31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5382 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5382  TraH family protein  100 
 
 		 487 aa  1006    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.310478  normal  0.517796 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3995  TraH family protein  52.66 
 
 		 484 aa  484  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2168  hypothetical protein  51.64 
 
 		 478 aa  471  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.355326  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4237  hypothetical protein  33.51 
 
 		 465 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0015  conjugal transfer pilus assembly protein TraH  36.08 
 
 		 458 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253255  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0028  hypothetical protein  30.79 
 
 		 454 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.709843  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4303  conjugal transfer pilus assembly protein TraH  33.87 
 
 		 454 aa  217  4e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.713962  normal  0.0473808 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4428  TraH family protein  33.08 
 
 		 462 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.679998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4512  TraH family protein  32.51 
 
 		 462 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.732355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4527  TraH family protein  32.59 
 
 		 462 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.40492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4387  TraH family protein  32.59 
 
 		 462 aa  200  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4433  TraH family protein  32.27 
 
 		 462 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4619  TraH family protein  32.26 
 
 		 462 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_17  conjugative transfer protein TraH  27.39 
 
 		 461 aa  191  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0004  conjugal transfer pilus assembly protein TraH  30.05 
 
 		 501 aa  189  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0036  hypothetical protein  29.5 
 
 		 458 aa  182  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1525  TraH family protein  33.62 
 
 		 482 aa  171  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210964  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2330  hypothetical protein  33.62 
 
 		 482 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.309266  normal  0.603945 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2663  hypothetical protein  33.62 
 
 		 482 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.325387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6814  TraH family protein  27.69 
 
 		 481 aa  153  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.31865  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4168  TraH family protein  30.41 
 
 		 468 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.391423 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0188  type IV conjugative transfer system protein TraH  31.7 
 
 		 477 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000939253 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0375  sex pilus assembly protein  41.3 
 
 		 481 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.588066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0938  putative TraG  22.95 
 
 		 488 aa  92.8  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.597256  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6221  TraH family protein  32.09 
 
 		 493 aa  90.5  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1067  pilus assembly protein TraH, putative  33.83 
 
 		 559 aa  81.6  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.343455  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2125  hypothetical protein  32.76 
 
 		 494 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3801  hypothetical protein  33.33 
 
 		 495 aa  79  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.78733  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0198  hypothetical protein  30.91 
 
 		 494 aa  73.2  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0253  hypothetical protein  30.91 
 
 		 508 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4271  hypothetical protein  25.68 
 
 		 464 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00225897  normal  0.898728 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>