More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3594 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3594  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  100 
 
 
239 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2178  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
239 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.142027  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2322  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  99.16 
 
 
239 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.893058  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2809  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  96.64 
 
 
239 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309944  normal  0.926456 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0597  amino acid ABC transporter, permease protein  55.74 
 
 
240 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0884053  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2290  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.16 
 
 
268 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142141  normal  0.98078 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.16 
 
 
268 aa  229  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.28022  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1589  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.66 
 
 
267 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1563  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.66 
 
 
237 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.086799  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0953  amino acid ABC transporter, permease protein  50.44 
 
 
240 aa  222  4e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.578847  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2236  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.35 
 
 
240 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2065  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  48.68 
 
 
267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  178  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.384644  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.32 
 
 
241 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5921  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.46 
 
 
241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610786  normal  0.165756 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7394  ABC transporter membrane spanning protein  37.17 
 
 
240 aa  156  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.330237  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0328  amino acid ABC transporter permease  41.28 
 
 
244 aa  156  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.74 
 
 
246 aa  156  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0297  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  40.99 
 
 
244 aa  156  3e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4285  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.74 
 
 
225 aa  154  9e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0276895  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7240  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  38.2 
 
 
256 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0593694  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4840  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.74 
 
 
225 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545995  normal  0.251621 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6801  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.89 
 
 
225 aa  151  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.793236  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02233  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  36.57 
 
 
228 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1348  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.57 
 
 
228 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.120013  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02193  hypothetical protein  36.57 
 
 
228 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2458  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  36.57 
 
 
228 aa  149  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.57 
 
 
228 aa  149  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.917469  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2602  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  36.57 
 
 
228 aa  149  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.311053  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2464  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  36.57 
 
 
228 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.796861  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1926  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.55 
 
 
228 aa  149  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.432172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.27 
 
 
229 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2686  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  36.11 
 
 
228 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4485  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.27 
 
 
229 aa  148  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3448  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  36.57 
 
 
228 aa  148  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1430  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.27 
 
 
229 aa  148  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0905208  normal  0.971438 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3774  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.81 
 
 
229 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134573  hitchhiker  0.00153221 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5101  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.63 
 
 
240 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381438  decreased coverage  0.00220155 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003971  arginine/ornithine ABC transporter permease protein AotQ  34.73 
 
 
246 aa  144  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1827  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 
229 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.883387  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2494  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  36.11 
 
 
228 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174518  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3570  amino acid ABC transporter permease  36.28 
 
 
229 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.906452  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0310  amino acid ABC transporter permease  45 
 
 
231 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193986  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2703  histidine ABC transporter permease HisQ  36.11 
 
 
228 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2582  histidine ABC transporter permease HisQ  36.11 
 
 
228 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.114361 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2540  histidine ABC transporter permease protein HisQ  36.11 
 
 
228 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.512507  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2594  histidine ABC transporter permease HisQ  36.11 
 
 
228 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01551  ABC transporter permease protein  34.31 
 
 
246 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001574  arginine ABC transporter permease protein ArtQ  38.25 
 
 
229 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.552599  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00867  arginine transporter subunit  40.35 
 
 
238 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.202852  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2780  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.35 
 
 
238 aa  142  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00967955  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1378  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.23 
 
 
238 aa  143  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0966  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.35 
 
 
238 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0890  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.35 
 
 
238 aa  142  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.125832  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4291  amino acid ABC transporter permease  37.44 
 
 
229 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2734  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.35 
 
 
238 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0586836  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0935  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.35 
 
 
238 aa  142  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05530  arginine transporter permease subunit ArtQ  38.25 
 
 
229 aa  143  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1022  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.35 
 
 
238 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.563398 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3519  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.04 
 
 
240 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405389  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00873  hypothetical protein  40.35 
 
 
238 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.202246  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2789  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.14 
 
 
229 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113989  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2469  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.79 
 
 
238 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.391563  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1828  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  35.06 
 
 
240 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300709  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.33 
 
 
229 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369418  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2857  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.11 
 
 
228 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.224945  normal  0.227891 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0993  arginine transporter permease subunit ArtQ  39.47 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.908225  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1581  arginine transporter permease subunit ArtQ  37.45 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0926  arginine transporter permease subunit ArtQ  39.47 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.412131  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2627  arginine transporter permease subunit ArtQ  37.45 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.204375  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1043  arginine transporter permease subunit ArtQ  39.47 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0885  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 
229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.524811 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1024  arginine transporter permease subunit ArtQ  39.47 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0961  arginine transporter permease subunit ArtQ  39.47 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2712  arginine transporter permease subunit ArtQ  37.45 
 
 
238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2252  amino acid ABC transporter permease  37.33 
 
 
232 aa  139  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0696  amino acid ABC transporter permease  35.56 
 
 
229 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68080  ABC transporter permease  39.27 
 
 
231 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.382503  normal  0.0204508 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.56 
 
 
229 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1153  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.56 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.176367 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2927  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, innermembrane subunit  36.89 
 
 
233 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4835  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.77 
 
 
240 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716985  normal  0.137601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5892  ABC transporter permease  39.27 
 
 
231 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.311155  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1654  arginine transporter permease subunit ArtQ  37.45 
 
 
246 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.571683 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1539  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.67 
 
 
228 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2560  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.17 
 
 
230 aa  139  4.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.645171  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1429  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  34.67 
 
 
228 aa  138  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0521843  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.67 
 
 
229 aa  138  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.79 
 
 
229 aa  138  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.149871 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0352  histidine transport system permease HisQ  34.67 
 
 
228 aa  138  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.179299  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4913  amino acid ABC transporter permease  42.73 
 
 
231 aa  138  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.67 
 
 
253 aa  138  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.712414  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2567  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.72 
 
 
229 aa  138  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.386415  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2129  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.56 
 
 
260 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356557  normal  0.354244 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4271  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.41 
 
 
231 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000112521 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1959  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  34.58 
 
 
246 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.450154  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1377  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.11 
 
 
229 aa  137  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4287  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  35.43 
 
 
229 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6601  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.75 
 
 
258 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2782  amino acid ABC transporter permease  40.54 
 
 
238 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>