298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1646 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_33080  cobyric acid synthase  80.37 
 
 
485 aa  785    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0282392  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1677  cobyric acid synthase  84.71 
 
 
484 aa  826    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2390  cobyric acid synthase  71.13 
 
 
495 aa  657    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0066766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1713  cobyric acid synthase  90.48 
 
 
486 aa  872    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3676  cobyric acid synthase  89.03 
 
 
486 aa  860    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301884  normal  0.0393979 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0665  cobyric acid synthase  69.92 
 
 
488 aa  651    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1276  cobyric acid synthase  85.74 
 
 
484 aa  840    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.651231  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1646  cobyric acid synthase  100 
 
 
488 aa  990    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2656  cobyric acid synthase  71.49 
 
 
498 aa  660    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.74347  normal  0.607627 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1755  cobyric acid synthase  80.54 
 
 
483 aa  767    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.438055  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2778  cobyric acid synthase  69.94 
 
 
505 aa  643    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.475019  normal  0.720274 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4113  cobyric acid synthase  81.88 
 
 
490 aa  800    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1236  cobyric acid synthase  84.5 
 
 
484 aa  832    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170511  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47690  cobyric acid synthase  82.08 
 
 
490 aa  799    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00733771  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4042  cobyric acid synthase  84.09 
 
 
484 aa  821    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2198  cobyric acid synthase  70.23 
 
 
481 aa  657    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.170201 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1456  cobyric acid synthase CobQ  67.99 
 
 
495 aa  639    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.727464  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0240  cobyric acid synthase  63.5 
 
 
485 aa  628  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0144  cobyric acid synthase  66.38 
 
 
487 aa  622  1e-177  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0103  cobyric acid synthase  65.28 
 
 
483 aa  619  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0666  cobyric acid synthase  63.24 
 
 
484 aa  616  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2304  cobyric acid synthase  67.98 
 
 
505 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2203  cobyric acid synthase  63.02 
 
 
484 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0873321  normal  0.914907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3492  cobyric acid synthase  65.37 
 
 
504 aa  610  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3678  cobyric acid synthase CobQ  61.54 
 
 
500 aa  610  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0664782  normal  0.329019 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2714  cobyric acid synthase  67.42 
 
 
500 aa  604  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.199651  normal  0.573522 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0848  cobyric acid synthase  66.32 
 
 
501 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1014  cobyric acid synthase  60.51 
 
 
565 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3730  cobyric acid synthase  66.73 
 
 
511 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0845  cobyric acid synthase  61.37 
 
 
541 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2958  cobyric acid synthase  60.59 
 
 
534 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3361  cobyric acid synthase  60.8 
 
 
560 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3177  cobyric acid synthase  60.97 
 
 
541 aa  601  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3275  cobyric acid synthase  61.04 
 
 
541 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1005  cobyric acid synthase  65.2 
 
 
486 aa  598  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1002  cobyric acid synthase  60.95 
 
 
556 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0980  cobyric acid synthase  60.59 
 
 
526 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0279  cobyric acid synthase  63.32 
 
 
489 aa  596  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1038  cobyric acid synthase  60.48 
 
 
510 aa  593  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5777  cobyric acid synthase  66.18 
 
 
511 aa  589  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2362  cobyric acid synthase  65.98 
 
 
500 aa  591  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1835  cobyric acid synthase  65.56 
 
 
511 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2494  cobyric acid synthase  65.56 
 
 
500 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123831  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2446  cobyric acid synthase  65.56 
 
 
511 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899233  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3127  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  62 
 
 
500 aa  588  1e-166  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2451  cobyric acid synthase  64.61 
 
 
504 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0760496  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0697  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
512 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.342942  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2971  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
523 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.106945  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1628  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
529 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1200  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
585 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3377  cobyric acid synthase  58.19 
 
 
536 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0783  cobyric acid synthase  60.83 
 
