44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6254 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007972  Rmet_6254  phage integrase  100 
 
 		 616 aa  1271    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7360  phage integrase  32.57 
 
 		 688 aa  310  5e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0097  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.58 
 
 		 617 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6274  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.7 
 
 		 650 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.67172  normal  0.482293 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4322  hypothetical protein  27.85 
 
 		 606 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3615  site-specific recombinase, phage integrase family  26.09 
 
 		 533 aa  150  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.455772  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3442  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 600 aa  145  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3481  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 600 aa  145  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.487769  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7406  phage integrase family protein  25 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7708  phage integrase family protein  25 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0733345  normal  0.10035 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7313  phage integrase family protein  25 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3330  hypothetical protein  25 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.619294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1471  putative phage integrase  25 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.249966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0268  hypothetical protein  25 
 
 		 624 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6753  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.96 
 
 		 650 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5714  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.12 
 
 		 650 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1214  phage integrase family protein  31.51 
 
 		 236 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7366  integrase family protein  21.14 
 
 		 645 aa  104  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4262  hypothetical protein  25.46 
 
 		 683 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4224  hypothetical protein  24.72 
 
 		 707 aa  95.1  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4400  hypothetical protein  25.2 
 
 		 683 aa  94.4  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0191  phage integrase family protein  22.95 
 
 		 568 aa  84  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0245389  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1212  phage integrase family protein  25.58 
 
 		 392 aa  80.1  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.660438  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3931  phage integrase family protein  23.88 
 
 		 741 aa  79  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.117648  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4231  phage integrase  24.37 
 
 		 717 aa  77  0.0000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.295856  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3585  hypothetical protein  27.19 
 
 		 289 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6207  Phage integrase  21.39 
 
 		 475 aa  64.7  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3463  integrase family protein  22.63 
 
 		 680 aa  64.7  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1897  integrase family protein  22.63 
 
 		 680 aa  64.7  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.17871  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0803  hypothetical protein  28.12 
 
 		 721 aa  63.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148345  normal  0.675671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0530  phage integrase family protein  22.88 
 
 		 724 aa  62.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3035  phage integrase family protein  22.88 
 
 		 724 aa  62.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4986  phage integrase family protein  22.88 
 
 		 724 aa  62.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.173206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0168  hypothetical protein  29.55 
 
 		 693 aa  61.2  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4142  hypothetical protein  24.77 
 
 		 713 aa  54.7  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.285848  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3162  hypothetical protein  26.22 
 
 		 714 aa  54.3  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541887  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0071  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.23 
 
 		 700 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.420538  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4742  site-specific recombinase, phage integrase family  24.52 
 
 		 682 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.199879  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7605  hypothetical protein  24.9 
 
 		 631 aa  48.1  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.685111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4886  phage integrase family protein  24.57 
 
 		 707 aa  46.2  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.717526 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2364  site-specific recombinase, phage integrase family protein  23.42 
 
 		 729 aa  46.2  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2022  phage integrase  21.6 
 
 		 650 aa  44.3  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00539  hypothetical protein  21.81 
 
 		 475 aa  44.3  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4252  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 694 aa  44.3  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000987809 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>