293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2918 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3549  cobyric acid synthase  73.54 
 
 		 516 aa  739    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3285  cobyric acid synthase  88.28 
 
 		 525 aa  880    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.485856  normal  0.893315 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4257  cobyric acid synthase  75.49 
 
 		 524 aa  782    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2918  cobyric acid synthase  100 
 
 		 525 aa  1045    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2386  cobyric acid synthase  89.3 
 
 		 524 aa  921    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3550  cobyric acid synthase  63.46 
 
 		 513 aa  624  1e-177  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.831986  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3564  cobyric acid synthase  66.39 
 
 		 520 aa  617  1e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0326183  normal  0.13415 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3381  cobyric acid synthase  57.74 
 
 		 496 aa  530  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3563  cobyric acid synthase  60.25 
 
 		 484 aa  531  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.637799  normal  0.320704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2617  cobyric acid synthase  54.42 
 
 		 486 aa  514  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0796  cobyric acid synthase  55.62 
 
 		 481 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3272  cobyric acid synthase CobQ  53.94 
 
 		 480 aa  512  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00599844 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2453  cobyric acid synthase  55.62 
 
 		 481 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2137  cobyric acid synthase  54.58 
 
 		 484 aa  511  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281937  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1471  cobyric acid synthase CobQ  56.45 
 
 		 480 aa  509  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129857 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1872  cobyric acid synthase  53.21 
 
 		 483 aa  506  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3745  cobyric acid synthase  54.62 
 
 		 493 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0646477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3713  cobyric acid synthase CobQ  57.63 
 
 		 477 aa  505  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2381  cobyric acid synthase  53.97 
 
 		 488 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62958  decreased coverage  0.00269559 
 
 
-
 
NC_004310  BR1311  cobyric acid synthase  52.51 
 
 		 483 aa  498  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.306129  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5190  cobyric acid synthase CobQ  54.58 
 
 		 500 aa  495  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.424958 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5262  cobyric acid synthase CobQ  55 
 
 		 488 aa  495  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.841841 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4723  cobyric acid synthase CobQ  54.38 
 
 		 500 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.376659  normal  0.401883 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2937  cobyric acid synthase  52.91 
 
 		 481 aa  492  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0505975  hitchhiker  0.00124265 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1274  cobyric acid synthase  52.3 
 
 		 506 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.929502  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2427  cobyric acid synthase CobQ  57.31 
 
 		 485 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.603844 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0387  cobyric acid synthase CobQ  51.89 
 
 		 488 aa  490  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.449296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0789  cobyric acid synthase  55.22 
 
 		 494 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00846074  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3138  cobyric acid synthase  53.2 
 
 		 492 aa  488  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.95176 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2571  cobyric acid synthase  53.41 
 
 		 484 aa  487  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0736  cobyric acid synthase  55.22 
 
 		 494 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0634  cobyric acid synthase  55.02 
 
 		 495 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0946562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5723  cobyric acid synthase CobQ  57.23 
 
 		 484 aa  487  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.501504  normal  0.497712 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1765  cobyric acid synthase  52.14 
 
 		 484 aa  486  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.504033  normal  0.0308945 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2096  cobyric acid synthase  55.49 
 
 		 486 aa  482  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2141  cobyric acid synthase CobQ  55.15 
 
 		 489 aa  481  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.829477  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0384  cobyric acid synthase  54.22 
 
 		 481 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.541429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1989  cobyric acid synthase  53.43 
 
 		 482 aa  472  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.56437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1656  cobyric acid synthase CobQ  53.69 
 
 		 492 aa  468  1.0000000000000001e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4734  cobyric acid synthase  52.2 
 
 		 485 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2756  cobyric acid synthase  52.52 
 
 		 485 aa  458  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.476578  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3778  cobyric acid synthase  55.07 
 
 		 488 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.221434 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000116  cobyric acid synthase  45.49 
 
 		 485 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0323  cobyric acid synthase  48.89 
 
 		 491 aa  430  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0666  cobyric acid synthase  45.89 
 
 		 484 aa  429  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05724  cobyric acid synthase  45.88 
 
