38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3880 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3880  hypothetical protein  100 
 
 		 459 aa  939    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2619  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  40.09 
 
 		 468 aa  333  5e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.912572  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2892  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  37.27 
 
 		 537 aa  249  8e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0828  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.32 
 
 		 836 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.241556 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0955  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.47 
 
 		 463 aa  230  3e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.157749  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0959  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.41 
 
 		 453 aa  226  6e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.848293  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0214  iron-sulfur cluster-binding protein/coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit, putative  28.69 
 
 		 428 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0139  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  27.02 
 
 		 428 aa  124  5e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.668002  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0961  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.79 
 
 		 407 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4481  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  25.84 
 
 		 418 aa  90.1  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4135  hypothetical protein  30.3 
 
 		 440 aa  84.7  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2944  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  25.87 
 
 		 409 aa  82.4  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2707  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  25.82 
 
 		 341 aa  68.6  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.889848  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2261  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like protein  24.71 
 
 		 389 aa  65.9  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0585  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  26.19 
 
 		 395 aa  63.5  0.000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00081136  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0662  coenzyme F420 hydrogenase beta subunit  27.07 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1150  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  32.48 
 
 		 364 aa  55.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3268  putative coenzyme F420 hydrogenase  27.35 
 
 		 409 aa  53.5  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.96965 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0881  coenzyme F420 hydrogenase, beta subunit  24.29 
 
 		 387 aa  53.5  0.000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2371  F420H2 dehydrogenase subunit F  21.85 
 
 		 343 aa  51.2  0.00004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0646  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  23.19 
 
 		 282 aa  51.2  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0300  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.6 
 
 		 412 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0778  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  22.61 
 
 		 618 aa  49.3  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.542223  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1042  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  28 
 
 		 282 aa  48.5  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0937  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.13 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0331  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  24.1 
 
 		 339 aa  48.9  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2329  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  21.83 
 
 		 288 aa  48.9  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0619  nitrite and sulphite reductase  21.54 
 
 		 639 aa  48.9  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00799056  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1303  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  22.71 
 
 		 357 aa  48.5  0.0003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.808254  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1688  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  24.49 
 
 		 409 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0449  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  21.74 
 
 		 291 aa  48.1  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0076  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  23.02 
 
 		 282 aa  47.8  0.0004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0964  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like protein  25.42 
 
 		 400 aa  47  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0907338  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0783  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  22.31 
 
 		 337 aa  45.1  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00366682  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4023  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  26.63 
 
 		 410 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.53217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1095  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.32 
 
 		 358 aa  44.3  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0087  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  22.3 
 
 		 291 aa  44.3  0.004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127818  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1245  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.12 
 
 		 409 aa  43.9  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  unclonable  0.0000000241639 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>