More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0127 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0127  cobalamin synthesis protein P47K  100 
 
 		 363 aa  741    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0163  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis CobW, C-terminal  87.26 
 
 		 357 aa  594  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0047  hypothetical protein  80.72 
 
 		 362 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3380  cobalamin synthesis protein P47K  81.54 
 
 		 359 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3703  cobalamin synthesis protein P47K  79.34 
 
 		 362 aa  554  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.847645 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4377  hypothetical protein  69.29 
 
 		 363 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0072  cobalamin synthesis protein P47K  69.04 
 
 		 362 aa  474  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0345  cobalamin synthesis protein P47K  69.34 
 
 		 362 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.593082 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3089  cobalamin synthesis protein, P47K  69.92 
 
 		 393 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356771  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3084  cobalamin synthesis protein P47K  71.87 
 
 		 359 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0517303 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2998  cobalamin synthesis protein P47K  69.64 
 
 		 387 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.249675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3106  cobalamin synthesis protein P47K  70.28 
 
 		 395 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.405952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2475  cobalamin synthesis protein, P47K  69.64 
 
 		 393 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557967  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1456  cobalamin synthesis protein P47K  64.23 
 
 		 384 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6439  cobalamin synthesis protein/P47K  70.47 
 
 		 359 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3135  cobalamin synthesis protein, P47K  71.59 
 
 		 388 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.470512  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2015  cobalamin synthesis protein, P47K  67.68 
 
 		 353 aa  461  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3429  cobalamin synthesis protein, P47K  63.99 
 
 		 350 aa  458  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.85314  normal  0.828912 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1732  cobalamin synthesis protein P47K  66.39 
 
 		 352 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3256  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  70 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.162964  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2171  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  70 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.338794  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3430  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  70 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0389  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  70 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0193  CobW/P47K family protein  70 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.294373  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0205  CobW/P47K family protein  70 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2918  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  70 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0872325  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0168  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  70.83 
 
 		 357 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3439  cobalamin synthesis protein, P47K  63.29 
 
 		 351 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.745732  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3386  hypothetical protein  62.88 
 
 		 347 aa  436  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.414408 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3834  cobalamin synthesis protein P47K  63.09 
 
 		 343 aa  436  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1063  cobalamin synthesis protein, P47K  63.16 
 
 		 352 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0807  cobalamin synthesis protein, P47K  62.6 
 
 		 359 aa  430  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.591841  normal  0.94341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0904  cobalamin synthesis protein P47K  62.33 
 
 		 349 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3684  cobalamin synthesis protein, P47K  62.4 
 
 		 369 aa  425  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2994  cobalamin synthesis protein P47K  62.97 
 
 		 372 aa  424  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  60.77 
 
 		 356 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0291  cobalamin synthesis protein P47K  51.25 
 
 		 328 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4881  cobalamin synthesis protein/P47K  44.78 
 
 		 323 aa  292  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4636  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  44.85 
 
 		 325 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4271  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  44.79 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0800  cobalamin synthesis protein P47K  43.44 
 
 		 325 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4639  CobW/P47K family protein  44.04 
 
 		 323 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4501  cobalamin synthesis protein, P47K  43.13 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4633  cobalamin synthesis protein P47K  43.78 
 
 		 325 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3468  cobalamin synthesis protein, P47K  43.13 
 
 		 355 aa  273  3e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.246587  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1524  cobalamin synthesis protein P47K  40.22 
 
 		 319 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5244  hypothetical protein  44.54 
 
 		 334 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536165  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3286  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.44 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1879  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.12 
 
 		 319 aa  270  4e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4556  cobalamin synthesis protein, P47K  42.78 
 
 		 347 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.107913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1883  cobalamin synthesis protein P47K  39.44 
 
 		 316 aa  268  1e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2056  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.17 
 
 		 316 aa  267  2e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2023  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.17 
 
 		 316 aa  268  2e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2021  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  39.17 
 