 		 475 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0144  cobyric acid synthase  47.59 
 
 		 487 aa  426  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4113  cobyric acid synthase  48.6 
 
 		 490 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47690  cobyric acid synthase  48.8 
 
 		 490 aa  428  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00733771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1456  cobyric acid synthase CobQ  50 
 
 		 495 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.727464  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2390  cobyric acid synthase  49.71 
 
 		 495 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0066766 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2656  cobyric acid synthase  47.95 
 
 		 498 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.74347  normal  0.607627 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2198  cobyric acid synthase  49.09 
 
 		 481 aa  421  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.170201 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1276  cobyric acid synthase  47.44 
 
 		 484 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.651231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1236  cobyric acid synthase  47.24 
 
 		 484 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33080  cobyric acid synthase  48.09 
 
 		 485 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0282392  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1677  cobyric acid synthase  46.63 
 
 		 484 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3127  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  44.8 
 
 		 500 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4042  cobyric acid synthase  46.22 
 
 		 484 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0103  cobyric acid synthase  44.49 
 
 		 483 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3492  cobyric acid synthase  47.7 
 
 		 504 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0279  cobyric acid synthase  46.14 
 
 		 489 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0783  cobyric acid synthase  43.46 
 
 		 495 aa  399  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0240  cobyric acid synthase  42.86 
 
 		 485 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2812  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  48.3 
 
 		 510 aa  400  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.632391  normal  0.768305 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0665  cobyric acid synthase  47.32 
 
 		 488 aa  399  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0848  cobyric acid synthase  48.43 
 
 		 501 aa  396  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1005  cobyric acid synthase  46.79 
 
 		 486 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2778  cobyric acid synthase  48.29 
 
 		 505 aa  398  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.475019  normal  0.720274 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1713  cobyric acid synthase  45.31 
 
 		 486 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0697  cobyric acid synthase  49.8 
 
 		 512 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.342942  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2971  cobyric acid synthase  49.8 
 
 		 523 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.106945  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1628  cobyric acid synthase  49.8 
 
 		 529 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2203  cobyric acid synthase  47.55 
 
 		 484 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0873321  normal  0.914907 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1200  cobyric acid synthase  49.8 
 
 		 585 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5777  cobyric acid synthase  47.72 
 
 		 511 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3730  cobyric acid synthase  47.31 
 
 		 511 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1039  cobyric acid synthase  49.6 
 
 		 545 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999214  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1835  cobyric acid synthase  48.04 
 
 		 511 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1045  cobyric acid synthase  49.8 
 
 		 535 aa  395  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2316  cobyric acid synthase  49.8 
 
 		 531 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.0037254  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2446  cobyric acid synthase  48.04 
 
 		 511 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899233  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0844  cobyric acid synthase  48.6 
 
 		 520 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1755  cobyric acid synthase  45.78 
 
 		 483 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.438055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1135  cobyric acid synthase CobQ  43.11 
 
 		 534 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2494  cobyric acid synthase  48.25 
 
 		 500 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123831  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2451  cobyric acid synthase  48.44 
 
 		 504 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0760496  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2304  cobyric acid synthase  46.26 
 
 		 505 aa  387  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3676  cobyric acid synthase  45.4 
 
 		 486 aa  388  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301884  normal  0.0393979 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2157  cobyric acid synthase  44.47 
 
 		 485 aa  388  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.711251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2362  cobyric acid synthase  48.43 
 
 		 500 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1014  cobyric acid synthase  42.34 
 
 		 565 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3678  cobyric acid synthase CobQ  41.67 
 
 		 500 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0664782  normal  0.329019 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0717  cobyric acid synthase  41.35 
 
 		 534 aa  382  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3361  cobyric acid synthase  41.35 
 
 		 560 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0980  cobyric acid synthase  42.29 
 
 		 526 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0485  cobyric acid synthase CobQ:precorrin-3B C17-methyltransferase region  43.31 
 
 		 797 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0041  cobyric acid synthase CobQ  42.32 
 
 		 787 aa  379  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1002  cobyric acid synthase  42.15 
 
 		 556 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1646  cobyric acid synthase  45.81 
 
 		 488 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>