More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4235 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1110  nitrate reductase, beta subunit  73.12 
 
 		 513 aa  805    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01203  nitrate reductase 1, beta (Fe-S) subunit  68.54 
 
 		 512 aa  748    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.714292  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01425  nitrate reductase 2 (NRZ), beta subunit  68.54 
 
 		 514 aa  758    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2235  nitrate reductase, beta subunit  74.45 
 
 		 514 aa  811    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1393  nitrate reductase 1, beta subunit  68.34 
 
 		 512 aa  746    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2180  nitrate reductase, beta subunit  68.54 
 
 		 514 aa  757    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.109397  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2420  nitrate reductase, beta subunit  68.54 
 
 		 512 aa  748    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0556426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5683  nitrate reductase, beta subunit  78.51 
 
 		 509 aa  846    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1335  nitrate reductase, beta subunit  68.54 
 
 		 512 aa  746    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00571547  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0975  respiratory nitrate reductase oxidoreductase protein  69.42 
 
 		 515 aa  774    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0298  respiratory nitrate reductase, beta subunit  76.29 
 
 		 512 aa  848    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.609381  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1978  respiratory nitrate reductase subunit beta  59.55 
 
 		 491 aa  652    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1955  respiratory nitrate reductase, beta subunit  59.34 
 
 		 491 aa  652    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.303944  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1933  respiratory nitrate reductase, beta subunit  59.34 
 
 		 491 aa  651    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.287323  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1732  nitrate reductase, beta subunit  69.42 
 
 		 517 aa  777    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0606  respiratory nitrate reductase beta subunit  73.44 
 
 		 512 aa  788    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1377  nitrate reductase 1, beta subunit  68.88 
 
 		 511 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715387  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5384  nitrate reductase, beta subunit  74.85 
 
 		 511 aa  812    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302612  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5003  respiratory nitrate reductase beta subunit  69.35 
 
 		 515 aa  778    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.248007  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1914  nitrate reductase 1, beta subunit  68.54 
 
 		 512 aa  748    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.288869  normal  0.118614 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1404  respiratory nitrate reductase beta subunit  65.12 
 
 		 522 aa  703    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.314304  normal  0.935444 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1693  nitrate reductase 2, beta subunit  68.54 
 
 		 514 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.595471 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1560  nitrate reductase 1 subunit beta  68.74 
 
 		 512 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.713297 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1899  nitrate reductase 1, beta subunit  68.88 
 
 		 511 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.404395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2758  nitrate reductase, beta subunit  69.62 
 
 		 517 aa  778    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0121  nitrate reductase, beta subunit  74.85 
 
 		 509 aa  809    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1551  nitrate reductase, beta subunit  68.34 
 
 		 514 aa  756    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03846  nitrate reductase, beta subunit  70.99 
 
 		 437 aa  655    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1756  nitrate reductase 2 subunit beta  68.14 
 
 		 514 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1854  nitrate reductase, beta subunit  67.27 
 
 		 520 aa  751    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1583  nitrate reductase 2, beta subunit  68.14 
 
 		 514 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2398  nitrate reductase, beta subunit  68.54 
 
 		 512 aa  748    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000272064 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1250  nitrate reductase, beta subunit  75.65 
 
 		 509 aa  819    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1853  nitrate reductase, beta subunit  69.01 
 
 		 517 aa  775    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2892  nitrate reductase, beta subunit  77.09 
 
 		 512 aa  853    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.161802  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1958  nitrate reductase 1 subunit beta  68.67 
 
 		 511 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2793  nitrate reductase, beta subunit  74 
 
 		 507 aa  819    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.016415  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4594  respiratory nitrate reductase beta subunit  73.76 
 
 		 510 aa  823    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.633147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1331  respiratory nitrate reductase beta subunit  72.43 
 
 		 519 aa  791    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1695  nitrate reductase 2, beta subunit  68.34 
 
 		 514 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.890974  normal  0.401528 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1764  nitrate reductase 2 subunit beta  68.34 
 
 		 514 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.939627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2075  respiratory nitrate reductase subunit beta  71.03 
 
 		 517 aa  792    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1509  nitrate reductase, beta subunit  76.1 
 
 		 504 aa  825    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2519  nitrate reductase, beta subunit  76.06 
 
 		 508 aa  823    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.176137  normal  0.84462 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6185  nitrate reductase, beta subunit  73.4 
 
 		 507 aa  807    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950636  normal  0.0269219 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2227  respiratory nitrate reductase beta subunit  68.86 
 
 		 512 aa  774    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.414586  normal  0.0461834 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2303  respiratory nitrate reductase beta subunit  68.86 
 
 		 512 aa  774    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.932469  normal  0.0679206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3865  nitrate reductase, beta subunit  75.49 
 
 		 507 aa  838    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1002  respiratory nitrate reductase beta subunit  70.06 
 
 		 527 aa  771    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.33657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1972  nitrate reductase, beta subunit  59.34 
 
 		 491 aa  652    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.991087  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2705  respiratory nitrate reductase beta subunit  77.2 
 