 		 316 aa  268  2e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.53794  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60920  hypothetical protein  44.26 
 
 		 334 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1833  cobalamin synthesis protein  38.84 
 
 		 319 aa  266  4e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2134  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  38.89 
 
 		 316 aa  266  5e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2101  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  38.89 
 
 		 316 aa  265  7e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1304  cobalamin synthesis protein, P47K  39.29 
 
 		 320 aa  265  8e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.405141  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1342  putative cobalamin synthesis protein/P47K family protein  43.33 
 
 		 345 aa  265  8.999999999999999e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.245031 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1849  cobalamin synthesis protein  38.61 
 
 		 316 aa  264  2e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443827  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0929  cobalamin synthesis protein P47K  43.61 
 
 		 349 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.363072  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0917  cobalamin synthesis protein, CobW  41.05 
 
 		 350 aa  263  4.999999999999999e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.191872  normal  0.446046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4831  cobalamin synthesis protein, P47K  40.83 
 
 		 350 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.293757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0756  cobalamin synthesis protein, CobW  42.03 
 
 		 353 aa  262  8e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40657  predicted protein  41.69 
 
 		 404 aa  261  2e-68  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.15891  normal  0.0463328 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3425  cobalamin synthesis protein, P47K  43.53 
 
 		 361 aa  259  6e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0953309  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40980  Cobalamin synthesis protein  42.7 
 
 		 323 aa  259  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0846  cobalamin synthesis protein, P47K  42.9 
 
 		 353 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.136084 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4884  putative GTP-binding protein YjiA  41.57 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4943  putative GTP-binding protein YjiA  41.57 
 
 		 318 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.715992 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3189  cobalamin synthesis protein P47K  40.22 
 
 		 323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0646926 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4878  putative GTP-binding protein YjiA  42.13 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4857  putative GTP-binding protein YjiA  41.29 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4572  putative GTP-binding protein YjiA  42.13 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4783  putative GTP-binding protein YjiA  41.57 
 
 		 318 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.120567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4936  putative GTP-binding protein YjiA  41.88 
 
 		 318 aa  253  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.518194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0509  putative GTP-binding protein YjiA  41.43 
 
 		 317 aa  253  5.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0635943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4494  cobalamin synthesis protein P47K  39.29 
 
 		 320 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0590812  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04218  predicted GTPase  41.85 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04184  hypothetical protein  41.85 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0196  cobalamin synthesis protein P47K  40.83 
 
 		 364 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174465  normal  0.775043 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0285  cobalamin synthesis protein/P47K  39.72 
 
 		 323 aa  251  1e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.980872  normal  0.42321 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5864  putative GTP-binding protein YjiA  41.85 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1091  putative GTP-binding protein YjiA  40.38 
 
 		 328 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.214102  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3714  putative GTP-binding protein YjiA  41.85 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4944  putative GTP-binding protein YjiA  41.85 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4892  putative GTP-binding protein YjiA  41.85 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3224  putative GTP-binding protein YjiA  40.38 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0778191  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0580  putative GTP-binding protein YjiA  41.06 
 
 		 320 aa  250  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3645  cobalamin synthesis protein P47K  41.57 
 
 		 318 aa  248  8e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0929  low affinity zinc transport membrane protein  40 
 
 		 343 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1909  cobalamin synthesis protein P47K  39.17 
 
 		 323 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3685  cobalamin synthesis protein P47K  37.78 
 
 		 335 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.444598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2276  putative CobW protein involved in cobalamin synthesis  37.5 
 
 		 326 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0913619  normal  0.150937 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_3375  predicted protein  40.72 
 
 		 388 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_41508  predicted protein  39.02 
 
 		 394 aa  245  9.999999999999999e-64  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.328338  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0888  cobalamin synthesis protein P47K  39 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0862  cobalamin synthesis protein P47K  39 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1188  cobalamin synthesis protein P47K  37.89 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0038044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>