56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0951 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0951  NapD  100 
 
 		 105 aa  210  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1863  putative periplasmic nitrate reductase NapD  54.29 
 
 		 106 aa  121  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000512  periplasmic nitrate reductase component NapD  41.33 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05378  NapD protein, subunit of nitrate reductase  44 
 
 		 102 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0616  napD protein  36.96 
 
 		 113 aa  67  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2355  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.67 
 
 		 87 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1452  NapD family protein  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02093  hypothetical protein  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3344  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0668522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0734  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1443  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2506  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2345  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02134  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.67 
 
 		 87 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49230  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  38.96 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.085279  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4204  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  38.96 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170838  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4115  NapD  37.04 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.898096  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4064  putative periplasmic nitrate reductase  43.21 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0373791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2980  NapD family protein  40.28 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.060812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3317  NapD family protein  35.62 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0849  napD protein  34.25 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1912  NapD protein  34.25 
 
 		 101 aa  52  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000235521  normal  0.427921 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2367  NapD protein  35.38 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1020  NapD family protein  36.62 
 
 		 95 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3147  NapD family protein  36.99 
 
 		 89 aa  51.6  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2175  nitrate reductase accessory periplasmic protein NapD  36.49 
 
 		 86 aa  51.6  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.791582  normal  0.971887 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1509  periplasmic nitrate reductase chaperone NapD  30.12 
 
 		 156 aa  50.8  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0705  NapD family protein  34.25 
 
 		 94 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3989  hypothetical protein  36.84 
 
 		 88 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0900917  normal  0.575525 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0366  putative periplasmic nitrate reductase NapD  39.19 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.99839  hitchhiker  0.000161286 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3429  NapD family protein  32.88 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3166  periplasmic nitrate reductase NapD  34.25 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4762  NapD  40.58 
 
 		 112 aa  48.5  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2437  NapD family protein  36.99 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2843  NapD family protein  36.99 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5179  NapD family protein  34.25 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.60419  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0444  NapD family protein  36.23 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000021206  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0825  NapD family protein  33.33 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0848  NapD family protein  31.94 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.395877 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4720  NapD family protein  31.13 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0174846  normal  0.0205455 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2982  napD protein  34.25 
 
 		 89 aa  46.2  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3516  periplasmic nitrate reductase chaperone NapD  32.86 
 
 		 89 aa  45.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.107593  hitchhiker  0.00119536 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3510  NapD family protein  31.94 
 
 		 89 aa  44.7  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0860  NapD family protein  31.94 
 
 		 89 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3487  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  35.21 
 
 		 88 aa  43.9  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2500  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  29.17 
 
 		 87 aa  43.9  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000853454 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3205  NapD family protein  30.14 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2428  NapD family protein  30.14 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.148469  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3956  NapD family protein  30.14 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0156334 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1909  NapD family protein  32.88 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2384  NapD family protein  32.88 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497858  normal  0.195982 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1935  NapD family protein  32.88 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.129658  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1942  NapD family protein  32.43 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0624  NapD family protein  28.77 
 
 		 91 aa  42  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1899  NapD family protein  31.43 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000452932 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2554  NapD family protein  30.14 
 
 		 85 aa  40.4  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>