More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1135 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1135  cobyric acid synthase CobQ  100 
 
 
534 aa  1109    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33080  cobyric acid synthase  63.16 
 
 
485 aa  598  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0282392  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4113  cobyric acid synthase  61.12 
 
 
490 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0666  cobyric acid synthase  61.39 
 
 
484 aa  591  1e-168  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05724  cobyric acid synthase  61.13 
 
 
475 aa  592  1e-168  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000116  cobyric acid synthase  60.29 
 
 
485 aa  590  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3655  cobyric acid synthase  58.4 
 
 
536 aa  591  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.676969  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47690  cobyric acid synthase  60.5 
 
 
490 aa  586  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00733771  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2198  cobyric acid synthase  60.87 
 
 
481 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.170201 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0240  cobyric acid synthase  59.27 
 
 
485 aa  583  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1677  cobyric acid synthase  60.42 
 
 
484 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2390  cobyric acid synthase  60.33 
 
 
495 aa  579  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0066766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4042  cobyric acid synthase  60.42 
 
 
484 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1236  cobyric acid synthase  61.05 
 
 
484 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170511  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1276  cobyric acid synthase  61.05 
 
 
484 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.651231  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2656  cobyric acid synthase  60.33 
 
 
498 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.74347  normal  0.607627 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0783  cobyric acid synthase  58.25 
 
 
495 aa  573  1.0000000000000001e-162  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3361  cobyric acid synthase  57.37 
 
 
560 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1014  cobyric acid synthase  55.91 
 
 
565 aa  567  1e-160  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0144  cobyric acid synthase  57.76 
 
 
487 aa  565  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3678  cobyric acid synthase CobQ  56.77 
 
 
500 aa  565  1e-160  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0664782  normal  0.329019 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1002  cobyric acid synthase  57 
 
 
556 aa  567  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0845  cobyric acid synthase  56.76 
 
 
541 aa  566  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3177  cobyric acid synthase  56.95 
 
 
541 aa  566  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3275  cobyric acid synthase  55.54 
 
 
541 aa  567  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1713  cobyric acid synthase  59.37 
 
 
486 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0980  cobyric acid synthase  57 
 
 
526 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2958  cobyric acid synthase  55.22 
 
 
534 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3676  cobyric acid synthase  59.66 
 
 
486 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301884  normal  0.0393979 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1755  cobyric acid synthase  61.05 
 
 
483 aa  560  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.438055  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3377  cobyric acid synthase  56.45 
 
 
536 aa  561  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1456  cobyric acid synthase CobQ  57.53 
 
 
495 aa  557  1e-157  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.727464  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1038  cobyric acid synthase  57.71 
 
 
510 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0665  cobyric acid synthase  59.3 
 
 
488 aa  558  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1646  cobyric acid synthase  60.42 
 
 
488 aa  551  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0103  cobyric acid synthase  56.56 
 
 
483 aa  553  1e-156  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2778  cobyric acid synthase  59.79 
 
 
505 aa  553  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.475019  normal  0.720274 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2157  cobyric acid synthase  58.26 
 
 
485 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.711251  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0879  cobyric acid synthase  56.13 
 
 
523 aa  551  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1045  cobyric acid synthase  58.85 
 
 
535 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1039  cobyric acid synthase  58.85 
 
 
545 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.999214  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2304  cobyric acid synthase  56.35 
 
 
505 aa  542  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0697  cobyric acid synthase  58.64 
 
 
512 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.342942  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1628  cobyric acid synthase  58.64 
 
 
529 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1200  cobyric acid synthase  58.64 
 
 
585 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4081  cobyric acid synthase  56.25 
 
 
527 aa  545  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0717  cobyric acid synthase  57.37 
 
 
534 aa  543  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2316  cobyric acid synthase  58.64 
 
 
531 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.0037254  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2971  cobyric acid synthase  58.64 
 
 
523 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.106945  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2203  cobyric acid synthase  57.41 
 
 
484 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0873321  normal  0.914907 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3731  cobyric acid synthase  53.45 
 
