35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4462 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4462  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  100 
 
 		 99 aa  207  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.168905  normal  0.0423453 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3959  hypothetical protein  53.7 
 
 		 108 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0572114  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02370  hypothetical protein  47.92 
 
 		 83 aa  86.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.14298  normal  0.0406002 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5064  hypothetical protein  45.1 
 
 		 95 aa  83.6  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1172  putative DNA-binding protein H-NS  44.21 
 
 		 122 aa  80.1  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6383  hypothetical protein  47.73 
 
 		 91 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.621443  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6348  hypothetical protein  43.16 
 
 		 83 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00180642  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1142  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.32 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4404  hypothetical protein  42.55 
 
 		 89 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4294  hypothetical protein  42.55 
 
 		 89 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2777  hypothetical protein  43.01 
 
 		 87 aa  70.5  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000199644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3892  hypothetical protein  36.96 
 
 		 84 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3930  hypothetical protein  31.18 
 
 		 85 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6763  hypothetical protein  35.48 
 
 		 87 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0430903  normal  0.248334 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1018  hypothetical protein  31.91 
 
 		 110 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697598  normal  0.0957494 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  35.05 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5701  hypothetical protein  31.91 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6773  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.42 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00017117  normal  0.0671695 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.99 
 
 		 102 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4587  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.62 
 
 		 112 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4222  hypothetical protein  48.57 
 
 		 108 aa  47.4  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.804885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2172  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  48.65 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000970391 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6195  hypothetical protein  40 
 
 		 84 aa  44.3  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170725  normal  0.0606924 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5155  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.68 
 
 		 97 aa  44.3  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336859  normal  0.425922 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7383  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.65 
 
 		 254 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160149 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1370  nucleoid protein H-NS  31.11 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.620152  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  30.53 
 
 		 102 aa  42  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4578  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.89 
 
 		 121 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3069  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  39.22 
 
 		 130 aa  42  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.39515  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2592  hypothetical protein  45.71 
 
 		 97 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.658103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3984  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  27.06 
 
 		 117 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49889  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.55 
 
 		 72 aa  40.8  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.386763  normal  0.64236 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.34 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.167387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.93 
 
 		 102 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.93 
 
 		 102 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.513312 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>