53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2959 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2959  hypothetical protein  100 
 
 
93 aa  194  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2106  hypothetical protein  61.96 
 
 
100 aa  134  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.282136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4077  hypothetical protein  61.54 
 
 
92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.258277  normal  0.0860258 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3465  putative selenoprotein  61.54 
 
 
93 aa  120  9e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2795  SelT/selW/selH selenoprotein  54.35 
 
 
104 aa  116  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.349899 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0112  hypothetical protein  58.7 
 
 
107 aa  116  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647233  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32780  SelT/selW/selH selenoprotein  58.7 
 
 
98 aa  114  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3358  hypothetical protein  55.43 
 
 
106 aa  114  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.652713  normal  0.0967165 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4249  conserved hypothetical selenoprotein  57.61 
 
 
97 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4514  hypothetical protein  56.52 
 
 
97 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0655074  decreased coverage  0.00707025 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0964  conserved hypothetical selenoprotein  57.14 
 
 
97 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1472  SelT/selW/selH selenoprotein  58.7 
 
 
95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.470177  normal  0.193285 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1342  putative selenoprotein  56.25 
 
 
99 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0645391  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1798  hypothetical protein  60 
 
 
100 aa  111  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354714  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1398  hypothetical protein  58.89 
 
 
93 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0987183  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3596  selenoprotein W-related  60 
 
 
100 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.780688  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0384  SelT/selW/selH selenoprotein  58.43 
 
 
95 aa  110  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000942621  normal  0.459804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20880  hypothetical protein  60 
 
 
96 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2466  putative selenoprotein  57.3 
 
 
93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1676  putative selenoprotein  57.3 
 
 
102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4019  hypothetical protein  58.89 
 
 
93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456234 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2021  putative selenoprotein  57.14 
 
 
104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4513  hypothetical protein  58.89 
 
 
93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1792  hypothetical protein  58.89 
 
 
96 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0978  hypothetical protein  56.38 
 
 
125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1037  hypothetical protein  56.38 
 
 
101 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.151536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3802  putative selenoprotein  57.78 
 
 
93 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.522888  hitchhiker  0.000000204216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2298  hypothetical protein  56.04 
 
 
104 aa  107  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.928945  normal  0.05892 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2834  putative selenoprotein  57.14 
 
 
113 aa  107  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303281  normal  0.844447 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1817  putative selenoprotein  56.67 
 
 
93 aa  106  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369637  normal  0.702891 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1983  conserved hypothetical selenoprotein  56.98 
 
 
104 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630479  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3191  putative selenoprotein  51.65 
 
 
94 aa  104  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3399  putative selenoprotein  53.93 
 
 
93 aa  105  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0011316  normal  0.572416 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0503  hypothetical protein  53.33 
 
 
97 aa  104  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1092  SelT/selW/selH selenoprotein  52.75 
 
 
93 aa  103  6e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.805938  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004141  selenoprotein W-related protein  48.31 
 
 
92 aa  101  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01323  hypothetical protein  48.31 
 
 
92 aa  99.4  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02741  selenoprotein domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05220)  43.59 
 
 
195 aa  99.8  1e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0721276 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2265  putative selenoprotein  52.22 
 
 
97 aa  99  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0522176  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0839  hypothetical protein  50 
 
 
95 aa  98.6  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1226  hypothetical protein  53.41 
 
 
108 aa  95.5  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2622  SelT/selW/selH selenoprotein  52.87 
 
 
90 aa  95.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.712943  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0202  hypothetical protein  47.25 
 
 
103 aa  95.1  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0369961  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2179  putative selenoprotein  42.86 
 
 
92 aa  89.4  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2711  hypothetical protein  43.82 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874862  normal  0.300318 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05460  Selenoprotein W, putative  42 
 
 
219 aa  82.4  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.0000763339  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34957  predicted protein  44.87 
 
 
340 aa  71.6  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3574  putative selenoprotein  28.95 
 
 
88 aa  48.9  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.261066  normal  0.235563 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1367  putative selenoprotein  28.95 
 
 
88 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0529  hypothetical protein  31.17 
 
 
86 aa  43.5  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28093  predicted protein  26.32 
 
 
160 aa  43.5  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4026  hypothetical protein  29.33 
 
 
82 aa  42  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0571  putative selenoprotein  29.33 
 
 
79 aa  40  0.01  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>