65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1769 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1769  NapD family protein  100 
 
 		 87 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2428  NapD family protein  80 
 
 		 85 aa  131  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.148469  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2681  NapD family protein  76.47 
 
 		 85 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.999637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1909  NapD family protein  75.29 
 
 		 85 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1935  NapD family protein  74.12 
 
 		 85 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.129658  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2384  NapD family protein  74.12 
 
 		 85 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497858  normal  0.195982 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1942  NapD family protein  72.94 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1496  NapD  70.24 
 
 		 85 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0665869  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2554  NapD family protein  69.05 
 
 		 85 aa  114  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1902  NapD family protein  69.41 
 
 		 85 aa  113  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1899  NapD family protein  72.73 
 
 		 85 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000452932 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1841  NapD family protein  72.73 
 
 		 85 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2136  NapD family protein  72.73 
 
 		 85 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000204856 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1621  NapD  68.66 
 
 		 67 aa  87.8  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.237828  normal  0.0835326 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3956  NapD family protein  48.19 
 
 		 84 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0156334 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0848  NapD family protein  46.99 
 
 		 89 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.395877 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3510  NapD family protein  46.99 
 
 		 89 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3205  NapD family protein  44.58 
 
 		 89 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0849  napD protein  44.58 
 
 		 94 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0860  NapD family protein  46.99 
 
 		 89 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4109  NapD family protein  46.99 
 
 		 83 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0825  NapD family protein  45.78 
 
 		 89 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3429  NapD family protein  43.37 
 
 		 89 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0705  NapD family protein  44.58 
 
 		 94 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0624  NapD family protein  44.16 
 
 		 91 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3147  NapD family protein  44.58 
 
 		 89 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3317  NapD family protein  43.37 
 
 		 94 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2982  napD protein  45.57 
 
 		 89 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1912  NapD protein  48.19 
 
 		 101 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000235521  normal  0.427921 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2980  NapD family protein  41.56 
 
 		 86 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.060812 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000512  periplasmic nitrate reductase component NapD  44.94 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05378  NapD protein, subunit of nitrate reductase  47.19 
 
 		 102 aa  63.9  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2175  nitrate reductase accessory periplasmic protein NapD  40.74 
 
 		 86 aa  62.4  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.791582  normal  0.971887 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0366  putative periplasmic nitrate reductase NapD  40.74 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.99839  hitchhiker  0.000161286 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3487  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  35.29 
 
 		 88 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0616  napD protein  38.1 
 
 		 113 aa  55.1  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2367  NapD protein  45.45 
 
 		 94 aa  53.9  0.0000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2714  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  38.46 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4762  NapD  33.33 
 
 		 112 aa  53.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2843  NapD family protein  30 
 
 		 114 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1272  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  32.5 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.714743  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1386  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  32.5 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.692667  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2437  NapD family protein  30 
 
 		 114 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2792  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  32.5 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.153491 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2355  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1452  NapD family protein  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02093  hypothetical protein  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3344  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0668522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0734  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1443  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2506  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2345  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02134  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  36.25 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1509  periplasmic nitrate reductase chaperone NapD  31.58 
 
 		 156 aa  50.1  0.000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2410  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  37.18 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2500  assembly protein for periplasmic nitrate reductase  32.5 
 
 		 87 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000853454 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4115  NapD  32.05 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.898096  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4064  putative periplasmic nitrate reductase  30.26 
 
 		 109 aa  47.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0373791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1020  NapD family protein  35.14 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1058  napD protein  39.29 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1155  NapD  31.71 
 
 		 111 aa  43.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.23731  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3989  hypothetical protein  28 
 
 		 88 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0900917  normal  0.575525 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4204  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  25.97 
 
 		 109 aa  41.2  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.170838  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49230  NapD protein of periplasmic nitrate reductase  25.97 
 
 		 109 aa  41.2  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.085279  hitchhiker  0.00981285 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5179  NapD family protein  29.27 
 
 		 95 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.60419  normal  0.85901 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>