54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1817 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1817  putative selenoprotein  100 
 
 
93 aa  194  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.369637  normal  0.702891 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4019  hypothetical protein  90.32 
 
 
93 aa  181  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456234 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4513  hypothetical protein  88.17 
 
 
93 aa  179  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20880  hypothetical protein  90.32 
 
 
96 aa  177  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3596  selenoprotein W-related  86.02 
 
 
100 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.780688  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3802  putative selenoprotein  87.1 
 
 
93 aa  175  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.522888  hitchhiker  0.000000204216 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1398  hypothetical protein  87.1 
 
 
93 aa  174  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0987183  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1792  hypothetical protein  88.17 
 
 
96 aa  174  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1798  hypothetical protein  83.87 
 
 
100 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.354714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1472  SelT/selW/selH selenoprotein  87.1 
 
 
95 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.470177  normal  0.193285 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32780  SelT/selW/selH selenoprotein  81.72 
 
 
98 aa  163  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2021  putative selenoprotein  71.91 
 
 
104 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0503  hypothetical protein  69.66 
 
 
97 aa  137  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2298  hypothetical protein  71.91 
 
 
104 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.928945  normal  0.05892 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3465  putative selenoprotein  70 
 
 
93 aa  134  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2834  putative selenoprotein  67.42 
 
 
113 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303281  normal  0.844447 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1983  conserved hypothetical selenoprotein  73.81 
 
 
104 aa  133  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.630479  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0112  hypothetical protein  69.66 
 
 
107 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.647233  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0964  conserved hypothetical selenoprotein  67.42 
 
 
97 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004141  selenoprotein W-related protein  67.05 
 
 
92 aa  131  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01323  hypothetical protein  67.05 
 
 
92 aa  130  3.9999999999999996e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3191  putative selenoprotein  66.28 
 
 
94 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1676  putative selenoprotein  64.84 
 
 
102 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1342  putative selenoprotein  68.09 
 
 
99 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0645391  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4249  conserved hypothetical selenoprotein  67.78 
 
 
97 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0978  hypothetical protein  67.74 
 
 
125 aa  128  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.357934  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1037  hypothetical protein  67.74 
 
 
101 aa  127  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.151536  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4514  hypothetical protein  64.44 
 
 
97 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0655074  decreased coverage  0.00707025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2466  putative selenoprotein  63.44 
 
 
93 aa  122  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0839  hypothetical protein  63.64 
 
 
95 aa  121  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0384  SelT/selW/selH selenoprotein  62.5 
 
 
95 aa  120  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000942621  normal  0.459804 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3358  hypothetical protein  64.04 
 
 
106 aa  120  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.652713  normal  0.0967165 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3399  putative selenoprotein  61.18 
 
 
93 aa  119  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0011316  normal  0.572416 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1092  SelT/selW/selH selenoprotein  60.92 
 
 
93 aa  117  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.805938  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0202  hypothetical protein  56.98 
 
 
103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0369961  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2795  SelT/selW/selH selenoprotein  59.14 
 
 
104 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.349899 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1226  hypothetical protein  57.61 
 
 
108 aa  115  3e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02741  selenoprotein domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05220)  47.41 
 
 
195 aa  113  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0721276 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2622  SelT/selW/selH selenoprotein  62.07 
 
 
90 aa  112  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.712943  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2959  hypothetical protein  56.67 
 
 
93 aa  106  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2106  hypothetical protein  52.17 
 
 
100 aa  106  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0731378  normal  0.282136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2179  putative selenoprotein  51.16 
 
 
92 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4077  hypothetical protein  52.22 
 
 
92 aa  104  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.258277  normal  0.0860258 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2711  hypothetical protein  50 
 
 
101 aa  104  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874862  normal  0.300318 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2265  putative selenoprotein  53.93 
 
 
97 aa  102  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0522176  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_006684  CNB05460  Selenoprotein W, putative  41.41 
 
 
219 aa  79.7  0.00000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.0000763339  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34957  predicted protein  42.27 
 
 
340 aa  72.4  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28093  predicted protein  30.43 
 
 
160 aa  55.1  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4026  hypothetical protein  32.88 
 
 
82 aa  48.5  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2189  conserved hypothetical protein  34.78 
 
 
133 aa  45.1  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3574  putative selenoprotein  27.27 
 
 
88 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.261066  normal  0.235563 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1367  putative selenoprotein  25.97 
 
 
88 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0571  putative selenoprotein  39.71 
 
 
79 aa  43.9  0.0007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2408  conserved hypothetical selenoprotein  32.76 
 
 
80 aa  40.8  0.006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.72928 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>