More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5359 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5359  amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
231 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4913  amino acid ABC transporter permease  95.24 
 
 
231 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0310  amino acid ABC transporter permease  86.58 
 
 
231 aa  362  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193986  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4271  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  82.68 
 
 
231 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000112521 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4929  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  83.12 
 
 
231 aa  345  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0205937  hitchhiker  0.0000000789331 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0281  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  82.97 
 
 
230 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0627068  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  82.97 
 
 
230 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0016104  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0299  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  82.97 
 
 
230 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0837568  normal  0.0626241 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5892  ABC transporter permease  67.69 
 
 
231 aa  308  5e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.311155  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68080  ABC transporter permease  67.69 
 
 
231 aa  308  5e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.382503  normal  0.0204508 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.59 
 
 
229 aa  263  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.384644  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.94 
 
 
246 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0328  amino acid ABC transporter permease  50.68 
 
 
244 aa  204  9e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0297  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  50.23 
 
 
244 aa  202  3e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1827  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  43.86 
 
 
229 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.883387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3570  amino acid ABC transporter permease  43.42 
 
 
229 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.906452  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3774  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.05 
 
 
229 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134573  hitchhiker  0.00153221 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4291  amino acid ABC transporter permease  44.3 
 
 
229 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4485  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1430  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
229 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0905208  normal  0.971438 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2252  amino acid ABC transporter permease  48.26 
 
 
232 aa  189  4e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4285  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.89 
 
 
225 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0276895  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.89 
 
 
229 aa  185  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369418  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6801  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.02 
 
 
225 aa  185  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.793236  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4840  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 
225 aa  184  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545995  normal  0.251621 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2927  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, innermembrane subunit  42.53 
 
 
233 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_004310  BR0953  amino acid ABC transporter, permease protein  45.87 
 
 
240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.578847  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2236  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.33 
 
 
240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3607  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.81 
 
 
229 aa  182  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488418  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1654  arginine transporter permease subunit ArtQ  45.95 
 
 
246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.571683 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4638  amino acid ABC transporter permease  43.36 
 
 
229 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3725  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.36 
 
 
229 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0898326 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2377  ABC His/Glu/Gln/Arg/opine transporter, inner membrane subunit  43.36 
 
 
243 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413222  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2290  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.09 
 
 
268 aa  180  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142141  normal  0.98078 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5464  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.81 
 
 
229 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1410  histidine ABC transporter, permease protein  43.36 
 
 
229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157931  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3796  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.92 
 
 
229 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.719623  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2129  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.08 
 
 
260 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356557  normal  0.354244 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1022  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.92 
 
 
238 aa  178  5.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.563398 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00867  arginine transporter subunit  42.92 
 
 
238 aa  178  7e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.202852  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2780  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.92 
 
 
238 aa  178  7e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00967955  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00873  hypothetical protein  42.92 
 
 
238 aa  178  7e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.202246  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0935  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.92 
 
 
238 aa  178  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0966  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.92 
 
 
238 aa  178  7e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2734  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.92 
 
 
238 aa  178  7e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0586836  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0890  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.92 
 
 
238 aa  178  7e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.125832  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1563  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
237 aa  178  7e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.086799  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2469  arginine transporter permease subunit ArtQ  42.92 
 
 
238 aa  178  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.391563  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2627  arginine transporter permease subunit ArtQ  43.33 
 
 
238 aa  177  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.204375  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1378  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.63 
 
 
238 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0696  amino acid ABC transporter permease  41.63 
 
 
229 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156874  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2712  arginine transporter permease subunit ArtQ  43.33 
 
 
238 aa  177  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1581  arginine transporter permease subunit ArtQ  43.33 
 
 
238 aa  177  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
229 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1153  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
229 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.176367 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4287  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 
229 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 
253 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.712414  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0926  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.48 
 
 
238 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.412131  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0993  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.48 
 
 
238 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.908225  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1043  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.48 
 
 
238 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.163661  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.69 
 
 
229 aa  175  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.149871 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.18 
 
 
229 aa  175  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0961  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.48 
 
 
238 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1024  arginine transporter permease subunit ArtQ  41.48 
 
 
238 aa  175  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1355  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  42.48 
 
 
229 aa  175  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1240  histidine ABC transporter, permease protein  42.48 
 
 
229 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.842706  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0483  histidine ABC transporter, permease protein  42.48 
 
 
229 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.158807  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0210  histidine ABC transporter, permease protein  42.48 
 
 
229 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1089  histidine ABC transporter, permease protein  42.48 
 
 
229 aa  175  6e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.518061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01551  ABC transporter permease protein  42.79 
 
 
246 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003971  arginine/ornithine ABC transporter permease protein AotQ  41.92 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.75 
 
 
268 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.28022  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1440  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  42.48 
 
 
371 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2686  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.11 
 
 
228 aa  172  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26230  histidine transport system permease protein  41.52 
 
 
229 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0832582  normal  0.643473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1926  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
228 aa  171  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.432172 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2853  histidine transport system permease protein  40.72 
 
 
229 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2791  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  40.72 
 
 
229 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2732  amino acid ABC transporter, permease protein  40.72 
 
 
229 aa  170  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1593  arginine transport system permease protein  45.97 
 
 
221 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3017  histidine ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
229 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606762  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1247  histidine transport system permease protein  40.09 
 
 
229 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.520623  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1589  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.39 
 
 
267 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1089  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  40.09 
 
 
229 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1580  histidine ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
229 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.280205  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1094  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  40.09 
 
 
229 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0987  histidine ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
229 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2880  arginine/ornithine transport system permease protein  46.79 
 
 
229 aa  169  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0976589  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0592  arginine ABC transporter, permease protein  45.97 
 
 
221 aa  170  2e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0258675  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02233  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  38.67 
 
 
228 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1348  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.67 
 
 
228 aa  169  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.120013  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02193  hypothetical protein  38.67 
 
 
228 aa  169  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1959  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  40.59 
 
 
246 aa  169  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.450154  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44 
 
 
241 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2602  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  38.67 
 
 
228 aa  169  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.311053  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0889  amino acid ABC transporter, permease protein  39.65 
 
 
229 aa  168  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.67 
 
 
228 aa  169  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.917469  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2065  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  43.72 
 
 
267 aa  169  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2464  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  38.67 
 
 
228 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.796861  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>