More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4060 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4060  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  100 
 
 
265 aa  518  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0772  uroporphyrin-III C-methyltransferase  61.02 
 
 
293 aa  275  6e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.921601  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2556  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  60.4 
 
 
256 aa  243  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.953381  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2173  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  47.5 
 
 
489 aa  226  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2235  uroporphyrin-III C-methyltransferase  49.57 
 
 
470 aa  222  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3675  siroheme synthase  46.03 
 
 
457 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1111  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.25 
 
 
482 aa  219  3.9999999999999997e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3675  siroheme synthase  45.61 
 
 
459 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3846  siroheme synthase  45.61 
 
 
457 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.130759  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3784  siroheme synthase  45.61 
 
 
457 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3749  siroheme synthase  45.61 
 
 
457 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.848215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28170  Uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.3 
 
 
464 aa  218  8.999999999999998e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3174  uroporphyrin-III C-methyltransferase, C-terminal:siroheme synthase, N-terminal  45.64 
 
 
464 aa  217  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.108275  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3581  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.84 
 
 
464 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.249196  normal  0.492888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3796  siroheme synthase  45.57 
 
 
457 aa  216  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.01671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3269  uroporphyrin-III C-methyltransferase  51.68 
 
 
317 aa  216  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.848441  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3344  siroheme synthase  45.23 
 
 
464 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00903193  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1834  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.99 
 
 
463 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000289405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3999  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.99 
 
 
463 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.426226  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3062  uroporphyrinogen-III methylase  46.33 
 
 
513 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0958  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
273 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.297399  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2313  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.92 
 
 
502 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30340  siroheme synthase  45.61 
 
 
465 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3131  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.64 
 
 
286 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.530041  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03219  fused siroheme synthase 1,3-dimethyluroporphyriongen III dehydrogenase and siroheme ferrochelatase/uroporphyrinogen methyltransferase  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0344  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0344  siroheme synthase  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.898093 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3744  siroheme synthase  43.51 
 
 
457 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3650  siroheme synthase  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000355794 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4679  siroheme synthase  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.839222 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03171  hypothetical protein  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3838  siroheme synthase  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3564  siroheme synthase  43.51 
 
 
457 aa  212  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2904  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.76 
 
 
271 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4048  siroheme synthase  44.64 
 
 
459 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  48.33 
 
 
520 aa  211  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2383  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  45.23 
 
 
462 aa  210  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.806488  hitchhiker  0.00704026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2597  siroheme synthase  45.19 
 
 
465 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.72 
 
 
283 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.402925  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3719  siroheme synthase  44.54 
 
 
470 aa  210  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.411824  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3959  siroheme synthase  44.54 
 
 
473 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0232  siroheme synthase  44.54 
 
 
473 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03694  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42 
 
 
479 aa  209  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3403  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.73 
 
 
464 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3863  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.91 
 
 
258 aa  208  7e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.707668  hitchhiker  0.0000644403 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3604  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.73 
 
 
463 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.556509 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2471  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  44.35 
 
 
479 aa  207  1e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0675252  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3871  siroheme synthase  43.46 
 
 
459 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1335  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.57 
 
 
258 aa  206  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1308  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.57 
 
 
258 aa  206  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1445  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.57 
 
 
258 aa  206  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.51628  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0322  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  45.93 
 
 
277 aa  207  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0407  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.7 
 
 
259 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1481  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.73 
 
 
258 aa  206  2e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.822435  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3188  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.3 
 
 
272 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1517  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.57 
 
 
258 aa  206  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.58633e-17 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1587  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.57 
 
 
258 aa  206  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00363233  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1443  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.22 
 
 
276 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.224793  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2492  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.21 
 
 
272 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0215  siroheme synthase  46.41 
 
 
462 aa  206  4e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1549  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.57 
 
 
258 aa  205  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3362  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.23 
 
 
480 aa  205  6e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1175  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.35 
 
 
252 aa  205  6e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.4706  normal  0.0224859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0862  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.87 
 
 
276 aa  205  6e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0632575  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3374  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.57 
 
 
509 aa  204  9e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.64 
 
 
503 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3717  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.64 
 
 
288 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.9 
 
 
503 aa  204  1e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2207  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.76 
 
 
507 aa  203  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00880064  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3073  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.87 
 
 
276 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.419877  normal  0.821671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0899  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  41.87 
 
 
276 aa  203  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3519  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.44 
 
 
480 aa  202  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.605082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1309  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.18 
 
 
258 aa  202  4e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0953  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
278 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.553083  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0863  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  43.93 
 
 
468 aa  202  5e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.147258  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0961  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
281 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0662  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
271 aa  202  6e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3728  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.45 
 
 
276 aa  201  7e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06660  putative uroporphyrin-III c-methyltransferase  46.53 
 
 
279 aa  201  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.253082  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0927  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
281 aa  201  8e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1349  uroporphyrin-III C-methyltransferase  40.24 
 
 
258 aa  201  9e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.758533  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1679  precorrin-2 dehydrogenase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  42.44 
 
 
481 aa  201  9e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2089  ferrochelatase  45.76 
 
 
474 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0691041  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3044  uroporphyrin-III C-methyltransferase  41.87 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3409  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.86 
 
 
278 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3353  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.58 
 
 
504 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422788  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0652  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  43.04 
 
 
493 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1252  uroporphyrin-III C-methyltransferase  45.42 
 
 
505 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0861  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.72 
 
 
472 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.402872  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0787  uroporphyrin-III C-methyltransferase  43.33 
 
 
273 aa  199  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.464331  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1698  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / precorrin-2 dehydrogenase  41.95 
 
 
458 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0715064 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3751  uroporphyrin-III C-methyltransferase  48.5 
 
 
282 aa  199  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3251  uroporphyrin-III C-methyltransferase  47.46 
 
 
247 aa  198  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368183  hitchhiker  0.00000522176 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1546  uroporphyrin-III C-methyltransferase  44.64 
 
 
277 aa  198  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.746626  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4598  siroheme synthase  43.51 
 
 
467 aa  198  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1791  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  46.44 
 
 
255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.693099  normal  0.522962 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2282  uroporphyrin-III C-methyltransferase-like  45.11 
 
 
264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1258  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.26 
 
 
508 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323904  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0672  uroporphyrin-III C-methyltransferase  42.32 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608831 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0830  uroporphyrin-III C-methyltransferase  46.72 
 
 
473 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>