58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1912 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1912  NapD protein  100 
 
 		 101 aa  202  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000235521  normal  0.427921 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05378  NapD protein, subunit of nitrate reductase  63.75 
 
 		 102 aa  100  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000512  periplasmic nitrate reductase component NapD  62.5 
 
 		 102 aa  99.8  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0616  napD protein  54.43 
 
 		 113 aa  87  7e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2367  NapD protein  55.38 
 
 		 94 aa  72  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1899  NapD family protein  54.05 
 
 		 85 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000452932 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1942  NapD family protein  52.7 
 
 		 85 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2384  NapD family protein  50.65 
 
 		 85 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497858  normal  0.195982 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1909  NapD family protein  50.65 
 
 		 85 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1935  NapD family protein  50.65 
 
 		 85 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.129658  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1841  NapD family protein  52.7 
 
 		 85 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2136  NapD family protein  52.7 
 
 		 85 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000204856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2980  NapD family protein  47.37 
 
 		 86 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.060812 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1902  NapD family protein  48.05 
 
 		 85 aa  67  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2428  NapD family protein  46.75 
 
 		 85 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.148469  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2982  napD protein  39.53 
 
 		 89 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1496  NapD  49.35 
 
 		 85 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0665869  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3956  NapD family protein  42.11 
 
 		 84 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0156334 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2554  NapD family protein  48.65 
 
 		 85 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1769  NapD family protein  48.19 
 
 		 87 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0624  NapD family protein  42.11 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3205  NapD family protein  38.37 
 
 		 89 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2681  NapD family protein  45.45 
 
 		 85 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.999637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0848  NapD family protein  41.33 
 
 		 89 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.395877 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0825  NapD family protein  41.33 
 
 		 89 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3510  NapD family protein  41.33 
 
 		 89 aa  61.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0860  NapD family protein  41.33 
 
 		 89 aa  60.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0849  napD protein  36.84 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3317  NapD family protein  36.84 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4109  NapD family protein  38.16 
 
 		 83 aa  60.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3147  NapD family protein  39.47 
 
 		 89 aa  60.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3429  NapD family protein  36.84 
 
 		 89 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0705  NapD family protein  36.84 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4204  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  34.44 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170838  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1020  NapD family protein  35.14 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2175  nitrate reductase accessory periplasmic protein NapD  38.75 
 
 		 86 aa  56.6  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.791582  normal  0.971887 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0366  putative periplasmic nitrate reductase NapD  34.83 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.99839  hitchhiker  0.000161286 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49230  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  34.44 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.085279  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0951  NapD  34.25 
 
 		 105 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1863  putative periplasmic nitrate reductase NapD  32.88 
 
 		 106 aa  50.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4064  putative periplasmic nitrate reductase  32.43 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0373791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4762  NapD  32.91 
 
 		 112 aa  48.9  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2843  NapD family protein  33.33 
 
 		 114 aa  47.4  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2437  NapD family protein  33.33 
 
 		 114 aa  47.4  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3487  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  32.91 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2714  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  30.67 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1621  NapD  48.28 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.237828  normal  0.0835326 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3166  periplasmic nitrate reductase NapD  27.71 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4115  NapD  31.58 
 
 		 88 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.898096  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1509  periplasmic nitrate reductase chaperone NapD  28.95 
 
 		 156 aa  45.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2410  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  29.49 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5179  NapD family protein  27.71 
 
 		 95 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.60419  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1058  napD protein  34.67 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3223  hypothetical protein  33.33 
 
 		 84 aa  40.4  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.957908 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1272  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  29.11 
 
 		 88 aa  40  0.01  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.714743  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2355  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  29.73 
 
 		 87 aa  40  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1386  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  29.11 
 
 		 88 aa  40  0.01  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.692667  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2792  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  29.11 
 
 		 88 aa  40  0.01  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.153491 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>