45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1142 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1142  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  100 
 
 		 95 aa  195  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5064  hypothetical protein  67.86 
 
 		 95 aa  110  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6348  hypothetical protein  56.41 
 
 		 83 aa  87.4  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00180642  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4294  hypothetical protein  56.96 
 
 		 89 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4404  hypothetical protein  56.96 
 
 		 89 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02370  hypothetical protein  58.67 
 
 		 83 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.14298  normal  0.0406002 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6383  hypothetical protein  50 
 
 		 91 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.621443  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1172  putative DNA-binding protein H-NS  50 
 
 		 122 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4462  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  44.32 
 
 		 99 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.168905  normal  0.0423453 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3959  hypothetical protein  42.27 
 
 		 108 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0572114  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2172  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  48 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000970391 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4587  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.74 
 
 		 112 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4222  hypothetical protein  48 
 
 		 108 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.804885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6773  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.33 
 
 		 112 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00017117  normal  0.0671695 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1018  hypothetical protein  42.67 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697598  normal  0.0957494 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5701  hypothetical protein  42.67 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3892  hypothetical protein  45.21 
 
 		 84 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2777  hypothetical protein  43.84 
 
 		 87 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000199644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2592  hypothetical protein  40.85 
 
 		 97 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.658103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6763  hypothetical protein  42.47 
 
 		 87 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0430903  normal  0.248334 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3930  hypothetical protein  35.62 
 
 		 85 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6195  hypothetical protein  42.42 
 
 		 84 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170725  normal  0.0606924 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  38.46 
 
 		 102 aa  53.5  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  38.16 
 
 		 102 aa  51.6  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1136  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.22 
 
 		 104 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00265311  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  35.9 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3165  putative HNS-like transcription regulator protein  33.33 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00480481 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.36 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.36 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1795  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35 
 
 		 114 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5080  Ler  38.16 
 
 		 123 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0343561 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4229  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.47 
 
 		 108 aa  43.5  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.289876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2742  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.11 
 
 		 123 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1150  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.1 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1444  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.292783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1545  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.06 
 
 		 105 aa  42  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.718681  normal  0.0365604 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.76 
 
 		 72 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.386763  normal  0.64236 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.25 
 
 		 103 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2975  putative H-NS-like transcription regulator  33.75 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.03 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000212728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2981  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.84 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207499  decreased coverage  0.0000000417224 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.5 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.909068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1598  nucleoid protein H-NS  28.72 
 
 		 117 aa  40.4  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0112  HNS-like transcriptional regulator  36.59 
 
 		 100 aa  40.4  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000994611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4385  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.17 
 
 		 105 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0118502  normal  0.891502 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>