179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2810 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2810  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  100 
 
 
134 aa  265  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.249268  normal  0.91261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2686  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  72.36 
 
 
137 aa  170  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0820  CbiX  62.9 
 
 
128 aa  153  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2682  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  63.11 
 
 
123 aa  152  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2222  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  62.18 
 
 
123 aa  151  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.910475  normal  0.784079 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2418  hypothetical protein  63.87 
 
 
123 aa  150  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5800  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  67.24 
 
 
127 aa  148  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0726843 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2474  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  64.66 
 
 
127 aa  146  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1858  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  64.66 
 
 
127 aa  146  8e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2469  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  64.66 
 
 
127 aa  146  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2518  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  63.79 
 
 
127 aa  144  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2386  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  64.66 
 
 
127 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1172  CbiX  64.41 
 
 
128 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0919733  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1012  putative sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX  64.41 
 
 
128 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1019  putative sirohydrochlorin cobaltochelatase CbiX  64.41 
 
 
128 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0981  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  59.66 
 
 
127 aa  137  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0669  cbiX protein  63.56 
 
 
128 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145549  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2342  cbiX protein  63.56 
 
 
128 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2943  cbiX protein  63.56 
 
 
128 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1656  cbiX protein  63.56 
 
 
128 aa  136  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0340  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  55 
 
 
121 aa  136  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0825  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  65.22 
 
 
126 aa  135  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.720459  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2228  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  57.98 
 
 
126 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.326708  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3641  hypothetical protein  57.76 
 
 
123 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0828  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  45.54 
 
 
123 aa  107  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0171031 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2113  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  47.32 
 
 
123 aa  103  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.716439  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1945  hypothetical protein  42.62 
 
 
127 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.982544  normal  0.0685142 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2598  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  47.66 
 
 
131 aa  99.8  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.159371 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3304  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  47.37 
 
 
128 aa  98.6  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3165  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  42.24 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.232194  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2405  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  41.44 
 
 
127 aa  94  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0914796  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4925  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.89 
 
 
127 aa  90.5  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0467  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  42.86 
 
 
122 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.220306  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2172  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.6 
 
 
125 aa  89  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.130516 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1722  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.71 
 
 
127 aa  85.5  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3127  hypothetical protein  40.34 
 
 
117 aa  84  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2726  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  40.34 
 
 
117 aa  84  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000062015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2727  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  39.29 
 
 
124 aa  84  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.946245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1918  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.06 
 
 
127 aa  83.6  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3536  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  37.6 
 
 
137 aa  79.7  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1136  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.61 
 
 
125 aa  78.6  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.295149  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1002  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.02 
 
 
122 aa  71.2  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2149  cbiX domain protein  32.26 
 
 
236 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3165  cbiX domain protein  31.18 
 
 
236 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1281  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.41 
 
 
120 aa  67  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.967515  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2348  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.66 
 
 
247 aa  66.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511172  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0307  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.93 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1987  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.18 
 
 
236 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1994  CbiX domain-containing protein  30.11 
 
 
236 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2143  CbiX domain-containing protein  30.11 
 
 
236 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.458667  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4473  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.57 
 
 
309 aa  64.7  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0278734 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1378  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.48 
 
 
418 aa  64.7  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149908  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1832  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.29 
 
 
116 aa  63.9  0.0000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.42293  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0565  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.33 
 
 
471 aa  63.5  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2817  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32 
 
 
263 aa  62  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  0.698036 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2707  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.21 
 
 
127 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.079743  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2220  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.41 
 
 
135 aa  62  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.186484 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1387  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.58 
 
 
128 aa  62  0.000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1967  hypothetical protein  30.11 
 
 
236 aa  61.6  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203988  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5277  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.06 
 
 
126 aa  60.5  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0644  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.35 
 
 
472 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0938  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.58 
 
 
126 aa  60.5  0.000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1946  hypothetical protein  29.03 
 
 
236 aa  60.1  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12790  hypothetical protein  35.45 
 
 
259 aa  59.7  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2708  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.63 
 
 
124 aa  60.1  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1096  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.41 
 
 
127 aa  60.1  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2174  cbiX domain protein  29.03 
 
 
236 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0086  hypothetical protein  27.87 
 
 
337 aa  58.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.639157  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2923  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.91 
 
 
233 aa  58.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0365477  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1350  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.42 
 
 
274 aa  58.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07571  hypothetical protein  29.13 
 
 
349 aa  58.9  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.746447  hitchhiker  0.00609734 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1149  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.95 
 
 
250 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.427856  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2740  hypothetical protein  33.03 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.410006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2290  cbiX domain protein  27.96 
 
 
236 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2641  hypothetical protein  29.52 
 
 
443 aa  58.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.597647  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1417  sirohydrochlorin cobaltochelatase  25.93 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.158753 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0566  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.88 
 
 
318 aa  57.4  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.119137 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3612  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  25.21 
 
 
127 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07101  hypothetical protein  27.87 
 
 
337 aa  57.4  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129916  normal  0.330282 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3546  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.05 
 
 
127 aa  57  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0696  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.59 
 
 
112 aa  57  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0668  sirohydrochlorin cobaltochelatase  29.63 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.420308  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07121  hypothetical protein  31.91 
 
 
375 aa  56.6  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0205  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.03 
 
 
247 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1271  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.86 
 
 
465 aa  56.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3731  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.04 
 
 
125 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000108177  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3135  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.42 
 
 
279 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.740034 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_7707  predicted protein  28.71 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.095411  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0646  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.07 
 
 
297 aa  54.7  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00275078  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.19 
 
 
248 aa  54.7  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07021  hypothetical protein  30.11 
 
 
400 aa  54.3  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0646  hypothetical protein  28.32 
 
 
379 aa  54.3  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0529  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.3 
 
 
157 aa  53.9  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.584257  normal  0.194401 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1381  sirohydrochlorin cobaltochelatase  28.92 
 
 
143 aa  53.9  0.0000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.109069  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1550  CbiX domain-containing protein  22.5 
 
 
251 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.215105  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.16 
 
 
275 aa  53.5  0.0000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1309  cbiX protein  22.03 
 
 
251 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1310  cbiX protein  22.03 
 
 
251 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.84622  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0344  sirohydrochlorin cobaltochelatase  28.57 
 
 
130 aa  52  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.922542 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1446  CbiX domain-containing protein  21.67 
 
 
251 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.340778  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>