19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2257 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2257  peptidyl-Asp metalloendopeptidase  100 
 
 		 390 aa  799    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.251039  normal  0.490974 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0815  peptidyl-Asp metalloendopeptidase  40.12 
 
 		 417 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3429  MAM protein  32.41 
 
 		 1027 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0300  metallopeptidase, putative  29.67 
 
 		 528 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.292389  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1835  peptidyl-Asp metallopeptidase. metallo peptidase. MEROPS family M72  31.84 
 
 		 2062 aa  105  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4908  hypothetical protein  29.25 
 
 		 535 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal  0.0192244 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0320  Ricin B lectin  24.44 
 
 		 565 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.325605  normal  0.136179 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0099  hypothetical protein  25.66 
 
 		 689 aa  87.8  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2053  hypothetical protein  24.44 
 
 		 685 aa  84  0.000000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.543617  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2446  hypothetical protein  27.78 
 
 		 599 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0772125  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2081  hypothetical protein  24.84 
 
 		 560 aa  51.6  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28100  hypothetical protein  24.61 
 
 		 602 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4162  carbohydrate-binding CenC domain-containing protein  26.4 
 
 		 596 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0093  peptidase M12B, propeptide  28.95 
 
 		 465 aa  48.5  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.621241  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0017  hypothetical protein  26.81 
 
 		 630 aa  48.5  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4897  hypothetical protein  35.8 
 
 		 447 aa  46.2  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139412 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 367 aa  44.3  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 		 367 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>