46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0526 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  100 
 
 		 284 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  63.35 
 
 		 230 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  78.32 
 
 		 322 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  78.32 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  68.1 
 
 		 257 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  65.28 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  65.73 
 
 		 258 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  65.03 
 
 		 261 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  65.03 
 
 		 261 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  64.34 
 
 		 254 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  43.17 
 
 		 138 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  43.17 
 
 		 138 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.4 
 
 		 139 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40.15 
 
 		 139 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  38.97 
 
 		 148 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40 
 
 		 139 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  39.57 
 
 		 140 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40.62 
 
 		 139 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40.62 
 
 		 139 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40.94 
 
 		 148 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.01 
 
 		 194 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.34 
 
 		 157 aa  86.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.34 
 
 		 157 aa  86.7  4e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  36.22 
 
 		 168 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.33 
 
 		 163 aa  81.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  38.24 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  38.71 
 
 		 167 aa  77.4  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  30.71 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  33.33 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  60 
 
 		 926 aa  70.1  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  33.9 
 
 		 183 aa  65.9  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  23.93 
 
 		 168 aa  63.9  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  24.35 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2063  pathogenicity protein, putative  55.24 
 
 		 630 aa  62  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0254  hypothetical protein  41.12 
 
 		 423 aa  58.5  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.158302  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  36.73 
 
 		 177 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4909  TfoX domain-containing protein  49.48 
 
 		 219 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3457  TfoX-like  49.48 
 
 		 219 aa  50.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0944213  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5377  TfoX domain-containing protein  49.48 
 
 		 223 aa  48.9  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0365386  normal  0.0696502 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  39.36 
 
 		 499 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0079  surface layer protein  43.75 
 
 		 489 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0060  surface layer protein  35.4 
 
 		 484 aa  46.2  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000340805  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1710  hypothetical protein  28.57 
 
 		 522 aa  44.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.636106  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4218  hypothetical protein  41.41 
 
 		 407 aa  44.3  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4621  alpha beta-propellor repeat-containing integrin  25.87 
 
 		 830 aa  43.5  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.184337  normal  0.0506116 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0144  virulence-associated E family protein  27.23 
 
 		 812 aa  43.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0856396 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>