23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5048 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6000  integrase catalytic region  100 
 
 		 507 aa  1032    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.234482 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5048  integrase catalytic region  100 
 
 		 507 aa  1032    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7430  integrase catalytic region  50.51 
 
 		 532 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.794856 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2588  integrase domain-containing protein  33.92 
 
 		 400 aa  242  1e-62  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.288598  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2415  integrase catalytic subunit  37.27 
 
 		 410 aa  241  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0189453  normal  0.201425 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0891  Integrase catalytic region  33.57 
 
 		 418 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1053  Integrase catalytic region  31.17 
 
 		 410 aa  192  2e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.56541  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1886  Integrase catalytic region  33.81 
 
 		 418 aa  189  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0003225  normal  0.0562744 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12821  hypothetical protein  33.8 
 
 		 384 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13149  hypothetical protein  37.5 
 
 		 197 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.933816 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2332  transposase  47.46 
 
 		 124 aa  102  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.758466  normal  0.484196 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3038  integrase catalytic subunit  32.73 
 
 		 432 aa  77  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.391359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1649  hypothetical protein  34.19 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.502661  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5966  hypothetical protein  37.27 
 
 		 124 aa  52.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.693279 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1330  integrase catalytic subunit  38.24 
 
 		 488 aa  51.2  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2527  integrase, catalytic region  28.48 
 
 		 407 aa  49.7  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1623  integrase catalytic subunit  36.07 
 
 		 482 aa  47.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0065  integrase catalytic subunit  36.07 
 
 		 482 aa  47.4  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1945  putative transposase  37.14 
 
 		 497 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359225  normal  0.0894285 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2667  putative transposase integrase protein  37.14 
 
 		 497 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.69193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0082  transposase  37.14 
 
 		 497 aa  45.8  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.370668 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1125  hypothetical protein  56.41 
 
 		 77 aa  44.7  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2703  transposase  36.62 
 
 		 497 aa  43.9  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>