18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2378 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2378  RDD domain-containing protein  100 
 
 		 221 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000398185  normal  0.783398 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2450  RDD domain-containing protein  99.1 
 
 		 221 aa  447  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0128702  normal  0.279252 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3395  RDD domain-containing protein  32.6 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2964  hypothetical protein  27.68 
 
 		 199 aa  59.3  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333392  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3357  RDD family membrane protein  24.5 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0260303 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2713  RDD domain containing protein  21.89 
 
 		 159 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0726  RDD domain containing protein  25 
 
 		 156 aa  48.9  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4654  RDD domain-containing protein  28.49 
 
 		 264 aa  46.2  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.807388  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  26.19 
 
 		 254 aa  44.7  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0505  conserved hypothetical protein, RDD family  34.31 
 
 		 152 aa  44.7  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4623  RDD domain-containing protein  23.08 
 
 		 169 aa  44.7  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0075  RDD domain-containing protein  22.22 
 
 		 185 aa  44.7  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0306278  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0374  hypothetical protein  30.43 
 
 		 138 aa  43.5  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.269123  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4681  RDD domain-containing protein  27.56 
 
 		 327 aa  43.1  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.374158  normal  0.126236 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4477  RDD domain containing protein  23.64 
 
 		 174 aa  43.5  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4251  RDD domain-containing protein  25.32 
 
 		 313 aa  42.4  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0800108 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1918  RDD protein  29.38 
 
 		 154 aa  42.4  0.006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.002418  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3069  RDD domain containing protein  24.35 
 
 		 150 aa  42  0.007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>