 
495 aa  583  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1045  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
535 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0879  cobyric acid synthase  59.36 
 
 
523 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1039  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
545 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999214  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2316  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
531 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.0037254  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000116  cobyric acid synthase  59.12 
 
 
485 aa  580  1e-164  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0844  cobyric acid synthase  65.21 
 
 
520 aa  578  1e-164  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0717  cobyric acid synthase  59.84 
 
 
534 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05724  cobyric acid synthase  58.74 
 
 
475 aa  570  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4081  cobyric acid synthase  57.28 
 
 
527 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1135  cobyric acid synthase CobQ  60.42 
 
 
534 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3731  cobyric acid synthase  57.66 
 
 
554 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.699118  normal  0.182347 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2812  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  61.19 
 
 
510 aa  558  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.632391  normal  0.768305 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2157  cobyric acid synthase  59.53 
 
 
485 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.711251  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0765  cobyric acid synthase  58.48 
 
 
502 aa  545  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3655  cobyric acid synthase  57.62 
 
 
536 aa  535  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.676969  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0796  cobyric acid synthase  50.62 
 
 
481 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2453  cobyric acid synthase  50.62 
 
 
481 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2617  cobyric acid synthase  48.87 
 
 
486 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2937  cobyric acid synthase  50.52 
 
 
481 aa  428  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0505975  hitchhiker  0.00124265 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4734  cobyric acid synthase  49.38 
 
 
485 aa  425  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2381  cobyric acid synthase  48.34 
 
 
488 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62958  decreased coverage  0.00269559 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3381  cobyric acid synthase  50.63 
 
 
496 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0384  cobyric acid synthase  50.62 
 
 
481 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.541429  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0041  cobyric acid synthase CobQ  46.05 
 
 
787 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1989  cobyric acid synthase  50.31 
 
 
482 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.56437  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2137  cobyric acid synthase  48.55 
 
 
484 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.281937  normal  0.137961 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3713  cobyric acid synthase CobQ  50.62 
 
 
477 aa  417  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5262  cobyric acid synthase CobQ  50 
 
 
488 aa  414  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.841841 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3539  cobyric acid synthase CobQ  46.92 
 
 
776 aa  409  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.714834  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3605  cobyric acid synthase CobQ  46.69 
 
 
772 aa  410  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3745  cobyric acid synthase  50.73 
 
 
493 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0646477  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4723  cobyric acid synthase CobQ  50.42 
 
 
500 aa  411  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.376659  normal  0.401883 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1765  cobyric acid synthase  49.66 
 
 
484 aa  408  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.504033  normal  0.0308945 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1907  cobyric acid synthase CobQ  50.1 
 
 
483 aa  408  1.0000000000000001e-112  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5190  cobyric acid synthase CobQ  49.48 
 
 
500 aa  403  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.424958 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0323  cobyric acid synthase  50 
 
 
491 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3272  cobyric acid synthase CobQ  45.45 
 
 
480 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00599844 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0181  cobyric acid synthase CobQ  48.67 
 
 
494 aa  398  1e-109  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0190399  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1311  cobyric acid synthase  46.72 
 
 
483 aa  397  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.306129  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0485  cobyric acid synthase CobQ:precorrin-3B C17-methyltransferase region  45.26 
 
 
797 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0736  cobyric acid synthase  51.69 
 
 
494 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953548  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1656  cobyric acid synthase CobQ  48.56 
 
 
492 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422917  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2918  cobyric acid synthase  45.59 
 
 
525 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1872  cobyric acid synthase  46.67 
 
 
483 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1274  cobyric acid synthase  46.51 
 
 
506 aa  393  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.929502  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1269  cobyric acid synthase  45.36 
 
 
493 aa  393  1e-108  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5723  cobyric acid synthase CobQ  48.23 
 
 
484 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.501504  normal  0.497712 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1471  cobyric acid synthase CobQ  47.5 
 
 
480 aa  393  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000129857 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>