 		 508 aa  843    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.59941  normal  0.077732 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5710  nitrate reductase, beta subunit  75.45 
 
 		 511 aa  818    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.531548 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13800  respiratory nitrate reductase beta subuni  72.29 
 
 		 513 aa  788    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.104283 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1772  nitrate reductase, beta subunit  66.67 
 
 		 520 aa  738    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6463  nitrate reductase, beta subunit  75.45 
 
 		 511 aa  815    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01213  hypothetical protein  68.54 
 
 		 512 aa  748    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.552443  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4235  nitrate reductase, beta subunit  100 
 
 		 505 aa  1054    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.312126  normal  0.378344 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2591  nitrate reductase, beta subunit  77.51 
 
 		 509 aa  840    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0428  nitrate reductase, beta subunit  73.8 
 
 		 507 aa  817    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.090133  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01437  hypothetical protein  68.54 
 
 		 514 aa  758    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3085  nitrate reductase, beta subunit  71.57 
 
 		 525 aa  782    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0662  respiratory nitrate reductase beta subunit  73.2 
 
 		 507 aa  807    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.21299  normal  0.287133 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3760  nitrate reductase, beta subunit  73.76 
 
 		 510 aa  819    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.281422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0437  respiratory nitrate reductase beta subunit  73.8 
 
 		 507 aa  817    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0538175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1707  nitrate reductase 2, beta subunit  68.54 
 
 		 514 aa  757    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.764488 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2242  nitrate reductase, beta subunit  69.42 
 
 		 517 aa  777    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0484783  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2882  nitrate reductase, beta subunit  68.27 
 
 		 514 aa  759    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3400  nitrate reductase, beta subunit  60.16 
 
 		 491 aa  653    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1707  respiratory nitrate reductase beta subunit  73.76 
 
 		 510 aa  812    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3076  nitrate reductase, beta subunit  69.42 
 
 		 517 aa  777    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.688068  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2189  nitrate reductase, beta subunit  68.54 
 
 		 514 aa  758    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1376  nitrate reductase, beta subunit  68.54 
 
 		 512 aa  748    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0922315  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1709  nitrate reductase 1, beta subunit  68.54 
 
 		 512 aa  748    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0253644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2626  nitrate reductase, beta subunit  69.62 
 
 		 517 aa  778    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1629  nitrate reductase, beta subunit  74.85 
 
 		 509 aa  809    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.308027  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2682  nitrate reductase, beta subunit  69.62 
 
 		 517 aa  778    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2634  nitrate reductase, beta subunit  60.24 
 
 		 523 aa  672    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.832447  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1544  nitrate reductase, beta subunit  74.85 
 
 		 509 aa  809    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1515  nitrate reductase, beta subunit  69.42 
 
 		 517 aa  777    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333753  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2258  nitrate reductase, beta subunit  67.67 
 
 		 521 aa  752    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.424218  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2563  nitrate reductase, beta subunit  67.2 
 
 		 526 aa  747    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.219969  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1648  nitrate reductase, beta subunit  68.74 
 
 		 514 aa  759    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2077  nitrate reductase 2, beta subunit  68.54 
 
 		 514 aa  757    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3593  nitrate reductase, beta subunit  70.16 
 
 		 514 aa  780    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.090244  normal  0.177223 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2063  respiratory nitrate reductase beta subunit  68.54 
 
 		 514 aa  749    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2314  respiratory nitrate reductase beta subunit  68.07 
 
 		 511 aa  751    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4670  nitrate reductase, beta subunit  70.16 
 
 		 514 aa  780    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1894  nitrate reductase 1, beta subunit  68.88 
 
 		 511 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.256537 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1582  nitrate reductase, beta subunit  77.96 
 
 		 508 aa  833    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000310576  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1955  respiratory nitrate reductase beta subuni  72.75 
 
 		 512 aa  792    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.089713 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0274  nitrate reductase, beta subunit  76.1 
 
 		 512 aa  843    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.542879  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0667  nitrate reductase, beta subunit  74.45 
 
 		 512 aa  800    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.812713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2127  nitrate reductase, beta subunit  79.92 
 
 		 509 aa  832    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1235  nitrate reductase subunit beta  72.29 
 
 		 513 aa  788    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.484978  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2633  nitrate reductase, beta subunit  73.75 
 
 		 512 aa  797    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.56399  normal  0.025961 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2636  nitrate reductase, beta subunit  59.92 
 
 		 489 aa  625  1e-178  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1206  respiratory nitrate reductase beta subunit  58.79 
 
 		 538 aa  615  1e-175  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.468071  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1762  nitrate reductase, beta subunit  58.63 
 
 		 566 aa  615  1e-175  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00378807 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1986  respiratory nitrate reductase, beta subunit  56.96 
 
 		 517 aa  612  9.999999999999999e-175  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1236  nitrate reductase, beta subunit  56.43 
 
 		 507 aa  611  9.999999999999999e-175  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.620631  normal  0.222412 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>