56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3465 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3465  putative selenoprotein  100 
 
 		 93 aa  192  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4249  conserved hypothetical selenoprotein  84.95 
 
 		 97 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0112  hypothetical protein  85.87 
 
 		 107 aa  172  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647233  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4514  hypothetical protein  83.87 
 
 		 97 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0655074  decreased coverage  0.00707025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2466  putative selenoprotein  79.12 
 
 		 93 aa  152  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0964  conserved hypothetical selenoprotein  76.4 
 
 		 97 aa  142  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0978  hypothetical protein  74.23 
 
 		 125 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1037  hypothetical protein  74.23 
 
 		 101 aa  141  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.151536  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3191  putative selenoprotein  75 
 
 		 94 aa  141  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2834  putative selenoprotein  72.22 
 
 		 113 aa  141  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303281  normal  0.844447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1676  putative selenoprotein  77.27 
 
 		 102 aa  140  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2021  putative selenoprotein  72.83 
 
 		 104 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1342  putative selenoprotein  74.47 
 
 		 99 aa  137  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0645391  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3358  hypothetical protein  68.89 
 
 		 106 aa  136  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.652713  normal  0.0967165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4019  hypothetical protein  73.03 
 
 		 93 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456234 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20880  hypothetical protein  70.33 
 
 		 96 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2298  hypothetical protein  71.74 
 
 		 104 aa  136  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.928945  normal  0.05892 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3802  putative selenoprotein  71.91 
 
 		 93 aa  135  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.522888  hitchhiker  0.000000204216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4513  hypothetical protein  70.33 
 
 		 93 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1792  hypothetical protein  70.33 
 
 		 96 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1398  hypothetical protein  69.23 
 
 		 93 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0987183  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1472  SelT/selW/selH selenoprotein  68.89 
 
 		 95 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.470177  normal  0.193285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1817  putative selenoprotein  70 
 
 		 93 aa  134  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369637  normal  0.702891 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1798  hypothetical protein  67.03 
 
 		 100 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354714  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3596  selenoprotein W-related  67.03 
 
 		 100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.780688  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32780  SelT/selW/selH selenoprotein  67.03 
 
 		 98 aa  131  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1983  conserved hypothetical selenoprotein  73.26 
 
 		 104 aa  130  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2795  SelT/selW/selH selenoprotein  66.67 
 
 		 104 aa  130  6.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.349899 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0839  hypothetical protein  65.17 
 
 		 95 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0503  hypothetical protein  62.92 
 
 		 97 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02741  selenoprotein domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05220)  52.59 
 
 		 195 aa  124  5e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0721276 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0384  SelT/selW/selH selenoprotein  61.96 
 
 		 95 aa  122  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000942621  normal  0.459804 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2622  SelT/selW/selH selenoprotein  68.18 
 
 		 90 aa  121  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.712943  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004141  selenoprotein W-related protein  59.55 
 
 		 92 aa  121  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01323  hypothetical protein  60.67 
 
 		 92 aa  120  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2959  hypothetical protein  61.54 
 
 		 93 aa  120  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3399  putative selenoprotein  60 
 
 		 93 aa  114  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0011316  normal  0.572416 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0202  hypothetical protein  62.07 
 
 		 103 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0369961  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2711  hypothetical protein  56.18 
 
 		 101 aa  111  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874862  normal  0.300318 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2179  putative selenoprotein  57.47 
 
 		 92 aa  110  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1092  SelT/selW/selH selenoprotein  56.32 
 
 		 93 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.805938  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1226  hypothetical protein  59.77 
 
 		 108 aa  107  8.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2265  putative selenoprotein  55.06 
 
 		 97 aa  104  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0522176  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2106  hypothetical protein  52.75 
 
 		 100 aa  103  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.282136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4077  hypothetical protein  52.22 
 
 		 92 aa  102  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.258277  normal  0.0860258 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05460  Selenoprotein W, putative  41.41 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.0000763339  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34957  predicted protein  41.03 
 
 		 340 aa  70.1  0.00000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3574  putative selenoprotein  34.67 
 
 		 88 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.261066  normal  0.235563 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1367  putative selenoprotein  34.67 
 
 		 88 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28093  predicted protein  28.81 
 
 		 160 aa  50.4  0.000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2408  conserved hypothetical selenoprotein  35.59 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.72928 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0571  putative selenoprotein  35.21 
 
 		 79 aa  45.8  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0529  hypothetical protein  30.99 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2189  conserved hypothetical protein  28.57 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4026  hypothetical protein  39.34 
 
 		 82 aa  44.7  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3449  conserved hypothetical selenoprotein  30.91 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>