 
554 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.699118  normal  0.182347 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0765  cobyric acid synthase  54.96 
 
 
502 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3492  cobyric acid synthase  57 
 
 
504 aa  537  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1835  cobyric acid synthase  57.06 
 
 
511 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0848  cobyric acid synthase  57.32 
 
 
501 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2446  cobyric acid synthase  57.06 
 
 
511 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0899233  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0844  cobyric acid synthase  57.82 
 
 
520 aa  531  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3127  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  55.35 
 
 
500 aa  535  1e-150  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5777  cobyric acid synthase  56.2 
 
 
511 aa  530  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1005  cobyric acid synthase  57.7 
 
 
486 aa  531  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2451  cobyric acid synthase  56.2 
 
 
504 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0760496  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2714  cobyric acid synthase  58.69 
 
 
500 aa  528  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.199651  normal  0.573522 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2812  adenosylcobyric acid synthase (glutamine-hydrolysing)  56.6 
 
 
510 aa  528  1e-148  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.632391  normal  0.768305 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2362  cobyric acid synthase  56.88 
 
 
500 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2494  cobyric acid synthase  57.46 
 
 
500 aa  524  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123831  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0279  cobyric acid synthase  53.78 
 
 
489 aa  522  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3730  cobyric acid synthase  55.44 
 
 
511 aa  509  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2617  cobyric acid synthase  46.3 
 
 
486 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0796  cobyric acid synthase  47.17 
 
 
481 aa  428  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0736  cobyric acid synthase  50.2 
 
 
494 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.953548  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2937  cobyric acid synthase  47.83 
 
 
481 aa  427  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0505975  hitchhiker  0.00124265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3745  cobyric acid synthase  49.09 
 
 
493 aa  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0646477  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2453  cobyric acid synthase  47.17 
 
 
481 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0300  cobyric acid synthase  44.84 
 
 
507 aa  421  1e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0789  cobyric acid synthase  50.31 
 
 
494 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00846074  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0384  cobyric acid synthase  48.01 
 
 
481 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.541429  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3713  cobyric acid synthase CobQ  47.52 
 
 
477 aa  412  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.202059 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3272  cobyric acid synthase CobQ  44.61 
 
 
480 aa  414  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00599844 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4723  cobyric acid synthase CobQ  45.69 
 
 
500 aa  411  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.376659  normal  0.401883 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2241  cobyric acid synthase  46.22 
 
 
506 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.386357  normal  0.07507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0485  cobyric acid synthase CobQ:precorrin-3B C17-methyltransferase region  44.93 
 
 
797 aa  409  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2195  cobyric acid synthase  46.11 
 
 
513 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2354  cobyric acid synthase  46.02 
 
 
506 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.066722 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2188  cobyric acid synthase  46.05 
 
 
506 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5190  cobyric acid synthase CobQ  45.76 
 
 
500 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.424958 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2427  cobyric acid synthase CobQ  45.92 
 
 
485 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.603844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1656  cobyric acid synthase CobQ  44.14 
 
 
492 aa  406  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422917  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2141  cobyric acid synthase  45.82 
 
 
506 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5262  cobyric acid synthase CobQ  46.19 
 
 
488 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.841841 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3539  cobyric acid synthase CobQ  45.78 
 
 
776 aa  402  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.714834  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1471  cobyric acid synthase CobQ  45.7 
 
 
480 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000129857 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0634  cobyric acid synthase  47.98 
 
 
495 aa  405  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0946562  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2992  cobyric acid synthase  43.43 
 
 
532 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1311  cobyric acid synthase  43.8 
 
 
483 aa  401  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.306129  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3605  cobyric acid synthase CobQ  44.2 
 
 
772 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3381  cobyric acid synthase  45.84 
 
 
496 aa  402  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1872  cobyric acid synthase  44.42 
 
 
483 aa  401  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2918  cobyric acid synthase  43.2 
 
 
525 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3138  cobyric acid synthase  46.67 
 
 
492 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.95176 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1274  cobyric acid synthase  42.63 
 
 
506 aa  398  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.929502  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>