44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4720 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4720  NapD family protein  100 
 
 		 112 aa  223  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0174846  normal  0.0205455 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5179  NapD family protein  39.47 
 
 		 95 aa  62  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.60419  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2939  NapD family protein  40 
 
 		 85 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4115  NapD  40.28 
 
 		 88 aa  58.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.898096  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3989  hypothetical protein  40.28 
 
 		 88 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0900917  normal  0.575525 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3205  NapD family protein  33.73 
 
 		 89 aa  55.1  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1863  putative periplasmic nitrate reductase NapD  34.34 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3317  NapD family protein  32.53 
 
 		 94 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0366  putative periplasmic nitrate reductase NapD  35.62 
 
 		 111 aa  51.2  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.99839  hitchhiker  0.000161286 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0705  NapD family protein  32.53 
 
 		 94 aa  51.2  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0624  NapD family protein  34.18 
 
 		 91 aa  50.4  0.000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3956  NapD family protein  31.33 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0156334 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2136  NapD family protein  33.33 
 
 		 85 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000204856 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1841  NapD family protein  33.33 
 
 		 85 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301872 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0825  NapD family protein  31.33 
 
 		 89 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3147  NapD family protein  31.71 
 
 		 89 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0849  napD protein  30.12 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3510  NapD family protein  31.33 
 
 		 89 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0860  NapD family protein  31.33 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3429  NapD family protein  31.33 
 
 		 89 aa  47.4  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1899  NapD family protein  32 
 
 		 85 aa  47  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000452932 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2982  napD protein  34.72 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0848  NapD family protein  31.33 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.395877 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1741  NapD family protein  38.24 
 
 		 85 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.295398  normal  0.0137625 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4109  NapD family protein  31.71 
 
 		 83 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2554  NapD family protein  30.67 
 
 		 85 aa  45.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0951  NapD  31.13 
 
 		 105 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2980  NapD family protein  37.18 
 
 		 86 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.060812 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1020  NapD family protein  35.62 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4064  putative periplasmic nitrate reductase  32.88 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0373791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4204  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  33.75 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170838  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1935  NapD family protein  29.33 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.129658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49230  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  33.75 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.085279  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2384  NapD family protein  29.33 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497858  normal  0.195982 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1909  NapD family protein  29.33 
 
 		 85 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1942  NapD family protein  29.33 
 
 		 85 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1592  NapD family protein  29.11 
 
 		 85 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4762  NapD  30.14 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1496  NapD  30.12 
 
 		 85 aa  41.2  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0665869  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2843  NapD family protein  28.21 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2437  NapD family protein  28.21 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1386  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  27.4 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.692667  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2792  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  27.4 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.153491 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1272  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  27.4 
 
 		 88 aa  40.8  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.714743  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>