176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2641 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2641  hypothetical protein  100 
 
 
443 aa  916    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.597647  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0843  hypothetical protein  59.49 
 
 
368 aa  397  1e-109  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1812  hypothetical protein  57.62 
 
 
365 aa  389  1e-107  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12211  hypothetical protein  61.17 
 
 
359 aa  385  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0171  sirohydrochlorin cobaltochelatase  54.49 
 
 
416 aa  365  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189717  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07571  hypothetical protein  56.68 
 
 
349 aa  366  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.746447  hitchhiker  0.00609734 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0086  hypothetical protein  57.64 
 
 
337 aa  358  9.999999999999999e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.639157  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07101  hypothetical protein  57.29 
 
 
337 aa  357  2.9999999999999997e-97  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129916  normal  0.330282 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07021  hypothetical protein  50.48 
 
 
400 aa  333  2e-90  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0646  hypothetical protein  49.84 
 
 
379 aa  330  3e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07121  hypothetical protein  49.52 
 
 
375 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06731  hypothetical protein  51.3 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1378  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  51.69 
 
 
418 aa  297  2e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149908  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_003296  RS03744  putative transmembrane protein  46.21 
 
 
534 aa  265  8e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4473  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  44.44 
 
 
309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0278734 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0565  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.51 
 
 
471 aa  209  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2360  precorrin-8X methylmutase CbiC/CobH  39.31 
 
 
520 aa  206  5e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0646  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  39.72 
 
 
297 aa  206  6e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00275078  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0644  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  36.97 
 
 
472 aa  200  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4741  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.4 
 
 
347 aa  192  1e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2517  uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.43 
 
 
553 aa  188  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.459561  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1271  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.56 
 
 
465 aa  182  7e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3840  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  36.4 
 
 
333 aa  182  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3890  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  36.4 
 
 
330 aa  182  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0314282 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2699  uroporphyrin-III C-methyltransferase  35.56 
 
 
550 aa  179  9e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.2804  hitchhiker  0.000140912 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.91 
 
 
357 aa  177  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.108946  normal  0.438631 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.98 
 
 
275 aa  176  7e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4496  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.74 
 
 
329 aa  176  8e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1197  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.74 
 
 
365 aa  176  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6031  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.56 
 
 
288 aa  174  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1550  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.47 
 
 
277 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000233242  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1866  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.51 
 
 
410 aa  159  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.156211  normal  0.343639 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1320  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  35.37 
 
 
326 aa  156  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0423235  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3470  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.55 
 
 
408 aa  154  4e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0988  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.29 
 
 
410 aa  151  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1350  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.31 
 
 
274 aa  143  8e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1023  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.2 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.381916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3135  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.71 
 
 
279 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.740034 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0406  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.41 
 
 
248 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3738  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.85 
 
 
304 aa  140  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1692  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.52 
 
 
303 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.303188 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2162  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.83 
 
 
321 aa  138  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.15406 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1289  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.01 
 
 
248 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2299  CbiX protein  29.81 
 
 
283 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.66626  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0439  sirohydrochlorin cobaltochelatase  28.69 
 
 
298 aa  124  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.30181  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0474  sirohydrochlorin cobaltochelatase  28.69 
 
 
298 aa  124  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3862  cbiX domain protein  29.02 
 
 
250 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.417558  hitchhiker  0.00000756549 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7366  putative transmembrane protein  28.15 
 
 
275 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0247614  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2778  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.17 
 
 
298 aa  110  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617519  normal  0.0351721 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2563  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.89 
 
 
304 aa  108  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523631  normal  0.848204 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1309  cbiX protein  28.02 
 
 
251 aa  106  7e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1310  cbiX protein  28.02 
 
 
251 aa  106  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.84622  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1550  CbiX domain-containing protein  28.19 
 
 
251 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.215105  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1482  cbiX domain protein  27.84 
 
 
251 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0833138  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1336  CbiX domain-containing protein  28.02 
 
 
251 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1446  CbiX domain-containing protein  28.02 
 
 
251 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.340778  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1518  cbiX domain protein  27.63 
 
 
251 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.91734e-20 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1588  cbiX domain protein  27.8 
 
 
251 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00133885  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1350  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.52 
 
 
250 aa  101  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.145066  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1149  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.67 
 
 
250 aa  100  5e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.427856  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0799  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.73 
 
 
395 aa  99  2e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1994  CbiX domain-containing protein  29.28 
 
 
236 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2143  CbiX domain-containing protein  29.28 
 
 
236 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.458667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2149  cbiX domain protein  29.86 
 
 
236 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2290  cbiX domain protein  28.18 
 
 
236 aa  84  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1967  hypothetical protein  29.28 
 
 
236 aa  84  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.203988  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1946  hypothetical protein  28.18 
 
 
236 aa  83.2  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2174  cbiX domain protein  28.83 
 
 
236 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1987  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.41 
 
 
236 aa  82  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1281  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.9 
 
 
120 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.967515  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3165  cbiX domain protein  27.1 
 
 
236 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0205  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.1 
 
 
247 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2817  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.05 
 
 
263 aa  74.7  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  0.698036 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3489  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.04 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12421  hypothetical protein  26.56 
 
 
281 aa  73.6  0.000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1890  putative secreted protein  26.95 
 
 
255 aa  71.6  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.813593  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2348  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.67 
 
 
247 aa  71.6  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511172  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3476  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.64 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3539  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.64 
 
 
234 aa  70.1  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226804  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6698  sirohydrochlorin cobaltochelatase  27.45 
 
 
253 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99079  normal  0.371849 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1615  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.1 
 
 
248 aa  69.3  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1945  hypothetical protein  32.67 
 
 
127 aa  68.9  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.982544  normal  0.0685142 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1785  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  26.98 
 
 
255 aa  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0615189  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0668  sirohydrochlorin cobaltochelatase  33.33 
 
 
133 aa  65.5  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.420308  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1002  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.48 
 
 
122 aa  65.9  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0307  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.04 
 
 
121 aa  65.1  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2421  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  25.3 
 
 
258 aa  64.3  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0938  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.33 
 
 
126 aa  64.3  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1035  sirohydrochlorin cobaltochelatase  31.78 
 
 
131 aa  63.5  0.000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.137953  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0081  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  22.38 
 
 
250 aa  62.8  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.53662 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1299  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.84 
 
 
127 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187367  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2598  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  38.3 
 
 
131 aa  62.4  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.159371 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2684  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  27.27 
 
 
234 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.55876  normal  0.318359 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0340  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.57 
 
 
121 aa  62  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2425  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  25.1 
 
 
243 aa  60.5  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0985952  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2473  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  25.1 
 
 
243 aa  60.5  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0617296  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0344  sirohydrochlorin cobaltochelatase  28.46 
 
 
130 aa  59.7  0.00000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.922542 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2400  sirohydrochlorin cobaltochelatase  32.38 
 
 
130 aa  59.7  0.00000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.317297 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2245  sirohydrochlorin cobaltochelatase  31.78 
 
 
143 aa  59.7  0.00000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.177211  hitchhiker  0.00554027 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6101  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  28.57 
 
 
153 aa  59.7  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.32194  normal  0.0194652 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>