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2350  hypothetical protein  35.92 
 
 
309 aa  85.1  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00214407  hitchhiker  0.00290758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2237  hypothetical protein  35.92 
 
 
309 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.485694  normal  0.208005 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6254  hypothetical protein  38 
 
 
405 aa  85.1  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0619  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.44 
 
 
221 aa  85.1  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.677678  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1841  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  30.81 
 
 
263 aa  84.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00844535 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2191  hypothetical protein  35.92 
 
 
309 aa  84.7  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4450  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.85 
 
 
190 aa  84.7  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.430633 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2184  hypothetical protein  35.92 
 
 
309 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.295088  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0706  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG domain-containing protein  41.41 
 
 
197 aa  84.7  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1273  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33 
 
 
193 aa  84.7  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2994  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.81 
 
 
160 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1965  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.575279  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0411  hypothetical protein  32.85 
 
 
314 aa  84.3  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3219  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.81 
 
 
212 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.409336 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4701  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.493501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>