More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4271 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4271  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
231 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000112521 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0310  amino acid ABC transporter permease  83.12 
 
 
231 aa  355  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193986  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5359  amino acid ABC transporter, permease protein  82.68 
 
 
231 aa  354  5e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4913  amino acid ABC transporter permease  81.39 
 
 
231 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0281  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  83.41 
 
 
230 aa  350  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0627068  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0299  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  83.41 
 
 
230 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0837568  normal  0.0626241 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  83.41 
 
 
230 aa  349  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0016104  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4929  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  82.25 
 
 
231 aa  347  7e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0205937  hitchhiker  0.0000000789331 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5892  ABC transporter permease  69.43 
 
 
231 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.311155  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68080  ABC transporter permease  69.43 
 
 
231 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.382503  normal  0.0204508 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.41 
 
 
229 aa  269  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.384644  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.36 
 
 
246 aa  219  3e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0328  amino acid ABC transporter permease  50.67 
 
 
244 aa  211  4.9999999999999996e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0297  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
244 aa  210  2e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1827  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  45.18 
 
 
229 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.883387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3570  amino acid ABC transporter permease  44.74 
 
 
229 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.906452  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4638  amino acid ABC transporter permease  47.39 
 
 
229 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3725  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.39 
 
 
229 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0898326 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4291  amino acid ABC transporter permease  45.18 
 
 
229 aa  202  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3607  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.83 
 
 
229 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488418  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2377  ABC His/Glu/Gln/Arg/opine transporter, inner membrane subunit  47.39 
 
 
243 aa  201  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413222  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3796  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.96 
 
 
229 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.719623  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5464  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.83 
 
 
229 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3774  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134573  hitchhiker  0.00153221 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1410  histidine ABC transporter, permease protein  46.09 
 
 
229 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157931  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4485  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2252  amino acid ABC transporter permease  49.34 
 
 
232 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1430  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0905208  normal  0.971438 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.93 
 
 
229 aa  191  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369418  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1240  histidine ABC transporter, permease protein  45.13 
 
 
229 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.842706  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1089  histidine ABC transporter, permease protein  45.13 
 
 
229 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.518061  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1355  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  45.13 
 
 
229 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0483  histidine ABC transporter, permease protein  45.13 
 
 
229 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.158807  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0210  histidine ABC transporter, permease protein  45.13 
 
 
229 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2129  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.49 
 
 
260 aa  189  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356557  normal  0.354244 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2927  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, innermembrane subunit  44.05 
 
 
233 aa  189  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2290  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.88 
 
 
268 aa  189  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142141  normal  0.98078 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.59 
 
 
229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.149871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26230  histidine transport system permease protein  44.2 
 
 
229 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0832582  normal  0.643473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1926  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.59 
 
 
228 aa  188  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.432172 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00867  arginine transporter subunit  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.202852  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2780  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00967955  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0935  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00873  hypothetical protein  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.202246  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0966  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2734  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0586836  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0890  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.125832  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0696  amino acid ABC transporter permease  44.05 
 
 
229 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156874  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2469  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.5 
 
 
238 aa  188  7e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.391563  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.05 
 
 
229 aa  188  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1440  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  45.22 
 
 
371 aa  187  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1153  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.05 
 
 
229 aa  187  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.176367 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1581  arginine transporter permease subunit ArtQ  44.17 
 
 
238 aa  187  9e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2712  arginine transporter permease subunit ArtQ  44.17 
 
 
238 aa  187  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1022  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.5 
 
 
238 aa  187  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.563398 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2627  arginine transporter permease subunit ArtQ  44.17 
 
 
238 aa  187  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.204375  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4287  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  43.61 
 
 
229 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1378  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.63 
 
 
238 aa  187  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1654  arginine transporter permease subunit ArtQ  43.36 
 
 
246 aa  187  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.571683 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.61 
 
 
229 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.61 
 
 
253 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.712414  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1563  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.61 
 
 
237 aa  185  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.086799  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2236  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.85 
 
 
240 aa  184  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1024  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.77 
 
 
238 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.98 
 
 
268 aa  184  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.28022  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0993  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.77 
 
 
238 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.908225  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0926  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.77 
 
 
238 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.412131  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0961  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.77 
 
 
238 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1043  arginine transporter permease subunit ArtQ  40.77 
 
 
238 aa  184  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0953  amino acid ABC transporter, permease protein  45.18 
 
 
240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.578847  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2853  histidine transport system permease protein  43.17 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4285  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.52 
 
 
225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0276895  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2791  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  43.17 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2732  amino acid ABC transporter, permease protein  43.17 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1247  histidine transport system permease protein  42.73 
 
 
229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.520623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1094  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  42.73 
 
 
229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6801  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.793236  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1089  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  42.73 
 
 
229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3017  histidine ABC transporter, permease protein  42.73 
 
 
229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1580  histidine ABC transporter, permease protein  42.73 
 
 
229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.280205  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0987  histidine ABC transporter, permease protein  42.73 
 
 
229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0336  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.89 
 
 
234 aa  182  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0889  amino acid ABC transporter, permease protein  42.29 
 
 
229 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4840  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.52 
 
 
225 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545995  normal  0.251621 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2686  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  40 
 
 
228 aa  180  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0592  arginine ABC transporter, permease protein  46.57 
 
 
221 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0258675  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1593  arginine transport system permease protein  46.57 
 
 
221 aa  180  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0885  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.73 
 
 
229 aa  179  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.524811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1093  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436853  normal  0.0653327 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1589  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.74 
 
 
267 aa  178  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02233  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  39.56 
 
 
228 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1348  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.56 
 
 
228 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.120013  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2464  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.56 
 
 
228 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.796861  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.56 
 
 
228 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.917469  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2602  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.56 
 
 
228 aa  177  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.311053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02193  hypothetical protein  39.56 
 
 
228 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2458  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.56 
 
 
228 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1122  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.93 
 
 
229 aa  176  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2857  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.44 
 
 
228 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.224945  normal  0.227891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>