16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4162 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_28100  hypothetical protein  61.39 
 
 		 602 aa  712    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4162  carbohydrate-binding CenC domain-containing protein  100 
 
 		 596 aa  1230    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2446  hypothetical protein  61.28 
 
 		 599 aa  696    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0772125  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0043  hypothetical protein  29.8 
 
 		 407 aa  111  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3927  peptidyl-Asp metallopeptidase. metallo peptidase. MEROPS family M72  28.57 
 
 		 465 aa  88.2  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1835  peptidyl-Asp metallopeptidase. metallo peptidase. MEROPS family M72  32.27 
 
 		 2062 aa  87.4  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2053  hypothetical protein  35.12 
 
 		 685 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543617  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0099  hypothetical protein  29.84 
 
 		 689 aa  69.3  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3429  MAM protein  26.42 
 
 		 1027 aa  60.8  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0320  Ricin B lectin  29.85 
 
 		 565 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal  0.136179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2257  peptidyl-Asp metalloendopeptidase  26.38 
 
 		 390 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.251039  normal  0.490974 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  25.79 
 
 		 1059 aa  45.8  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  25.79 
 
 		 1059 aa  45.8  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01964  hypothetical protein  23.53 
 
 		 258 aa  44.7  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1648  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  21.91 
 
 		 1146 aa  43.9  0.008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.479186  hitchhiker  0.00101634 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0017  hypothetical protein  25.82 
 
 		 630 aa  43.9  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>